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原创基因结构注释软件PASA安装全纪录

PASA安装官方网址 https://github.com/PASApipeline/PASApipeline/wiki 登录mysql,创建用户create a user/password with read-only accesscreate a user/password with all privilegesmysql -u rootmysq...

2018-03-27 09:09:31 8020

原创解决R绘图时报错X11

报错代码data=read.table('scaffold_len&depth&GC.txt',header = T,sep = '\t')png('test.png')with(data,smoothScatter(GC_rate*100,Depth,ylim = c(0,200),xlab = 'GC%',ylab = 'Seq dep(X)'))dev.off()报错内容Error i

2017-08-04 09:43:34 4210

原创 BLAT 安装

Download & Unzipwget https://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/blatSrc.zipunzip blatSrc.zipInstallcd blatSrcuname -mMACHTYPE=x86_64export MACHTYPEmkdir ~/bin/x86_64makemkdir bincp /share/home/baishe

2017-05-25 22:39:12 2137

转载 Python中用print方法向文件中写入内容

http://www.yangyanxing.com/article/749.html一个小功能，我就是想用print功能实现，不想用writeimport osos.chdir("/usr/tem")char="my name is yangyanxing"f = open("test.txt","w")print >>f,char但是Python3中还可以用以下的方式import o

2017-05-14 16:02:48 8432

转载 python同时遍历两个list

http://www.cnblogs.com/hwlcathy/p/4367390.html两个list，有对应关系，希望同时完成遍历用迭代器迭代的方法也不是不可以，python提供了更直观的方法：可以使用zip把两个list打包，类似：list1 = [1,2,3,4]list2 = [5,6,7,8]for (i1, i2) in zip(list1,list2):　　i3 = i1+i2

2017-03-18 10:45:15 5189

转载 bamtools安装

http://www.bio-info-trainee.com/2152.html## Download and install variationtoolkit## https://github.com/pezmaster31/bamtools/wiki/Building-and-installingcd ~/biosoftmkdir bamtools && cd bamtoolsgit c

2017-03-09 09:50:50 3531

原创 Python以遍历的方式删除列表元素

参考http://www.cnblogs.com/GODYCA/archive/2013/06/04/3116887.html以remove的方式删除需要技术！！！通过创建新列表的方式绕路走比较合适

2017-03-06 18:18:10 2150

原创个人PC Centos7下生物学软件安装记录

1. gccyum install -y gcc2. mysqlyum install mysqlyum install mysql-develcentos7没有mysql-server的yum源，因此需手动配置wget http://dev.mysql.com/get/mysql-community-release-el7-5.noarch.rpmrpm -ivh mysql-commun

2017-01-09 17:22:43 756

转载 windows下刻录U盘启动盘安装linux报错解决

地址： http://www.augsky.com/599.html报错信息：报错原因：windows下刻录的U盘linux识别解决方案：

2017-01-07 10:13:16 757

原创非root用户安装Python第三方模块

1. 创建本地python包文件夹mkdir -p python/lib64/python2.6/site-packages/2. 编辑.bashrc配置文件在配置文件内新增该行：export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/public/home/ZhiWuNiJingLab/Biosoftware/python/lib64/python2.6/site-packages/3.

2016-12-16 21:37:50 1551

原创 python实现二分法查找

来自Rosalind上的一个简单的题目，但是却足足困扰我三天（哭哭脸）最后用了一个比较讨巧的方法解决了需求。个人觉得代码是有问题的，以后发现问题了在修正吧~# coding=utf-8import osos.chdir('C:/workspace')fh = open('rosalind_bins.txt')read_fh = fh.readlines()len_array = int

2016-10-10 20:56:52 856

原创 python字典按键或值排序

函数 sorted()>sorted(iterable, cmp=None, key=None, reverse=False)针对字典来说有以下两种应用环境。1. 按键排序sorted(dict.keys())2. 按值排序dic_AA = sorted(dic_A.iteritems(),key=lambda d:d[1],reverse=True)这里的dic_A.iteritems()实

2016-09-26 10:16:47 1123

原创解决python读取中文文件乱码问题

fh = open(filename+'.txt')read_fh=fh.readlines()for name in read_fh: name = name.decode('gbk')fh.close()

2016-07-25 22:32:00 12189

转载 R语言找出数据集中有缺失值的行，将其记录到另一个数据框中，并产生一个无缺失值的数据集

找出hafu数据集中有缺失值的行，将其记录到令一个数据框中，将原数据框中有缺失值的行删除 list <-which(rowSums(is.na(rw_hafu)) > 0) # hafu数据集中有缺失值的行。 hafu_NA <- rw_hafu[list,]#提取有缺失值的行。 hafu_A <- rw_hafu[-list,]# 产生无缺失值的行。引用地址：http://ww

2016-07-05 21:54:01 23481

原创同源基因查找软件OrthoMCL的使用[转载+再编辑]

同源基因查找软件OrthoMCL的使用。

2016-06-26 17:48:58 4646 1

原创安装get_homologues

get_homologues软件安装问题解决方案。

2016-06-25 09:31:59 2498

原创练手项目

1.爬虫爬取网易云音乐评论大于5000的歌曲，获得评论数和第一条评论，并按评论数从高到低排列。

2016-05-16 23:25:27 382

原创第 0007 题：有个目录，里面是你自己写过的程序，统计一下你写过多少行代码。包括空行和注释，但是要分别列出来。

省略遍历目录步骤。（可通过遍历目录后循环实现，期间不要重置计数变量）import osimport stringimport reos.chdir('C:/workspace')fh=open('test_test.py')read_fh=fh.readlines()fh.close()number_code=0number_empty=0number_note=0pattern='

2016-05-12 00:02:08 2147 2

原创第 0006 题：你有一个目录，放了你一个月的日记，都是 txt，为了避免分词的问题，假设内容都是英文，请统计出你认为每篇日记最重要的词。

偷懒一下，遍历目录就不写了，毕竟不爱写日记。忽略的词严格来说应该有个词库，目前用不到就先不研究了。import osos.chdir('C:/workspace')def count_words(inputname): fh=open(inputname) read_fh=fh.read() fh.close() number=1 is_a

2016-05-11 00:42:25 1177

原创第 0005 题：你有一个目录，装了很多照片，把它们的尺寸变成都不大于 iPhone5 分辨率的大小。

import osfrom PIL import ImagepathDir='C:/workspace'os.chdir(pathDir)def modify_imgsize(): for filename in get_imglist(): img=Image.open(filename) if max(img.size)>1

2016-05-09 22:50:15 1733

原创第 0004 题：任一个英文的纯文本文件，统计其中的单词出现的个数。

import osos.chdir('C:/workspace')def count_words(inputname): fh=open(inputname) read_fh=fh.read() number=1 is_alpha=[] dict_words={} for word in read_fh:

2016-05-08 22:39:56 3198

原创做为 Apple Store App 独立开发者，你要搞限时促销，为你的应用生成激活码（或者优惠券），使用 Python 如何生成 200 个激活码（或者优惠券）？

import randomimport stringdef ger_activation(): number=0 list_activation=[] while number<201: patter_str=string.digits+string.letters activation_code=''.join(random.samp

2016-04-17 18:33:34 2260

原创第 0000 题：将你的 QQ 头像（或者微博头像）右上角加上红色的数字，类似于微信未读信息数量那种提示效果。类似于图中效果

import osimport Image, ImageDraw, ImageFont ,ImageFilteros.chdir('C:/workspace')im=Image.open('head_image.png')font = ImageFont.truetype('Arial.ttf', size=40)draw=ImageDraw.Draw(im)fillcolor='

2016-04-14 22:13:33 3697

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