2018年06月_科研路上的小C

原创检测蛋白质构象是否合理————Ramachandran plot（拉氏图）

Ramachandran plot（拉氏图）是由G. N. Ramachandran等人[1]于1963年开发的，用来描述蛋白质结构中氨基酸残基二面角ψ和φ是否在合理区域的一种可视化方法。同时也可以反映出该蛋白质的构象是否合理。在介绍Ramachandran plot前有必要简单说明一下二面角。图1 蛋白质链上肽平面之间形成的二面角以及两个残基脱水缩合后的 ψ，φ和W（图片来自...

2018-06-12 22:48:16 43211 2

转载 python的文件读取写入

读写文件是最常见的IO操作。Python内置了读写文件的函数，用法和C是兼容的。读写文件前，我们先必须了解一下，在磁盘上读写文件的功能都是由操作系统提供的，现代操作系统不允许普通的程序直接操作磁盘，所以，读写文件就是请求操作系统打开一个文件对象（通常称为文件描述符），然后，通过操作系统提供的接口从这个文件对象中读取数据（读文件），或者把数据写入这个文件对象（写文件）。1.open函数file ob...

2018-06-22 14:20:02 441

转载 python的OS模块详解

Python os 模块提供了一个统一的操作系统接口函数, 这些接口函数通常是平台指定的，os 模块能在不同操作系统平台（如 nt 或 posix）中的特定函数间自动切换,从而能实现跨平台操作。os模块常用函数:os.getcwd()：获取当前工作目录，即当前python脚本工作的目录路径。os.chdir(“dirname”)：改变当前脚本工作目录；相当于shell下的cd命令。os...

2018-06-05 16:14:31 266

原创 python中matplotlib中的subplot函数使用

python里面的matplotlib.pylot是大家比较常用的，功能也还不错的一个包。基本框架比较简单，但是做一个功能完善且比较好看整洁的图，免不了要网上查找一些函数。于是，为了节省时间，可以一劳永逸。我把常用函数作了一个总结，最后写了一个例子，以后基本不用怎么改了。一、作图流程： 1.准备数据，， 3作图， 4定制， 5保存， 6显示...

2018-06-03 09:17:40 9546

原创 PDB文件说明

蛋白质数据库ProteinDataBank(PDB)是一个包含蛋白质、核酸等生物大分子的结构数据的数据库，网址是http://www.rcsb.org。PDB可以经由网络免费访问，是结构生物学研究中的重要资源。为了确保PDB资料的完备与权威，各个主要的科学杂志、基金组织会要求科学家将自己的研究成果提交给PDB。PDB数据库存储结构数据的文件是PDB文件，每一个蛋白质或核酸都对应着一个编号，即P...

2018-06-01 14:08:33 18483 16

转载 python函数的参数种类

四种：1.F(arg1,arg2,...)2.F(arg1,arg2=value2,...)3.F(*arg1) 4.F(**arg1)上面这四种方法优先级依次降低，先1，后2，再3，最后4，也就是先把方式1中的arg解析，然后解析方式2中的arg=value，再解析方式3，即是把多出来的arg这种形式的实参组成个tuple传进去，最后把剩下的key=value这种形式的实参组成一个diction...

2018-06-01 13:00:31 389

转载 vim编辑器的使用及其快捷键

vi/vim 基本使用方法vi编辑器是所有Unix及Linux系统下标准的编辑器，它的强大不逊色于任何最新的文本编辑器，这里只是简单地介绍一下它的用法和一小部分指令。由于对Unix及Linux系统的任何版本，vi编辑器是完全相同的，因此您可以在其他任何介绍vi的地方进一步了解它。Vi也是Linux中最基本的文本编辑器，学会它后，您将在Linux的世界里畅行无阻。1、vi的基本概念基本上vi可以分为...

2018-06-01 12:56:08 501

原创 python中比cPython更快的编译器pypy

在做python开发的人，应该或多或少的听说过一点pypy吧。我猜。所以就不做背景介绍了，有不懂的同学可以看看这里：1、什么是pypy： http://www.360doc.com/content/15/0625/08/13232598_480502243.shtml （简单总结一下就是：pypy是一种python的解释器，比标准的cPython要快很多。但是并不支持所有的cPython库，有一些...

2018-06-01 12:53:30 3114 4

翻译 python与c混合编程cython(2)

cython强大之处还有就是与numpy的良好融合.下面是一个例子:命名为convolve_cy.pyxfrom __future__ import divisionimport numpy as npdef naive_convolve(f, g): # f is an image and is indexed by (v, w) # g is a filter kernel...

2018-06-01 11:04:53 947

原创 python和c混合编程cython(1)

大家喜欢python的原因不外乎, 一是写起来方便, 二是第三方库多. 但是python比较明显的缺点就是运行速度较慢. 而cpython正好弥补了这一缺点, 就是同时保证了开发效率和运行效率.下面介绍一下cython 的.Cython是用来生成 C 扩展到而不是独立的程序的。所有的加速都是针对一个已经存在的 Python 应用的一个函数进行的。没有使用C 或 Lisp 重写整个应用...

2018-06-01 09:43:27 1344

MCANDML的博客