孟德尔随机化代码运行后的“灵异事件”

最新推荐文章于 2024-05-20 13:24:23 发布
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第一个：运行了harmonise_data（）之后，提示我有两个回文SNP，但mr_keep全部都是TURE啊

 第二个：出现第一个问题之后，没管它，我试着继续运行mr()，结果我一整个心拔凉

 “被替换的项目不是替换值长度的倍数”是什么意思？搜索全网，没看到明确解释啊，本菜鸟崩溃

看看我的数据，求各位大佬支支招！

 

nice0763
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pandas使用drop_duplicates函数基于指定单个字段删除dataframe数据中单个数据列包含重复数据的数据行（设置subset参数、删除指定数据列内容重复的数据行、keep参数为False删除所有重复行、不做保留）
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perl应用：snp提取后续处理：非ATGC行的删除
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有如下的数据结构，我们知道DNA中碱基只有四种，ATGC，但是因为测序过程中的种种原因，可能出现R，M等情况，也就是所谓的兼并碱基，可参考前面的标准核酸表。如下面中第三行中有一个R，但是我们在分析的过程中，希望把这样的行给去掉。 25806202 T T C T T T T T T C T T T T T T T T T 25806240 C C C C C C C C C C C C
复现一篇16分的孟德尔随机化文章
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08-08 5893
作者分析了两个指标，一个是吸烟指数、第二个是每周饮酒量，对这两个指标进行多变量分析，多变量孟德尔随机化考虑了两个变量的相互影响，简单来说可以把另外的当做混杂因素。最后我个人总结一下自己的看法，孟德尔随机化分析要想发高分，主要还是在前期自己大量的数据收集和汇总，代码不是很难，一定要像文章中做多个数据库的，最好同时做单变量和多变量的。这是一篇老外的文章，咱们试着复现一下文章的数据和图表，和上一篇一样，作者和上一篇一样也是给咱们提供了详尽的数据和R的代码，我们可以跟着作者的思路进行一个复盘。
plink清除snp位点
yiweij的博客
12-28 609
1.检查重复的样本或变异信息： 使用 PLINK 的命令来查找并移除重复的信息。例如可以使用 --list-duplicates 来列出重复的个体或变异，然后使用 --remove 或 --exclude 参数将其剔除。2.确保数据唯一性： 确保你的数据中个体和变异信息的标识符是唯一的。有时候数据处理或者合并过程中可能会导致重复。3.检查数据源： 如果这些数据是从不同的来源合并而来，可能存在重复的情况。重新检查原始数据并确保数据的唯一性。
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remove_snp
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看了一些孟德尔随机化内容，大概整理一下步骤参考博文：https://mp.weixin.qq.com/s?
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知行合一
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就是通过漏斗图一看都是所有的工具变量都是呈漏斗分布的，就说明没有偏向，这个时候我们认为定向多效性都被冲掉了，不影响。好，解释了上面的一些术语之后，我们实操一波。
基于ChatGPT+RPA的融资融券业务担保资产风险评价
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客户的信用资金账户为客户信用交易担保资金账户的二级子账户，客户的信用证券账户为客户信用交易担保证券账户的二级子账户，证券公司客户信用交易担保证券账户内的证券和客户信用交易担保资金账户内的资金，为担保证券公司因融资融券而产生的对客户债权的信托财产，即客户在信用资金账户中的资金和在信用证券账户中的证券，共同构成了其对证券公司负债的担保。最后得出结论和启示。对于融资融券负债而言，因客户的担保证券价格波动，会导致客户的偿债能力变化，极端情况下，会导致客户资不抵债，进而影响证券公司的债权收回，发生业务减值损失。
多变量孟德尔随机化代码
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输入暴露和结局的数据，然后进行孟德尔随机化分析，得出暴露和结局之间的因果关系。下面是使用TwoSampleMR包进行孟德尔随机化分析的步骤： ```R # 安装TwoSampleMR包 install.packages("TwoSampleMR") 多变量孟德尔随机化是# 加载TwoSampleMR包 library(TwoSampleMR) # 输入暴露和结局的数据 exposure_data <- read一种用于实验设计的方法，可以通过随机分配处理组来减少实验中的.table("exposure_data.txt", header=TRUE) outcome_data <- read.table("outcome_data.txt", header=TRUE) # 进行孟混杂因素。下面是一个使用R语言进行多变量孟德尔随机化的代码示例：\n\```R\# 安装并加载“randomizR”包\ins.packges(\randomizR\")\ibrary德尔随机化分析 mr_results <- mr_egger(exposure_data, outcome_data) # 查看结果 summary(mr(randomizR)\n\# 创建一个包含3个处理组和2个因素的数据框\f <- .fram(\ group_results) ``` = (\A\", \B\", \C\"),\ factor1 = (1, 2, 3),\ factor2 = 需要注意的是，输入的数据必须符合一定的格式要求，具体可以参考TwoSampleMR包的文档。此外， (\X\", \Y\", \Z\")\)\n\# 进行多变量孟德尔随机化\randomiz(df, str还有其他一些孟德尔随机化的R包，例如MendelianRandomization和TwoSampleMRGUI等， = \factor1\", block = \factor2\", s = 123)\```可以根据具体需求选择使用。 \n\在这个示例中，我们使用了R语言中的“randomizR”包来进行多变量孟德尔随机化。首先，我们创建了一个包含3个处理组和2个因素的数据框。然后，我们使用“randomiz”函数进行随机化，其中“str”参数指定了分层因素，

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