Fread函数读入，空白值如何变NA

于 2023-07-24 21:47:19 发布
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在处理大规模GWAS数据时，read.table()和Excel无法读取。使用fread()函数成功读取，但发现SNP列含有空格导致不识别为空。通过设置fread()的na.strings参数，将空格转换为NA，解决了数据处理问题。
摘要由CSDN通过智能技术生成

最近读入一个GWAS数据，数据很大，read.table()、Excel都打开失败了

fread()读入很快，但发现SNP列有很多空格

>a1<- fread("finngen_R9_O15_PREECLAMPS")

>a[8,5]
                  rsids
1: rs1201088959

>a[9,5]
               rsids
1:      

>is.na(a[9,5])
        rsids
[1,] FALSE

最后到处搜寻发现fread和read.table一样有na.string的选项

>a1<- fread("finngen_R9_O15_PREECLAMPS",na.strings = c(""," ", NA),fill = TRUE,stringsAsFactors = FALSE)

>a1[9,5]
     rsids
1:  <NA>

最后把空白格转换成NA了

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