MIMIC-III数据库申请流程

最新推荐文章于 2024-03-11 17:14:55 发布
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版权

（一）、获取CITI证书

什么是MIMIC？

MIMIC数据库是MIT麻省理工下属管理的一个公共临床数据库，全称Medical Information Mart for Intensive Care，直译过来就是重症监护医学信息集市。到现在为止MIMIC数据库已更新至MIMIC-III v1.4版。

MIMIC是一个大型的，单中心的，可供自由使用的数据库。MIMIC-III v1.4版由2001年～2012年在Beth Israel Deaconess医疗中心重症监护室中住院的4万多病人的医疗数据组成，其中的这些数据就成为了我们发表SCI文章现成的素材，怎么样才能有效地利用这些数据，就是本次教程的内容所在。

 

MIMIC-III公共数据库使用专题三

——数据库使用申请（下）

大家好，我是ANGUS，上个专题我们已经取得了CITI的证书，今天我们来完成剩下的2个步骤：PhysioNet注册帐号以及提交CITI证书，获得使用数据库权限。

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1.PhysioNet注册帐号

⑴登录PhysioNet官网：

https://physionet.org/pnw/login

然后点击页面下的“CreateAccount”跳至注册账户页面，在“Emailaddress”对话框内输入你的常用邮箱，然后点击右侧“CreateAccount”，建立账户。页面会出现提醒请检查邮箱的页面，在刚刚输入的邮箱内会收到一封来自DoNotReply@physionet.org的邮件，指导我们进一步操作。

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⑵登录自己的邮箱，打开DoNotReply@physionet.org的邮件，将邮件中的网址复制到浏览器地址栏中进行下一步操作。

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⑶在打开的新页面中，我们需要填写一些基本信息，主要是两部分信息：“Choosea password”和“Fillin your profile”。

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⑷在“1.Choose a password”部分我们需要设置我们PhysioNet账号的密码。

“Username”：这里是账号的用户名，默认就是我们刚刚注册的邮箱；

“(New)PhysioNetWorks password”：这里填入我们的新密码，密码需大于8个字符，至少有一个非英文字符和至少有非数字字符；

“Confirmpassword”：再次输入我们的新密码。

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⑸在“2.Fill in your profile”部分我们需填入个人信息

“Fullname”：输入你的全名，如MeimeiHan；

“Organization”、“Department”、“City”、“URL”：这4个部分我们选填，可填可不填；

“Stateor region”：这里如果是美国公民可以选择自己所在的州，其他国家不需要填写；

“Countryor area name”：选择“China”。

然后点击最下面的“Submitinformation”按钮，提交信息。

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⑹提交信息后，就会弹出PhysioNet登录窗口，填入用户名和刚刚设置的密码，然后就会跳转到自己的个人页面。

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⑺至此，我们的PhysioNet账号就已经注册完成。

2.提交CITI证书，申请数据库使用权

⑴登录数据库申请页面：

https://physionet.org/works/MIMICIIIClinicalDatabase/access.shtml

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⑵PhysioNet限制数据库为个人使用，不得以单位机构为主体进行申请使用，所以在申请以前，我们需要签署“PhysioNetClinical Database Restricted Data UseAgreement”协议，承诺数据仅限个人使用，不会分享给他人，建议大家快速浏览一遍。

滑倒页面最后，点击“Iagree”，表示同意协议书内容，自动跳转页面。

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⑶新跳转的页面时数据库使用同意书，需要再次填写自己的相关信息和课题简述。这个页面的信息基本都要填写，这样通过审批几率会高点。

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⑷接下来我们就要又要填填填了。

在第一部分：这里要填入基本信息

“Myfirst (given) name(s)”：这里输入你的名字；

“Mylast (family) name(s) ”：这里输入你的姓氏；

“Suffix(e.g., Jr.)”：名字后缀，大概你们都没有吧；

“Telephonenumber, including country/area code”：这里输入你的手机号码+国家区域码，中国的区码是+86；

“Organization”：这里输入你的机构；

“Titleor position”：这里输入你的头衔或职位；

“Streetaddress”：这里输入你的机构街道；

“City”：这里输入你的机构所在城市名；

“State/Province”：这里输入你的省份；

“ZIP/postalcode”：这里输入你的邮政编码；

“Country”：选择“China”；

“Webpage”：无视吧～

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⑸在第二部分：我们需要提交自己的CITI证书

“Humanstudies training course (name of course)”：输入“Dataor Specimens Only Research”；

“Datecompleted”：选择自己获取证书的时间；

“Trainingcompletion report”：点击选择“选择文件”，在打开的文件浏览器中选择自己的证书。

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⑹在第三部分：这里需要提供了解自己课题的共同作者或同事等，这里的信息注意务必仔细核对，对数据库的成功申请很重要，数据库审批人员到时会联系他们了解情况。

“Referencecategory”：这里可以选择“colleague”同事或“co-author”课题共同作者；

“Reference'sname”：这里输入同事或共同作者的名字；

“Reference'stelephone number”：这里输入同事或共同作者的联系方式，记得加入区号；

“Reference'semail address”：这里输入同事或共同作者的电子邮箱；

“Reference'stitle”：这里输入同事或共同作者的头衔。

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⑺在第四部分：我们需要在“Generalresearch area for which the data will beused”文本框内简介我们将会如何使用数据库，可以给大家一个简单的模板：

Thedata will be used for the research of “……”

然后点击下面的“SubmitDUA”，提交申请。

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⑻然后会跳转到信息确认页面，告知在几个工作日内进行审批，同时会发送一份信息确认复件至你的邮箱。

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3.数据库审批员联系你填写的同事或共同作者

基本工作日提交数据库审批后，审批员基本会在第2天或第3天就联系你填写的同事或共同作者，询问他们是否熟知你的课题以及是否应该对你开放数据库。

回复的邮件内容应明确说明对你课题的熟悉及交代应该对你开放数据库的原因，基本写的诚恳点都会给通过的。

4.数据库使用权申请通过

我们回复了审批员的邮件后，如果没什么问题，在接下来的两三个工作日内我们就会收到回执，通知审批通过。

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至此，我们的数据库使用权就到手了，在我们的个人页面上已显示目前对我们开放的数据库了。

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（二）、数据库内容申请

参考链接：https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/post/43552036

（三）、表结构

现在我们在安装数据库以前来快速了解一下我们接下来要用的26个大表格。记住，为保护患者信息，很多具体的日期信息都是被转换处理过的，不会出现如2010-10-01这样的日期，但具体时间点是真实的。

1、ADMISSIONS病人入院情况，包括每个病人的入院代码、病人标识码、人口统计学资料等；

2、CALLOUT病人准备从ICU出科时的即时信息，包括具体ICU科室、病床号、出科日期、出科时是否感染了MRSA等；

3、CAREGIVERS监护提供人员，是医生、护士还是社工等；

4、CHARTEVENTS病人的呼吸机设定、神志状态，患者入院期间的绝大多数信息都在这个大表里了；

5、CPTEVENTS病人操作记录；

6、D_CPTCPT操作记录代码索引；

7、D_ICD_DIAGNOSESICD-9诊断代码索引；

8、D_ICD_PROCEDURESICD-9手术操作代码索引；

9、D_ITEMS记录项目代码索引，如代码211就是用来表示心率的；

10、D_LABITEMS化验项目代码索引，如50820表示血气化验里的pH；

11、DATETIMEEVENTS各项操作日期信息；

12、DIAGNOSES_ICD病人诊断ICD-9码；

13、DRGCODES病人诊断类别组；

14、ICUSTAYSICU出入科时间；

15、INPUTEVENTS_CV使用CareVue监护系统记录的入量信息；

16、INPUTEVENTS_MV使用Metavision监护系统记录的入量信息；

17、OUTPUTEVENTS病人出量信息；

18、LABEVENTS病人化验项目结果；

19、MICROBIOLOGYEVENTS病人标本微生物病原体检测结果；

20、NOTEEVENTS病程及出院录记录信息；

21、PATIENTS患者出生及死亡信息；

22、PRESCRIPTIONS病人用药记录；

23、PROCEDUREEVENTS_MV病人手术记录

24、PROCEDURES_ICD病人手术记录ICD-9码；

25、SERVICES病人在院期间接受专科服务信息；

26、TRANSFERS病人在院期间所有床位信息。

data eudemon
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