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RSS订阅原创 ps科研常用操作，制作模式图 扣取想要的内容元素photoshop
然后，cotrol shift+ i，反选， ctrol shift+j复制，复制成功之后，一定要改为选择工具拖动一下目的元素，然后 ctrl+c复制一下目的元素。最后，点击file---export-----export as即可无背景的保存所选图片。打开ps---file-----new ，ctrol+v粘贴图片进入ps。最后file--new 新建文件，把刚选择的目的元素复制到新的文件里。选择魔棒工具，点击想要去除的白色区域。复制想要copy的图片，
2024-04-30 09:22:37
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原创 外显子测序wes
例如在肿瘤临床检测中，寻求肺癌靶向治疗的患者通常会先做panel测序，因为与肺癌靶向治疗相关的基因是比较明确的，几十至一百多个基因的panel测序通常就可以满足需求。因而，从覆盖基因组的范围来说，全基因组测序>全外显子组测序>靶向测序。值得注意的是，通常所说的全外显子组测序，是指针对蛋白编码基因的外显子，很少涉及非编码基因。对外显子组(基因组里的所有外显子)进行测序的方法，即为 全外显子组测序 (Whole-Exome Sequencing，WES)，也称为 外显子组测序、全外显子测序，全外测序 等。
2024-04-22 18:09:16
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原创 离岸人民币与人民币国际化
考虑到如果一个外国人通过与中国的贸易赚取人民币，如果他想把人民币兑换成另一个国家的货币或美元，他需要得到中国政府的批准，而且那里存在一定的政治不稳定性。2003年，香港中央银行开始在香港提供人民币清算服务，2010年，香港参与银行能够与交易对手进行交易，香港公司和机构能够在这些银行开设人民币账户并自由交易人民币，从而创造了一个离岸人民币兑换市场。在人民币离岸市场上，外国人可以在这些离岸市场上随意将美元兑换成人民币或将人民币兑换成美元，而不必担心他们的人民币因为无法兑换而被 "锁定"。
2024-04-17 23:03:54
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原创 用于流式细胞分析的 BrdU 染色方案
BrdU 染色试剂盒包含通过流式细胞术来鉴定并检测细胞增殖所需的试剂和缓冲液。用 5-溴-2’-脱氧尿嘧啶核苷（BrdU）培养处于分裂周期的细胞。BrdU 是胸苷的一种合成胸腺嘧啶类似物，在有丝分裂的 S 期会掺入到新合成的基因组 DNA 中。随后进行 DNA 变性， 通过细胞染色来确定 BrdU 插入情况以及任何其他细胞表面和/或感兴趣的胞内目标物。一般注意事项请小心处理。产品含有甲醛。如有需要，可单独购买BrdU 单克隆荧光抗体（克隆号BU20A）。
2024-03-26 00:30:00
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原创 免费Linux学习机
它旨在提供一个易于接近、交互式的环境，用户可以在其中学习和实验生物信息学的基础知识和高级技术。通过交互式的示例和任务，用户可以边学边做，加深理解和掌握。沙盒环境: 所有的学习和实验都在一个安全的沙盒环境中进行，这意味着用户可以自由地实验各种命令和脚本，而不用担心影响到自己的计算机系统或数据。面向所有水平的用户: 无论是生物信息学的新手还是有经验的研究者，sandbox.bio都提供了丰富的资源和工具来满足不同用户的需求。通过对数据行和字段的操作，以及使用内置的文本处理功能，可以执行复杂的数据分析任务。
2024-03-24 00:30:00
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原创 ShinyCell： 让不会单细胞分析的小白也可以做可视化分析，随手画出细胞比例图
该工具的特点是简单易用，用户无需具备专业的单细胞分析技能，即可通过简单操作完成数据可视化。ShinyCell 提供了一个直观的界面，用户可以通过简单的拖拽、点击等操作，快速生成细胞比例图。鉴于有些读者对单细胞分析还不是很熟练，但是又想要看单细胞数据里某个基因的表达，或者某种细胞的分组比例，或者画umap图、画小提琴图....除了细胞比例图外，ShinyCell 还可能提供其他功能，例如数据过滤、聚类分析等，以帮助用户更好地理解单细胞数据。3 进入shinyApp文件夹，点击ui.R文件，就可以运行。
2024-03-24 00:15:00
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原创 DotPlot中的Average expression图注竟然消失了
【代码】DotPlot中的Average expression图注竟然消失了。
2024-03-23 00:30:00
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原创 scDEA一键汇总12种单细胞差异分析方法 DESeq2、edgeR、MAST、monocle、scDD、Wilcoxon
由于一些差异表达分析框架只接受原始计数矩阵，而其他方法则需要归一化表达矩阵作为输入，为了给所有 12 种独立的差异表达分析方法构建统一的输入，scDEA 首先将原始计数矩阵转换为每百万 (CPM) 比对 reads，然后将原始计数矩阵、CPM 归一化表达矩阵和细胞类型标签一起集成，并使用 R 软件包 SingleCellExperiment [20] 保存为一个 SingleCellExperiment 对象。作者说scDEA这种方法可以减少一类错误，减少细胞数目的影响，减少批次效应的影响......
2024-03-22 00:41:17
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原创 Cell发表的单细胞整合方法：LIGER，很好用！
LIGER（Linked Inference of Genomic Experimental Relationships，基因实验关系的链接推断）是一个用于整合和分析多个单细胞数据集的软件包，由Macosko实验室开发，并由Welch实验室维护和扩展。它依赖于整合的非负矩阵分解技术来识别共享的和数据集特定的因子。不同模态间（例如，单细胞RNA测序和空间转录组数据，单细胞甲基化或单细胞ATAC测序）一旦多个数据集被整合，该软件包提供了进一步的数据探索、分析和可视化的功能。不同物种间（例如，小鼠和人类）
2024-03-22 00:39:49
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原创 获取KEGG通路的基因列表 做单细胞GSEA、GSVA分析
这通常涉及使用专门的R包，如KEGGREST或biomaRt，来查询KEGG数据库并检索特定通路的基因列表。这包括加载单细胞RNA-seq数据，通常使用Seurat或其他单细胞分析包进行预处理。：使用GSVA包对单细胞数据执行基因集变异分析（GSVA），根据KEGG通路的基因列表评估每个单细胞样本的通路活性。果：最后，基于GSVA分析结果，绘制热图或其他类型的图表来展示不同单细胞样本中通路活性的变化。
2024-03-22 00:36:09
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原创 两步法搞定：Python中的h5ad文件 转为R中的seurat对象
某些特定的数据类型或结构可能在一个框架中有良好的支持，而在另一个框架中则不是。例如，Seurat和AnnData在处理稀疏矩阵或复杂的细胞分群信息时可能会有所不同。某些转换问题可能是由于软件中未被发现或尚未修复的bug所导致。：Seurat或AnnData的不同版本可能会引入新的功能或更改数据存储方式，导致转换工具无法正确处理最新或旧版格式的文件。：转换工具可能期望在源文件中存在特定的元数据信息。不管是在r中还是python中 ，只是数据的存储结构不同而已。但是数据本身没有变化。
2024-03-22 00:34:24
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原创 多样本或批次的数据整合分析时，是否需要按样本分别进行ScaleData处理？
此外，Seurat的整合分析流程也通常推荐在数据整合前对数据进行统一的预处理步骤，包括标准化处理，以确保分析的一致性和可比性。这样做可以保证所有细胞的数据是在相同的标准下被缩放和中心化的，有助于改善整合分析的效果。缺点：这种方法可能不利于后续的批次效应校正，因为在独立标准化后，跨样本的基因表达量比较可能会受到影响，导致批次校正方法（如Harmony）的效果不佳。适用情况：如果每个样本之间存在显著的批次效应或其他非生物学变异性，并且你希望在进行批次校正之前对每个样本的数据进行标准化处理。
2024-03-22 00:33:22
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原创 R中提取当前路径下所有同时含有“pseudo“、“deg“和“rds“字符串的文件的全路径
【代码】R中提取当前路径下所有同时含有“pseudo“、“deg“和“rds“字符串的文件的全路径。
2024-03-02 00:25:40
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原创 在Linux环境下，解压.rar文件
在Linux环境下，解压.rar文件通常需要使用unrar或rar命令行工具。如果系统中未安装这些工具，你可以根据使用的Linux发行版通过包管理器进行安装。
2024-03-01 12:13:39
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原创 Seurat包学习：如何查看R包函数源代码
我们很多时候都很好奇作者的r包是如何写出来的，手痒的时候就想学习一下源码，顺便改一改为什么要写今天这个推文呢？起因是因为我想使用seurat自带函数画热图，奈何这个图不是那么好看于是，我想自己手动改一下这个热图提取p中的数据，这个时候我们就可以自己利用提取到的数据，去个性化的画图。这里可能用到长数据和宽数据转换的技巧：ggplot2画图精髓——宽数据转为长数据或者你可以直接看我之前另外一种画单细胞热图的方法：20万单细胞的热图要这么画吗？但是我发现环境栏中的p和通常的p好像不太一样（就是感觉为
2024-02-23 22:40:42
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原创 机器学习 深度学习资料 资源machine learning
Kaggle入门，看这一篇就够了 - 知乎 (zhihu.com)入门机器学习是一个逐步的过程，涉及学习基础概念、数学基础、编程技能、理解算法和模型，以及实践和项目经验的积累。
2024-02-20 23:10:16
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原创 Seurat中Dotplot的作图数据，其实来源于FindAllmarker得到的数据：pct，avg_log2C 。获取百分比，平均表达量
【代码】Seurat中Dotplot的作图数据，其实来源于FindAllmarker得到的数据：pct，avg_log2C。获取百分比，平均表达量。
2024-02-20 17:06:38
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原创 Error in f(...) : Graphics API version mismatch
这个错误通常是因为您的 ggplot2 包版本与您的 ggsave 函数不兼容所致。您可以尝试升级 ggplot2 包到最新版本，然后再次运行您的代码。
2024-02-19 23:27:08
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原创 特殊字符保存为pdf 【】 [] :: 富集分析 gsub paste0
【代码】特殊字符保存为pdf 【】 [] :: 富集分析 gsub paste0。
2024-02-17 17:14:56
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原创 seurat v5 使用scvi-tools，r中安装scVIIntegration使用scVIIntegration进行数据整合r中使用python reticulate
有GPU的话，可以安装下面的包进行GPU加速，就算你没有gpu，通常也需要安装，防止后续运行报错。虽然使用R语言运行，需部署一个scvi的Python环境，这部分与推文【没有gpu的话，会巨慢无比。
2024-02-12 22:12:25
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原创 error: object ‘FastMNNIntegration‘ not found
【代码】error: object 'FastMNNIntegration' not found。
2024-02-10 17:56:50
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原创 in r, 找出所有重复的元素，包括第一个 R语言｜如何筛选所有的重复行（包括第一行重复在内）
这种方法能够有效地找出并提取向量中所有重复的元素，包括它们第一次出现的位置。
2024-02-06 15:11:59
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原创 seurat findneighbors Error in match(x, table, nomatch = 0L) : ‘match‘ requires vector arguments
【代码】seurat findneighbors Error in match(x, table, nomatch = 0L) : 'match' requires vector arguments。
2024-01-30 22:09:43
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原创 如果报错就进入下一个循环 使用tryCatch捕获错误，跳过报错 错误，进入下一个循环 继续运行使用tryCatch捕获错误，跳过报错 错误，进入下一个循环 继续运行
【代码】如果报错就进入下一个循环。
2024-01-30 21:06:23
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原创 Linux上游批量文件操作 从多个文件夹中提取特定文件并将它们移动到新的、具有单一文件结构的文件夹中，可以使用 mkdir, find, cp, 和 xargs 命令
从多个文件夹中提取特定文件并将它们移动到新的、具有单一文件结构的文件夹中，可以使用mkdirfindcp, 和xargs命令。
2024-01-26 14:59:27
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原创 inmt grem1 spatial am1 am3 空转cellchat
【代码】inmt grem1 spatial am1 am3 空转cellchat。
2024-01-24 20:48:43
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原创 稀有物种加测bcr/tcr vdj How to create a Cell Ranger compatible V(D)J reference? cellranger
【代码】稀有物种vdj How to create a Cell Ranger compatible V(D)J reference?
2024-01-22 22:56:05
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原创 使用aspera下载SRA数据速度高达 下载中国gsa数据? ascp
问：ascp: failed to authenticate, exiting. Session Stop (Error: failed to authenticate) 怎么回事？链接：https://www.jianshu.com/p/2987843d97e3。问：既然断点续传对fasta/q序列文件的完整性有影响，那我不加k1可以嘛？商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。问：断点续传对fasta/q序列文件的完整性有怎样的影响？问：为什么我下载的这么慢，明明我设置的也是。
2024-01-20 21:29:50
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原创 monocle2 fibroblast silicosis inmt
【代码】monocle2 fibroblast silicosis inmt。
2024-01-10 21:33:46
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原创 空间转录组与单细胞转录组联合分析——MIA，代码分享（Nature Biotechnology :）
原文：Integrating microarray-based spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq reveals tissue architecture in pancreatic ductal adenocarcinomas | Nature Biotechnology在 scRNAseq 数据中，识别每个细胞类型中比其余的细胞都高表达的基因，定义。基于 ST 数据，确定各个空间区域相对于其他区域有显著高表达的基因集（
2024-01-10 21:09:39
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