Interpro 安装问题

 

在安装Interpro过程种竟然遇到了不少的问题，故写此文，方便自己和各位同仁。

问题：

Warning !! : File /interpro/iprscan/data/smart.desc does not exist, skipping (you may want to check your installation)!

最初以为是这个问题导致interpro安装不成功，后来才发现，其实这个问题不会导致安装不成功，我觉得应该是最新的数据库已经去掉了smart的这2个文件（还有smart.overlaps）.

 

接着后续的问题来了，出现ERROR: Problem during the conversion of file using /interpro/iprscan/bin/binaries/hmmconvert -b /interpro/iprscan/data/sf_hmm.bin : No such file or directory

 

我觉得这个非常诡异，因为如果把上面的命令部分输入shell，是能够成功执行没有问题的。

 

仔细看屏幕输出，发现这样一条信息：/bin/sh: Syntax error: Bad fd number

google，终于找到问题的来源：

我用的是Ubuntu，Ubuntu的/bin/sh 链接到dash 环境，而Interpro安装脚本默认是用的bash，所以导致了兼容性的问题。

 

sudo rm /bin/sh
sudo ln -s /bin/bash /bin/sh

重新运行脚本，问题解决！！