心中柳叶刀手握小鼠标 2

在进行KM法生存分析时,遇到'Error in survdiff.fit: There is only 1 group'的错误。通过在代码中添加条件检查,确保分组变量包含'True'和'False',解决了该问题。分析涉及基因表达量与生存时间的关系,对数据集进行分组并计算显著性。
摘要由CSDN通过智能技术生成

今天算是遇到真问题了,二更一下我的愚见吧,同样,只能在chrome的移动端模式下才能打开此网页。

这次我也是批量生存分析,KM法,代码出现问题。经过一顿google搜索操作,最终没找到解决办法。但是在我啥都不懂的情况下,我大胆尝试了无数遍,使用我自建的数据集文件排错。终于解决。

这次的错误代码是

“Error in survdiff.fit(y, groups, strata.keep, rho) : There is only 1 group”

出错前的代码为:

“for(gene in colnames(rt[,4:ncol(rt)])){
a=rt[,gene]<=median(rt[,gene])

diff=survdiff(Surv(futime, fustat) ~a,data = rt)

pValue=1-pchisq(diff$chisq,df=1)
outTab=rbind(outTab,cbind(gene=gene,pvalue=pValue))

fit <- survfit(Surv(futime, fustat) ~ a, data = rt)
summary(fit)

pValue[is.na(pValue)] <- 1

if(pValue<0.05){”

解决之后的代码为

“for(gene in colnames(rt[,4:ncol(rt)])){
a=rt[,gene]<=median(rt[,gene])

if (TRUE & FALSE %in% a){

diff=survdiff(Surv(futime, fustat) ~a,data &#

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