【py第三方库】variant_tools

卡西莫多的猫

已于 2022-11-03 23:37:38 修改

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分类专栏：生信软件工具文章标签： python pycharm 开发语言 linux

于 2022-11-03 22:28:07 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/ohmmmmmypyr/article/details/127678727

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实操 | 合并VCF文件的几种方法及注意事项
 多款软件进行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
Import all genotype data from the 1000 genome project

本文系在尝试使用GATK 两种合并 1000G不同染色体位置的VCF文件未果后，尝试使用vcftools解决，
在此过程中所面临的安装python第三方库 variant_tools遇到的一系列问题

在这里插入图片描述

首先在本地进行安装测试，
发现通过pycharm直接在工作环境中安装报错
在这里插入图片描述
后阅读博客
发现可能是当前工作环境中pip版本或是否存在的问题，
此报错在我日常本地工作时也遇到过，但都可通过在终端安装解决
考虑到最后在服务器上安装，所以在未从此角度对问题进行探索

在终端安装时，出现了之前本地工作不存在的报错

D:\BIO-INF\毕设project\LD_ref>pip install variant_tools
Looking in indexes: https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
Collecting variant_tools
  Using cached https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/b1/2c/0d52fe61b5e9915cde9894ec2bc853f5225ff86354a4474f192b65904fa9/variant_tools-3.1.3.tar.gz (3.
0 MB)
  Preparing metadata (setup.py) ... error
  error: subprocess-exited-with-error 👈

  × python setup.py egg_info did not run successfully.
  │ exit code: 1
  ╰─> [6 lines of output]
      Traceback (most recent call last):
        File "<string>", line 36, in <module>
        File "<pip-setuptools-caller>", line 34, in <module>
        File "C:\Users\18369\AppData\Local\Temp\pip-install-ihlfstdx\variant-tools_377f3ed474314b19a30d1d4fddc577e4\setup.py", line 27, in <module>
          from Cython.Build import cythonize
      ModuleNotFoundError: No module named 'Cython'👈
      [end of output]

  note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
error: metadata-generation-failed

× Encountered error while generating package metadata.
╰─> See above for output.

note: This is an issue with the package mentioned above, not pip.
hint: See above for details.

error: subprocess-exited-with-error
首先尝试从此处入手解决，查到此博客
但是对所提供的解决办法都进行了尝试，都未解决
在这里插入图片描述
（第三条对其他日常安装有参考价值）
其中第三种将git clone到本地，报错

C:\Users\18369>pip install -e varianttools
Looking in indexes: https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
Obtaining file:///C:/Users/18369/varianttools  # clone到本地的git
  Preparing metadata (setup.py) ... error
  error: subprocess-exited-with-error

  × python setup.py egg_info did not run successfully.👈
  │ exit code: 1
  ╰─> [6 lines of output]
      Traceback (most recent call last):
        File "<string>", line 36, in <module>
        File "<pip-setuptools-caller>", line 34, in <module>
        File "C:\Users\18369\varianttools\setup.py", line 27, in <module>
          from Cython.Build import cythonize
      ModuleNotFoundError: No module named 'Cython'
      [end of output]

  note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
error: metadata-generation-failed

× Encountered error while generating package metadata.
╰─> See above for output.

note: This is an issue with the package mentioned above, not pip.
hint: See above for details.

ModuleNotFoundError: No module named ‘Cython’
尝试从此入手，发现可能存在本地无所需module的情况
再加上博客
× python setup.py egg_info did not run successfully.
所提到的gcc版本问题

尝试自行安装gcc到非root账号家目录下
根据博客Linux环境下非root用户安装GCC
仍未果
在这里插入图片描述

回到软件网站寻找其它安装方式

尝试通过conda下载
在这里插入图片描述
channel报错，怀疑是未添加channel的原因（未进行尝试添加bpeng）

通过conda.org直接进行检索
![在这里插入图片描述](https://img-blog.csdnimg.cn/06864169f71c442e8cb8d91910b0496b.png
发现bpeng/ 对应的官网时之前的文件网站
在文件网站中存在此说明

所指向的github与下载量最多的binconda/ 下包地址相同
判断为同一第三方库