OHDSI ATLAS 安装

最新推荐文章于 2024-12-27 14:41:42 发布

mumumumufeng

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文章标签：大数据 java tomcat nodejs

本文链接：https://blog.csdn.net/mumumumufeng/article/details/121266393

版权

1.1 前提条件

官方文档 Atlas Setup Guide · OHDSI/Atlas Wiki · GitHub

CDM 样例数据下载 Data Standardization – OHDSI

VOCABULARY 下载地址 Athena

1.1.1 需要的环境

Postgresql 10 (其它版本的可能存在兼容性问题) 足够的硬盘空间
Tomcat 8.X (不建议通过manager上传，容易报错，建议使用War包进行部署)
R 4.0.X、R Tools 4.0.X且仅安装64位 https://blog.csdn.net/kwame211/article/details/107760226
JDK 1.8.X 且仅安装64位
Maven 3.X (服务器，本机其中有一个就行，编译webapi时需要用)
Node JS LTS版本 https://www.cnblogs.com/zhi-leaf/p/10979629.html
Git

1.1.2 docker 部署

当然如果只是简单部署可以选择使用官方提供的docker compose 进行一键安装(包含了Methods库，atlas等主要的OHDSI工具)

https://github.com/OHDSI/Broadsea

https://github.com/OHDSI/OHDSIonAWS

1.1.3 安装流程

WebAPI + ACHILLES + CDM + VOCABULARY + Atlas

1.2 安装步骤

1.2.1 安装WebAPI

1.下载对应版本的源代码

git clonehttps://github.com/OHDSI/WebAPI.git
cd WebAPI
git checkout -b v2.8.0 v2.8.0

2.解压之后，创建WebAPIConfig目录，复制sample_settings.xml配置文件到新目录中，修改配置文件中的部分内容

1.datasource.url - 当前应用的数据库地址，源代码中的数据库地址为localhost、数据库名为OHDSI，如果你的配置信息不同，需要修改。
2.datasource.ohdsi.schema - 由于postgresql的数据库中可以包含多个模式，当前参数配置的模式为WebAPI应用的模式，默认为webapi，如果你没有手动创建当前模式的话，需要手动创建或者修改配置
3.datasource.username、datasource.password - 默认配置了ohdsi_app_user用户作为webapi的普通用户，可以增删改查webapi中的所有表和数据
4.flyway.datasource.username、flyway.datasource.password - flyway用于创建webpi所需要的表，默认为ohdsi_admin_user，拥有webapi的全部权限
5.在postgresql中创建对应用户、数据库的命令如下，需要使用postgres管理员登录

3.配置postgresSQL

https://github.com/OHDSI/WebAPI/wiki/PostgreSQL-Installation-Guide

4.构建war包，执行打包命令，此处使用postgresql的打包参数，打包完成后我们可以在target目录下看到WebAPI.war的文件

mvn clean package -DskipTests -s WebAPIConfig/settings.xml -P webapi-postgresql

5.启动tomcat，将打包好的文件复制到tomcat主目录下的webapp目录中，稍等一段时间之后，tomcat将会自动完成webapi的部署，在这个过程中会自动在webapi下创建应用所需的全部表结构，如果启动过程中出现表不存在等关系，请检查flyway.datasource的配置，例如用户没有授权，schema指定的不对等，如果在第一次启动过程中由flyway初始化失败导致项目启动失败，请在下次启动之前，删除schema_version表，否则程序不会重新进行表的初始化

可以观察tomcat/logs/catalina.out 如果有以下信息即成功部署