颜色反卷积算法分析（Colour Deconvolution ）

最新推荐文章于 2023-11-14 23:43:01 发布
最新推荐文章于 2023-11-14 23:43:01 发布
阅读量5.1k 收藏 4
点赞数 3
分类专栏： 免疫组化图像处理 图像处理 文章标签： 图像处理 颜色反卷积 rgb 算法

颜色反卷积算法的设计针对RGB摄像机获取的颜色信息，基于免疫组化技术使用的染色剂RGB分量光的特异性吸收，分别计算每种染色剂对图像的作用效果。免疫组织化学图像处理通常用的染色包括DAB、H&E。


颜色反卷积可应用于H-DAB图像和组织病理学中常用的染色剂（H-E,H AEC,FAST Red，DAB），广泛应用于免疫组化染色图像颜色分离。




相关链接：http://www.mecourse.com/landinig/software/cdeconv/cdeconv.html



 

mrwang814
关注
  • 3
    点赞
  • 踩
  • 4
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
专栏目录
Color Deconvolution for TMA images-开源
04-28
这是ImageJ宏（脚本）的集合，用于执行颜色反卷积和组织微阵列（TMA）图像上的免疫组织化学（IHC）染色分析
深度探索：机器学习中的反卷积（转置卷积）算法原理及其应用
最新发布
qq_51320133的博客
04-24 1414
反卷积作为卷积神经网络中的重要组成部分，凭借其保持空间信息、参数效率高等特性，在图像生成、超分辨率、语义分割等任务中展现出卓越性能。尽管存在棋盘效应、计算复杂度较高等挑战，但通过改进权值初始化、引入正则化、优化计算方法等手段，已能在一定程度上缓解这些问题。随着深度学习技术的不断发展，反卷积有望在更多领域（如视频处理、医学影像分析等）得到广泛应用，并与新型网络结构（如Transformer、Attention机制）相结合，推动相关领域的技术创新。未来的研究方向可能包括：优化反卷积的计算效率、减少伪影、开发针对
Deconvolution
liye931125的博客
02-15 717
Deconvolution
ImageJ灰度值量化分析 实用技巧——免疫组化分析(定量分析篇)
生信小博士的博客
11-14 3740
该篇文章完整讲述了怎么利用进行免疫组化分析，补充了利用对阳性细胞进行自动统计。以后对于免疫组化分析，不必再过度依赖人工，可以通过软件的自动分析得到更加直观和稳定的数据。但前提是样品的制备、染色以及拍照时要注意避免假阳性。与此同时，在使用插件的时候要多思考，多研究，避免出现分析错误的情况。（例如，若不安装IHC Profiler的宏文件，得出的结果会完全相反）。推荐阅读介绍IHC Profiler的这篇文献[2]，以更深入地了解自动免疫组化分析的原理。四、补充（1）插件报错问题。
反卷积理解
weixin_37138681的博客
12-22 462
Convolution arithmetic A technical report on convolution arithmetic in the context of deep learning. Convolution animations No padding, no strides Arbitrary padding, no str
病理图像反卷积
AllenMa的博客
08-23 702
颜色反卷积算法的设计针对RGB摄像机获取的颜色信息，基于免疫组化技术使用的染色剂RGB分量光的特异性吸收，分别计算每种染色剂对图像的作用效果。免疫组织化学图像处理通常用的染色包括DAB、H&E。 颜色反卷积可应用于H-DAB图像和组织病理学中常用的染色剂（H-E,H AEC,FAST Red，DAB），广泛应用于免疫组化染色图像颜色分离。
颜色反卷积算法（python实现，用于颜色特征分离）
01-31
颜色反卷积算法最早由A. C. Ruifrok and D. A. Johnston在2001年论文Quantification of histochemical staining by color deconvolution中提出（附论文） 本资源来源于此网址，更多算法解释也请参考该网址...
MuSiC:多对象单细胞反卷积
05-27
多对象单细胞反卷积（MuSiC） MuSiC是一种反卷积方法，它利用跨学科的scRNA-seq来估计大量RNA-seq数据中的细胞类型比例。 如何引用MuSiC 请引用以下出版物： 具有多对象单细胞表达参考的大体积组织细胞类型反卷积...
盲反卷积算法复原图像matlab实现
05-19
盲反卷积（Blind Deconvolution）是一种在图像处理领域广泛应用的技术，主要用于恢复由于成像过程中的光学模糊、噪声等因素导致的图像质量下降。在MATLAB中，我们可以利用其强大的数学运算能力和丰富的图像处理工具...
采用FIR最小二乘逆滤波器来实现反卷积 deconvolution
04-19
采用FIR最小二乘逆滤波器来实现反卷积 1.通过输入信号xn与传递函数gn求输出yn 2.通过使平方误差达到最小求出最佳延迟 3通过最佳延迟求得逆滤波器传递函数hn 4通过hn与yn进行卷积运算得到还原的输入信号xn1，进行对比...
彩色编码强度的matlab代码-ColorDeconvolutionMatlab:Ruifrok色彩反卷积算法的Matlab实现
05-23
彩色编码强度的matlab代码MATLAB中的颜色反卷积 背景 颜色反卷积由Ruifrok等人介绍。 在2001年[1]中描述了一种从组织学玻片的RGB图像中提取染色强度的方法。 颜色反卷积被广泛用于组织学中的图像处理，并且有非常有效的Fiji和Python实现（请参见下文，[2]）。 该存储库提供了颜色反卷积的高效Matlab实现。 该代码部分基于中的python实现。 例子 原始图像预览 斐济输出 面板：原始-苏木精-DAB-残留 源图像用苏木精和DAB染色。 第三个通道代表残差，应为空。 在这里，反卷积矩阵的标准值拟合得很好，并且残差很小。 我的代码输出 输出类似于斐济的输出（请注意，通过拉伸直方图可以增强对比度）。 残差的直方图也被拉伸，可以理解，残差本质上是随机噪声，因此它不包含很多信息。 去做 修复反色反卷积函数中的对比度缩放（RecombineStains） 有关颜色反卷积的更多资源 斐济实施说明 python scikit-image实现 斐济实施的深入说明 Antony Chan的另一个Matlab实现（由于两个嵌套的for循环而变慢） Matlab的另一个实现： 参
adaptive_color_deconvolution:论文“Zheng et al., CMPB, 2019”的自适应颜色反卷积
05-31
自适应颜色解卷积 (ACD) ============ 这是基于我们论文中描述的自适应颜色反卷积的组织学图像颜色归一化的实现： Yushan Zheng、Zhiguo Jiang、Haopeng Zhang、Fengying Xie、Jun Shi 和 Chenghai Xue，用于组织学 WSI 归一化的自适应颜色反卷积，生物医学中的计算机方法和程序，v170（2019）第 107-120 页。 要求 TensorFlow（1.3 或更高版本） Python 3.6 麻木 1.14.0 opencv-python 3.4.1 引用 如果您在自己的工作中使用此代码，请引用以下论文： @article{zhengCMPB2019, title = {Adaptive color deconvolution for histological WSI normalizat
反卷积图像复原算法
07-11
数字图像恢复是数字图像处理的一个基本的和重要的课题，它是后期图像处理（分析和理解）的前提。图像在摄取、传输、储存的过程中不可避免地引起图像质量的下降（图像退化），图像恢复就是试图利用退化过程的先验知识使已退化的图像恢复本来面貌，即根据退化的原因，分析引起退化的环境因素，建立相应的数学模型，并沿着使图像降质的逆过程恢复图像。
matlab中存档算法代码-Blind-deconvolution:盲反卷积
05-23
matlab中存档算法代码盲反卷积 盲反卷积是使用未知模糊内核对图像进行模糊处理的过程。 我的大部分工作都与Rob Fergus的相关工作及其实施有关 为了提取清晰的图像，我们首先需要计算模糊核。 后者是使用最大后验...
宏程序自动生成软件_ImageJ/Fiji软件使用（3）
weixin_39736047的博客
12-09 3346
关不关注我都在这里，YOU不得腻本栏目为大家提供了小编团队原创的知识产物，包括课件、插画、视频等，期望对大家有用。本系列为大家分享一些经常做的生物实验的结果分析中，希望能够给生物专业的入门学生提供一些帮助。本篇主要介绍利用ImageJ/Fiji软件定量分析免疫组织化学结果。使用ImageJ/Fiji软件进行免疫组织化学分析的方法有很多种，在这一系列的视频中我们介绍以下三种方法：手动分析免...
histomicstk安装——病理图像的dab颜色通道分解的python专用包——颜色反卷积 [未安装成功]————如何使用清华源pip install安装python包
weixin_41529093的博客
10-15 1106
仅作为记录，大佬请跳过。 安装 在linux命令行中，直接pip install histomicstk 官网 传送门
RGB彩图卷积过程
LoveWeeknd
10-30 9794
转载自：http://lib.csdn.net/article/aimachinelearning/42986 在CNN中，滤波器filter（带着一组固定权重的神经元）对局部输入数据进行卷积计算。每计算完一个数据窗口内的局部数据后，数据窗口不断平移滑动，直到计算完所有数据。这个过程中，有这么几个参数：  　　a. 深度depth：神经元个数，决定输出的depth厚度。同时代表滤波器个数。 　　...
python对图像进行高斯模糊再利用反卷积算法进行无损还原示例
09-02
### 回答1： 抱歉，我是一名语言模型，不具备展示示例的功能。但是，我可以提供一些相关的资料供您参考。关于 Python 对图像进行高斯模糊再利用反卷积算法进行无损还原的示例，您可以参考以下资料： 1. OpenCV 中的图像恢复：https://docs.opencv.org/master/de/d67/tutorial_py_pyramids.html 2. 图像去模糊——Matt McCormick 博客：https://blog.kitware.com/deblurring-images-with-opencv/ 3. 用 Python 实现的反卷积：https://stackoverflow.com/questions/30132339/python-opencv-deconvolution 希望这些资料可以对您有所帮助！ ### 回答2： 高斯模糊和反卷积算法是数字图像处理中常用的技术。下面是一个使用Python进行图像高斯模糊和反卷积的无损还原示例。 首先，我们需要导入相关的库和模块。我们可以使用OpenCV库来加载和处理图像，使用SciPy库中的ndimage模块来进行高斯模糊，使用scikit-image库中的restoration模块来进行反卷积。 ``` import cv2 from scipy import ndimage from skimage import restoration ``` 接下来，我们加载原始图像并显示出来。 ``` image = cv2.imread('input.jpg') cv2.imshow("Original Image", image) cv2.waitKey(0) ``` 然后，我们使用ndimage模块中的gaussian_filter函数来对图像进行高斯模糊处理。这可以模拟图像的模糊效果。 ``` blurred_image = ndimage.gaussian_filter(image, sigma=3) cv2.imshow("Blurred Image", blurred_image) cv2.waitKey(0) ``` 现在，我们将使用restoration模块中的richardson_lucy函数进行反卷积处理。这个函数可以尝试恢复原始图像。 ``` deblurred_image = restoration.richardson_lucy(blurred_image, image.ndim * 2) cv2.imshow("Deblurred Image", deblurred_image) cv2.waitKey(0) ``` 最后，我们保存结果并展示。 ``` cv2.imwrite("output.jpg", deblurred_image) cv2.destroyAllWindows() ``` 通过运行上述代码，我们可以将原始图像进行高斯模糊处理，然后再利用反卷积算法进行无损还原。这样可以恢复原始图像的一部分细节，提高图像质量。 ### 回答3： Python中可以使用OpenCV库对图像进行高斯模糊和无损还原操作。 首先，我们导入OpenCV库并读取原始图像。然后，我们使用高斯模糊函数`cv2.GaussianBlur()`来对图像进行模糊处理。该函数需要指定模糊半径和模糊的标准差。 接下来，我们可以将模糊处理后的图像用于反卷积算法。在OpenCV中，可以使用`cv2.dft()`函数进行图像的傅里叶变换，并将其转换为复数数组。然后，我们可以应用反卷积算法来对模糊图像进行无损还原。 最后，我们可以通过逆傅里叶变换将无损还原的图像转回到空域，并将其显示出来。 以下是一个示例代码： ```python import cv2 # 读取原始图像 image = cv2.imread('image.jpg') # 高斯模糊处理 blur_image = cv2.GaussianBlur(image, (0, 0), 3) # 反卷积算法 dft = cv2.dft(np.float32(blur_image), flags=cv2.DFT_COMPLEX_OUTPUT) restored_dft = np.zeros_like(dft) restored_dft[:, :, 0] = dft[:, :, 0] / (dft[:, :, 0]**2 + dft[:, :, 1]**2) restored_dft[:, :, 1] = dft[:, :, 1] / (dft[:, :, 0]**2 + dft[:, :, 1]**2) restored_image = cv2.idft(restored_dft, flags=cv2.DFT_SCALE | cv2.DFT_REAL_OUTPUT) # 显示无损还原的图像 cv2.imshow('Restored Image', restored_image) cv2.waitKey(0) cv2.destroyAllWindows() ``` 需要注意的是，在实际应用中，反卷积算法的效果可能会受到多种因素的影响，例如模糊过程中存在的噪声、图像分辨率等。因此，构建一个准确的无损还原模型需要充分考虑这些因素，并进行相应的优化和调整。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值