Python学习记录—— 绘制百分比堆积柱状图

需求：对kraken2比对报告进行统计后，取top10结果，然后绘制物种分类的百分比堆积柱状图

输入文件：

	species1	species2	speciesn
sample1	1	2	5
sample2	2	3	6
sample3	3	4	7

import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

table= pd.read_table("XXX.xls",sep="\t",index_col=0)   #读取文件，并将第一列设为index
table2=table.sum(axis=1,skipna = True)        #dataframe 每行求和
df=table.div(table2,axis='rows')                     #计算占比并存为新的dataframe

category_names =df.columns.values.tolist()        #提取列名 存为list

results= df.T.to_dict('list')                                 #行名为key  值为value 存为dic

labels = list(results.keys())                      #确定x轴
data = np.array(list(results.values()))      #确定数据
data_cum = data.cumsum(axis=1)         #确定柱子起始位置    

category_colors = plt.get_cmap('hsv')(np.linspace(0,1, data.shape[1]))   #提取颜色   'hsv' 该值需根据实际情况选择

fig, ax = plt.subplots(figsize=(40, 30))    #绘图
plt.xticks(fontsize=12)                            #x轴坐标刻度字体大小
plt.yticks(fontsize=15)                             #y轴坐标刻度字体大小
ax.set_ylim(0, np.sum(data, axis=1).max())   #设置y轴范围
x_num=np.arange(len(category_names))
ax.set_xlim(min(x_num)-1,max(x_num)+1)    #设置x轴范围

for i, (colname, color) in enumerate(zip(category_names, category_colors)):
    heights = data[:, i]
    starts = (data_cum[:, i] - heights)
    ax.bar(labels, heights, bottom=starts, width=0.5,label=colname, color=color)

ax.legend(loc='right')         #legend  位置
    
plt.show()
 

结果示例：