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2021-01-30 22:06:17
576
原创 Julia常用函数
Julia常用函数Julia常用函数数组操作push!reducemapsimilar转化数据类型绘图Gadfly注释TODO数组操作push!直接在数组后面添加一个元素push!(pts,xk)#pts是数组，xk是要添加的元素reduce对数组进行批处理reduce(+,[2,3,4])结果是9可以用来做判断的时候能用if reduce(&,[条件1，条件2，条件3])map可以用来将函数的结果组合成一个数组map(x -> x^2,[3,4
2021-01-30 20:44:49
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原创 在python中调用R
调用R代码在pycharm中安装rpy2包安装R，并在PATH中配置R的环境变量，配置为R的安装目录配置R_HOME和R_USERR_HOME设置为R的安装目录，和上图一样R_USER设置为rpy2的安装目录，然后就不会报错啦在控制台运行代码如果习惯于使用R语言分析数据的人一定习惯在控制台运行代码，而不是一整个脚本运行代码，因为经常读取文件是一件比较耗时的事情，并且我们经常需要根据数据的实际情况修改自己的代码，所以一整个脚本文件运行势必会浪费很多不必要的时间.
2021-01-30 20:35:54
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原创 R语言的并发执行
R语言的并发执行文章目录R语言的并发执行fun <- function(x){ return (x+1);}#加载parallel包library(parallel)#detectCores函数可以告诉你你的CPU可使用的核数clnum<-detectCores() # 设置希望并行运行的核数，根据自己的计算机情况而定cl <- makeCluster(getOption("cl.cores", 2));#运行system.time({ res &l
2021-01-06 15:50:57
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原创 R 语言批量转移文件并压缩
R 语言批量转移文件并压缩想象一下，你从一个数据库中下载了一份需要处理的数据，而这个数据首先是一个压缩包，当你将这个压缩包解压以后，惊奇的发现，压缩包里是一百多个文件夹，而每个文件夹里是一个压缩包，而每个压缩包里面都有一个.txt文件，每个文件中有一列基因名和一列样本，那么我们如何将这些样本数据组合起来了？手动操作就会很麻烦，以下R语言代码就能解决这个问题。## 需要现在目录下创建一个“00001”的文件夹，确保位于目录的第一个文件，压缩包将全部转移到这里setwd("")file1<-li
2021-01-06 15:50:12
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1
原创 使用ICGC数据库进行肿瘤组织突变分析，绘制瀑布图等
利用ICGC数据库进行肿瘤租住突变分析，画SNP瀑布图，以及突变位置可视化。最后进行生存分析
2020-06-19 12:04:26
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15
原创 生信_反相蛋白阵列（RPPA）_附实例
反相蛋白阵列（RPPA）RPPA基本原理：通过特异性抗体对凝胶电泳处理过的细胞或者生物组织样品进行着色。通过分析着色的位置和着色深度获得特定蛋白质在所分析的细胞或组织中表达情况的信息。基因芯片的定量信息是表达量的高低，蛋白芯片的定量是丰度的高低可以同时检测至少150种抗体（现在具体的数字可能更高），大于1000多个样本。样本制备只需要大概40ulRPPA数据的形式level 1...
2020-04-03 11:06:57
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原创 一维牛顿法与多维牛顿法
Julia中文文档：https://docs.juliacn.com/latest/stdlib/LinearAlgebra/#LinearAlgebra.eigmin牛顿法鼎鼎有名的泰勒展开式[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-FIn6OhXn-一元目标函数[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-X04IS...
2020-03-20 12:22:41
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空空如也
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