今天算是遇到真问题了,二更一下我的愚见吧,同样,只能在chrome的移动端模式下才能打开此网页。
这次我也是批量生存分析,KM法,代码出现问题。经过一顿google搜索操作,最终没找到解决办法。但是在我啥都不懂的情况下,我大胆尝试了无数遍,使用我自建的数据集文件排错。终于解决。
这次的错误代码是
“Error in survdiff.fit(y, groups, strata.keep, rho) : There is only 1 group”
出错前的代码为:
“for(gene in colnames(rt[,4:ncol(rt)])){
a=rt[,gene]<=median(rt[,gene])
diff=survdiff(Surv(futime, fustat) ~a,data = rt)
pValue=1-pchisq(diff$chisq,df=1)
outTab=rbind(outTab,cbind(gene=gene,pvalue=pValue))
fit <- survfit(Surv(futime, fustat) ~ a, data = rt)
summary(fit)
pValue[is.na(pValue)] <- 1
if(pValue<0.05){”
解决之后的代码为
“for(gene in colnames(rt[,4:ncol(rt)])){
a=rt[,gene]<=median(rt[,gene])
if (TRUE & FALSE %in% a){
diff=survdiff(Surv(futime, fustat) ~a,data &#