生信小博士的博客

原创 Nat Commun|其实单细胞和空转的联合思路可以反转一下，今天我们学习一下如何用空间数据“反向注释”单细胞数据，思路打开

肝脏研究长期面临单细胞技术无法获取空间信息的瓶颈，传统认知中的肝细胞三分区模型需要在高分辨率下重新验证。这篇最新研究采用MERFISH空间转录组与snRNA-seq联合分析，首次在单细胞分辨率下绘制健康与纤维化人类肝脏的空间基因图谱。研究提供完整的细胞分割、批次校正、整合分析代码，特别是Baysor细胞边界算法和CellPhoneDB互作分析可直接复用。适合做器官空间图谱、疾病微环境重构、细胞通讯分析的项目，为肿瘤、纤维化等疾病提供新的生物标志物发现思路。

原创 Nature 系列都提醒过的坑：为什么你的富集分析显著通路太多？

富集分析中常出现的"假显著"现象主要是由于背景基因集(universe)设置不当造成的。研究表明，不设置合适的背景基因会导致统计偏差，即使p值显著可能也是"统计幻觉"。建议在分析时明确定义实验特异的基因背景，如RNA-seq中可用检测到的全部基因作为universe，这样才能获得真实可靠的结果。顶级期刊已多次提醒，富集分析不能被直接当作生物学证据，必须建立在合理的统计假设基础上。适当缩小p值阈值(如0.001)也能部分缓解问题，但根本解决方案还是正确设置背景基因集。

原创 Science|单细胞2.0时代来了：Perturb-seq在体应用首秀！

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原创 Cell文献分享| 单细胞＋铁代谢，讲了一个“肿瘤劫铁”的故事

肿瘤—巨噬细胞—红细胞—铁”：肿瘤细胞劫持巨噬细胞的铁离子用于自身的代谢适应，而这些铁离子本该用于红细胞生成。他们把小鼠乳腺癌细胞（E0771、Py8119）做了“三重标记”👇。团队分析了 34 位骨转移癌患者（乳腺癌、肺癌、肾癌等）1️⃣ 肿瘤巢穴周围细胞（mCherry⁺EGFP⁻）团队发现这些VCAM1⁺CD163⁺CCR3⁺细胞。同时，转移灶周围巨噬细胞铁蛋白↑、铁输出蛋白↑，“肿瘤拿走的，不只是铁，而是宿主的造血权。和富铁巨噬细胞（CD163⁺）贴在一起，

原创 你以为没差异？gseGO/gseKEGG 富集分析教你发现“隐藏的通路”！

【摘要】GSEA分析（gseGO/gseKEGG）是一种不依赖预设阈值的基因集富集方法，通过全基因排序检测通路富集趋势，克服了传统ORA方法（enrichGO/enrichKEGG）丢失中等差异基因信息的缺陷。该方法基于2005年提出的GSEA算法，通过计算归一化富集分数（NES）识别显著通路，特别适用于检测"一致性趋势但未达显著阈值"的生物学通路。文中通过乳腺癌DNA修复通路案例和模拟数据演示，展示了其在临床研究和生物信息分析中的应用价值，并对比了与ORA方法的适用场景差异。核心参数包

原创 富集分析神器：enrichGO & enrichKEGG 新手必看！

基因组学时代高通量实验产生大量差异基因（DEGs），需要通过富集分析解释其生物学意义。GO和KEGG是常用数据库，分别提供基因功能注释和分子通路信息。富集分析核心是比较目标基因集在特定功能模块中的聚集程度是否显著高于随机情况，主要采用超几何检验。clusterProfiler包提供enrichGO和enrichKEGG等接口进行富集分析，需注意基因ID转换和参数设置。结果解读需结合统计显著性和生物学意义，避免混淆不同方法。可视化工具可辅助分析，但需警惕基因ID不匹配等常见问题。

原创 ORA富集分析超几何分布

本文展示了使用R语言进行基因富集分析(ORA)的代码流程。通过clusterProfiler包的enricher函数，对目标基因列表(mygenes)进行超几何分布检验，分析其在预设功能基因集(gene_sets)中的富集情况。代码包括数据准备（构建TERM2GENE格式）、富集分析执行和结果可视化（dotplot图）三个主要步骤。该方法适用于小规模基因集的快速功能注释，通过统计显著性评估目标基因在特定通路中的过表达情况。

原创 文本格式转换 清除文本格式 在线 copy

纯文本转换器 | 在线移除文本格式文本格式化工具

原创 修改r包源代码 ctrl+鼠标点击函数，进入函数内部getgeo 源码

F2 键在 RStudio 中可以直接查看函数源代码。不过有些函数又依赖其他函数，有必要的话还是需要跑一趟 GitHub 找到问题到底在哪个函数里。

原创 SetDatExpr: Error in if (!(multi.group.by %in% names(seurat_obj@meta.data))) { : argument is of leng

remotes::install_github('smorabit/hdWGCNA', ref = 'dev') #比devtools更容易成功！#1 加载各种包-----重新安装r包就好了！

原创 Don‘t know how to automatically pick scale for object of type ＜tbl_df/tbl/data.frame＞. Defaulting t

Value如果是一个字符变量，指代列名（如"CellType"），你可以使用来动态解析这个列名。如果列名是直接写入代码中的话，你可以直接这样写：r复制代码这样可以避免索引超出范围的错误。data_longggplot2andValueggplot2ggplotggplotr复制代码ggplotggplot。

原创 更改细胞名称 名字setidents

Get, set, and manipulate an object's identity classes — Idents • SeuratObject

原创 批量获取空转所有 高清图片higres hires

【代码】批量获取空转所有 高清图片higres hires。

原创 graph2PPT EXPORT r 导出矢量图 eps pptx graph2ppt 保存图片wps

原创 中国药科大学博导招合成、药化或有机联培生2-3名

实验室属于新建实验室，师生关系融洽，成果都是学生一作，导师通讯。2. 在联培实验室实习2年或2年以上，听从安排，认真勤奋。实验室主要涉及多糖化学。药化或有机主做新活性化合物合成。1 已经结束理论课学习的一年级硕士生或者博士，征得导师同意。有意者发简历到邮件联系1451526246@qq.com。2024年九月份进入联培实验室。

原创 wgcna jimmy

原创 10x转膜液体 实验室配方

我是前不久在园子里问过。对于大分子需加SDS增加转膜效率，所以你的125kd的用加SDS的好些。我个人感觉加后的确转膜的效率会提高。同意楼上的说法，好像SDS就是增加转膜的速度，但是SDS可以降低膜和蛋白的结合，所以，好像湿转的缓冲液就没有SDS。配方二：Tris 30.5g，甘氨酸 144g（与10X电泳液仅少10gSDS）配方一：Tris 58g，甘氨酸 29g，SDS 3.76g。均是用前10倍稀释，甲醇200ml/L。

原创 免费个人站 独立站 wordpress 自建网站

制作免费网站 | 免费网站构建器 | WordPress.comhttps://bioinformatics7.wordpress.comWordPress.com

原创 graphpad作图数据在哪里 graphpad加截断线 更改图表类型

设置的时候先设置bottom再设置top，否则改变不成功！！

原创 搞懂银行的各类号码 — Account Number, Routing Number 和 Swift Code

大家刚到美国开户的时候，通常会开一个checking account， 有的也会开一个savings account。然后柜员会给你一堆号码。大家是否看晕了呢？让我来给大家解答一下这些号码和他们的用途。由于大多数人到美国的第一个账户都是BOA的。以下以BOA的图为栗子。其他银行也都是大同小异的。主要还是通过这几个地方去看。有什么问题，大家欢迎留言。我会尽量来解答的。搞懂银行的各类号码 - Account Number, Routing Number 和 Swift Code - 美国信用卡指南。

原创 w8ben-E如何填写

如果您的公司不符合这些描述，则可以跳过第XV部分。

原创 分子对接 molecular docking

SailVina只是一个带界面的脚本，批量调用Autodock Vina，openbabel等来便捷的进行分子对接。本软件可以实现以下功能：下载受体；自动准备受体。配体格式转换；根据取代基批量生成配体。验证对接方案(Protocol)是否可以还原实验结果。单个/多个配体和单个/多个受体进行对接。将对接的多个配体提取出来。提取对接的分数；批量提取分数，并选择性的提取结果。将配体和受体合并成一个文件。计算两个/多个小分子之间的RMSD值。这已经是最终的版本，目前不会再添加新功能。

原创 Python小白的机器学习入门指南

我们将使用一个简单的鸢尾花数据集（Iris Dataset）。这个数据集包含150个样本，每个样本有4个特征（萼片长度、萼片宽度、花瓣长度、花瓣宽度），以及目标变量（鸢尾花的品种：Setosa、Versicolour、Virginica）。本文将为大家介绍一些基本的Python命令，并结合一个简单的数据集进行实例讲解，希望能帮助你快速入门机器学习。以上就是使用Python进行机器学习的一些基本步骤和命令。记得关注我们的公众号，获取更多有趣的Python和机器学习内容哦！打印数据集的前5行。

原创 AlphaFold3—转录因子预测（实操）

转录因子通过DNA结合结构域识别基因附近的DNA序列，如启动子中的TATA盒、CAAT盒、GC盒等元件。生物常见配体：ATP、ADP、AMP、GTP、GDP、FAD、NADP、NADPH、NDP、血红素、血红素C、肌酸、油酸、棕榈酸、柠檬酸、叶绿素A和B、细菌叶绿素A和B。某些糖组成的糖链（包括支链）：α/β-D-葡萄糖、α/β-D-甘露糖、α-L-岩藻糖、β-D-半乳糖、N-乙酰-β-D-葡萄糖胺。生物常见离子：Ca2+、Co2+、Cu2+、Fe3+、K+、Mg2+、Mn2+、Na+、Zn2+、Cl-

原创 yarn install 00h00m00s 0/0: : ERROR: [Errno 2] No such file or directory: ‘install

3 重启 terminal。

原创 ps科研常用操作，制作模式图 扣取想要的内容元素photoshop

然后，cotrol shift+ i，反选， ctrol shift+j复制，复制成功之后，一定要改为选择工具拖动一下目的元素，然后 ctrl+c复制一下目的元素。最后，点击file---export-----export as即可无背景的保存所选图片。打开ps---file-----new ，ctrol+v粘贴图片进入ps。最后file--new 新建文件，把刚选择的目的元素复制到新的文件里。选择魔棒工具，点击想要去除的白色区域。复制想要copy的图片，

原创 使用sapply()按列选择top10基因名称 行列函数

【代码】使用sapply()按列选择top10基因名称 行列函数。

原创 外显子测序wes

例如在肿瘤临床检测中，寻求肺癌靶向治疗的患者通常会先做panel测序，因为与肺癌靶向治疗相关的基因是比较明确的，几十至一百多个基因的panel测序通常就可以满足需求。因而，从覆盖基因组的范围来说，全基因组测序>全外显子组测序>靶向测序。值得注意的是，通常所说的全外显子组测序，是指针对蛋白编码基因的外显子，很少涉及非编码基因。对外显子组(基因组里的所有外显子)进行测序的方法，即为 全外显子组测序 (Whole-Exome Sequencing，WES)，也称为 外显子组测序、全外显子测序，全外测序 等。

原创 离岸人民币与人民币国际化

考虑到如果一个外国人通过与中国的贸易赚取人民币，如果他想把人民币兑换成另一个国家的货币或美元，他需要得到中国政府的批准，而且那里存在一定的政治不稳定性。2003年，香港中央银行开始在香港提供人民币清算服务，2010年，香港参与银行能够与交易对手进行交易，香港公司和机构能够在这些银行开设人民币账户并自由交易人民币，从而创造了一个离岸人民币兑换市场。在人民币离岸市场上，外国人可以在这些离岸市场上随意将美元兑换成人民币或将人民币兑换成美元，而不必担心他们的人民币因为无法兑换而被 "锁定"。

原创 python中的 lambda函数

lambda函数属于匿名函数，lambda后 冒号前面的为函数参数，冒号后面为函数体。

原创 用于流式细胞分析的 BrdU 染色方案

BrdU 染色试剂盒包含通过流式细胞术来鉴定并检测细胞增殖所需的试剂和缓冲液。用 5-溴-2’-脱氧尿嘧啶核苷（BrdU）培养处于分裂周期的细胞。BrdU 是胸苷的一种合成胸腺嘧啶类似物，在有丝分裂的 S 期会掺入到新合成的基因组 DNA 中。随后进行 DNA 变性， 通过细胞染色来确定 BrdU 插入情况以及任何其他细胞表面和/或感兴趣的胞内目标物。一般注意事项请小心处理。产品含有甲醛。如有需要，可单独购买BrdU 单克隆荧光抗体（克隆号BU20A）。

原创 免费Linux学习机

它旨在提供一个易于接近、交互式的环境，用户可以在其中学习和实验生物信息学的基础知识和高级技术。通过交互式的示例和任务，用户可以边学边做，加深理解和掌握。沙盒环境: 所有的学习和实验都在一个安全的沙盒环境中进行，这意味着用户可以自由地实验各种命令和脚本，而不用担心影响到自己的计算机系统或数据。面向所有水平的用户: 无论是生物信息学的新手还是有经验的研究者，sandbox.bio都提供了丰富的资源和工具来满足不同用户的需求。通过对数据行和字段的操作，以及使用内置的文本处理功能，可以执行复杂的数据分析任务。

原创 ShinyCell： 让不会单细胞分析的小白也可以做可视化分析，随手画出细胞比例图

该工具的特点是简单易用，用户无需具备专业的单细胞分析技能，即可通过简单操作完成数据可视化。ShinyCell 提供了一个直观的界面，用户可以通过简单的拖拽、点击等操作，快速生成细胞比例图。鉴于有些读者对单细胞分析还不是很熟练，但是又想要看单细胞数据里某个基因的表达，或者某种细胞的分组比例，或者画umap图、画小提琴图....除了细胞比例图外，ShinyCell 还可能提供其他功能，例如数据过滤、聚类分析等，以帮助用户更好地理解单细胞数据。3 进入shinyApp文件夹，点击ui.R文件，就可以运行。

原创 DotPlot中的Average expression图注竟然消失了

【代码】DotPlot中的Average expression图注竟然消失了。

原创 可视化中的小心机

【代码】可视化中的小心机。

原创 scDEA一键汇总12种单细胞差异分析方法 DESeq2、edgeR、MAST、monocle、scDD、Wilcoxon

由于一些差异表达分析框架只接受原始计数矩阵，而其他方法则需要归一化表达矩阵作为输入，为了给所有 12 种独立的差异表达分析方法构建统一的输入，scDEA 首先将原始计数矩阵转换为每百万 (CPM) 比对 reads，然后将原始计数矩阵、CPM 归一化表达矩阵和细胞类型标签一起集成，并使用 R 软件包 SingleCellExperiment [20] 保存为一个 SingleCellExperiment 对象。作者说scDEA这种方法可以减少一类错误，减少细胞数目的影响，减少批次效应的影响......

原创 Cell发表的单细胞整合方法：LIGER，很好用！

LIGER（Linked Inference of Genomic Experimental Relationships，基因实验关系的链接推断）是一个用于整合和分析多个单细胞数据集的软件包，由Macosko实验室开发，并由Welch实验室维护和扩展。它依赖于整合的非负矩阵分解技术来识别共享的和数据集特定的因子。不同模态间（例如，单细胞RNA测序和空间转录组数据，单细胞甲基化或单细胞ATAC测序）一旦多个数据集被整合，该软件包提供了进一步的数据探索、分析和可视化的功能。不同物种间（例如，小鼠和人类）

原创 获取KEGG通路的基因列表 做单细胞GSEA、GSVA分析

这通常涉及使用专门的R包，如KEGGREST或biomaRt，来查询KEGG数据库并检索特定通路的基因列表。这包括加载单细胞RNA-seq数据，通常使用Seurat或其他单细胞分析包进行预处理。：使用GSVA包对单细胞数据执行基因集变异分析（GSVA），根据KEGG通路的基因列表评估每个单细胞样本的通路活性。果：最后，基于GSVA分析结果，绘制热图或其他类型的图表来展示不同单细胞样本中通路活性的变化。

原创 R包安装失败怎么办？（一）msigdbr

当你把timeout 设置到1000之后还会报错，怎么办？安装GSVA出现报错。

原创 两步法搞定：Python中的h5ad文件 转为R中的seurat对象

某些特定的数据类型或结构可能在一个框架中有良好的支持，而在另一个框架中则不是。例如，Seurat和AnnData在处理稀疏矩阵或复杂的细胞分群信息时可能会有所不同。某些转换问题可能是由于软件中未被发现或尚未修复的bug所导致。：Seurat或AnnData的不同版本可能会引入新的功能或更改数据存储方式，导致转换工具无法正确处理最新或旧版格式的文件。：转换工具可能期望在源文件中存在特定的元数据信息。不管是在r中还是python中 ，只是数据的存储结构不同而已。但是数据本身没有变化。