microbiology-CSDN博客

原创 Interpro 安装问题

在安装Interpro过程种竟然遇到了不少的问题，故写此文，方便自己和各位同仁。 问题： Warning !! : File /interpro/iprscan/data/smart.desc does not exist, skipping (you may want to check your installation)! 最初以为是这个问题导致interpro安装不成功，后来才发现，其实这个问题不会导致安装不成功，我觉得应该是最新的数据库已经去掉

2010-07-14 17:21:00 1260

原创什么是BioMed Central？

BioMed Central是一家独立出版社，致力于提供经过同行评审的生化研究的公开取阅途径（Open Access）　　BioMed Central发表的所有原创研究文章在发表之后立即可以在网上永久性免费访问。 BioMed Central认为为了实现研究结果的迅速、高效交流，公开访问是必要的。　　BioMed Central致力于通过充分、严格的同行评审保持高水平　　All research

2010-04-11 21:46:00 2266

原创有感乌伯林根空难和波兰总统空难

波兰总统的遇难使我回想起乌伯林根空难，一个航空灾史上的惨痛教训。一个不常见但是却显然存在的管理漏洞，付出的是两架飞机71名人员的生命，其中有好多是来自俄罗斯的儿童和母亲！回顾灾难发生的整个过程，有好多环节我们可以避免这场灾难的发生，但是。。。。我们的生活确实充满了粗心和不负责任，包括我自己，就感觉自己在好多事情上还没有用上自己的全力。不知波兰总统的遇难是否又是一个“不负责任”

2010-04-11 08:18:00 3744 1

原创后基因组时代的基因组功能注释

摘要　基因组功能注释是后基因组时代功能基因组学研究的热点领域.从基因组功能注释的研究内容与研究手段出发,重点综述了生物信息学在该领域方法学上的研究进展,并展望了今后的发展前景. 关键词　后基因组,基因组,基因组功能注释学科分类号　早在1920年,Ｗｉｎｋｌｅｓ从ＧＥＮｅｓ和ｃｈｒｏｍｏｓＯＭＥｓ铸成ＧＥＮＯＭＥ(基因组)一词.随着人类基因组计划的实施,开创了以图

2010-04-08 19:04:00 3953

原创全球10大生物技术公司排行表

最近全球大药厂都在往生物技术产业靠笼甚至转型. 生物技术产业高成长,高利润,高壁垒加上高风险,高投入,或许是大药厂最看好和向往的领域。人们也许都知道该行业的龙头老大,安进和基因泰克这两家纯生物技术的老牌厂家, 但未必知道其他生物技术公司背后的东家. 这些大药厂经过多年的收购兼并,已经具备了很强的产品链,销售份额和竞争力. 这些大药厂的重心越往生物技术产品方面靠,就越象生物技术公司. 或许某一天

2010-04-07 15:20:00 5366

转载动态优化算法

涉及优化问题，一般都离不开动态规划（dynamicprogramming），然而因为在程序算法中动态规划属于最难理解的算法之列，这也使得许多人对此望而却步。本文从程序设计的角度尽可能通俗地对此算法进行了阐述，以期可以剖析出动态规划的奥妙所在，并从多个角度对其用途进行了举例描述。最优化原理 1951年美国数学家R．Bellman等人，根据一类多阶段问题的特点，把

2010-04-02 09:19:00 5006

原创 Bioperl:把Genbank格式的序列转换为基因结构图

下面是一个BioPerl的小程序，可以把Genbank格式的序列转换为png图片-基因结构图，显示序列的长度，CDS区，exon区，STS区等。简单地讲就是把该序列的Genbank格式里的信息用图片表示。这个程序来源于网络。下面举个例子，以NM_172587为例。NM_172587的Genbank格式下面的链接，另存为文件名’NM_172587.gb’：htt

2010-03-27 07:12:00 2700

原创 N50 长度

把contig或scaffold从大到小排序，并对其长度进行累加，当累加长度达到全部contig或scaffold长度一半时，最后一个contig或scaffold长度。

2010-03-26 11:29:00 3240

原创全球蛋白资源数据库UniProt

UniProt 是一个集中收录蛋白质资源并能与其它资源相互联系的数据库，也是目前为止收录蛋白质序列目录最广泛、功能注释最全面的一个数据库。 UniProt 是由欧洲生物信息学研究所（European Bioinformatics Institute）、美国蛋白质信息资源（Prontein Information Resource）以及瑞士生物信息研究所（Swiss Instit

2010-03-15 13:21:00 19153

原创 InterPro-一个关于蛋白家族、区域和功能位点知识的集成文献资源

InterPro – An integrated documentation resource for protein families, domains and functional sitesR.Apweiler (1), T.K.Attwood (4), A.Bairoch (2), A.Bat

2010-03-15 13:16:00 6771

原创 circos - visualizing the genome, among other things

visual guide to CircosA visual guide to Circos (Circos - an information aesthetic forcomparative genomics) presents some of the capabilities of Circos andillustrates its application in the field

2010-03-11 15:26:00 2012 1

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