Patrick11111-CSDN博客

转载搭建高性能计算环境（十）、应用软件的安装之Wien2k

1，首先安装fftwtar xvf fftw-3.3.4.tar.gzcd fftw-3.3.4./configure --prefix=/opt/fftw-3.3.4 --enable-shared --enable-float --enable-mpi CC=icc F77=ifortmakemake install2，安装Wien2k#创建...

2014-11-22 19:45:00 684

转载搭建高性能计算环境（九）、应用软件的安装之gaussian 09

高斯软件一般使用的都是编译好的二进制版，所以解压缩后设置一下环境变量就可以用了。cd /opttar xvf g09.tar.gz设置环境变量，添加到/etc/profile文件中，重新登录后生效。export g09root=/optsource $g09root/g09/bsd/g09.profileexport GAUSS_SCRDIR=/tm...

2014-11-22 11:37:00 810

转载搭建高性能计算环境（八）、应用软件的安装之gromacs

1，下载安装新版本的gcc（高版本的gcc只是推荐使用的，系统自带的gcc4.4照样能正常编译、运行）wget http://ftp.tsukuba.wide.ad.jp/software/gcc/releases/gcc-4.8.2/gcc-4.8.2.tar.bz2tar xvf gcc-4.8.2.tar.bz2cd gcc-4.8.2./contrib/dow...

2014-11-21 10:55:00 429

转载搭建高性能计算环境（七）、应用软件的安装之MS

1，上传软件包MaterialsStudio70.tgz、msi_7.lic到服务器上。2，安装ms一般会创建一个普通用户msi，软件安装在msi账号下。创建用户msi： useradd msi切换到msi用户： su – msitar xvf /opt/MaterialsStudio70.tgzcd MaterialsStudio70/...

2014-11-19 22:03:00 587

转载搭建高性能计算环境（六）、应用软件的安装之lammps

1，上传需要的软件包lammps-stable.tar.gz。2，解压缩并进入安装目录tar xvf lammps-stable.tar.gzcd lammps-30Oct143，如果需要reax、poems等模块，可以进入lib额外添加(标准安装可跳过此步骤)。cd lib/reax修改Makefile.ifort文件第31行为： F90FLAGS...

2014-11-19 14:30:00 328

转载搭建高性能计算环境（五）、应用软件的安装之Amber12

应用软件通常安装在/opt目录下，这样系统中的各个用户都能方便使用，下面的软件都将安装到/opt目录。1，上传需要的软件包Amber12.tar.gz、AmberTools13.tar.bz2、Amber12_GPU_Benchmark_Suite.tar.gz。2，进入/opt目录，解压缩AmberTools、Amber到当前目录。tar xvf ~/AmberTools1...

2014-11-19 10:36:00 465

转载搭建高性能计算环境（四）、应用软件的安装之VASP

1，将需要的软件包上传vasp.5.2.12.tar.gz、vasp.5.lib.tar.gz、benchmark.Hg.tar.gz。2，创建vasp目录并解压软件包。mkdir /opt/vaspcd /opt/vasptar xvf ~/vasp.5.lib.tar.gztar xvf ~/vasp.5.2.12.tar.gz3,编译libc...

2014-11-17 18:20:00 954

转载搭建高性能计算环境（三）、安装intel编译器和mpi

很多计算软件都是要从源代码编译的，并且运行也需要mpi的支持，本节我们来安装intel编译器和openmpi。1、 Intel编译器的安装需要的软件包：parallel_studio_xe_2013_update2_intel64.tgz、License文件1）首先将软件包上传的Linux系统，可以使用上节介绍的ssh工具。2）进入上传的目录，解压缩tar xvf p...

2014-11-17 11:44:00 2689

转载搭建高性能计算环境（二）、远程登录Linux服务器

一般操作Linux系统都是通过远程登录使用的，本节介绍几种远程登录Linux、上传下载文件的工具。1、 Secure Shell SSH简单方便、既能使用命令行登陆也能传文件，免费。打开SSH Secure Shell Client程序就能打开软件界面，点击Quick Connect输入远程Linux系统的ip地址、用户名点Connect输入密码(第一次登陆会提示...

2014-11-13 10:42:00 386

转载搭建高性能计算环境（一）、Linux操作系统的安装和配置

一般课题组刚开始做计算，往往没有专门的集群，主要用自己的PC机、工作站或者买几台服务器来跑跑；小伙伴们摸索Linux的使用、编译一些开源软件、甚至写点Shell脚本需要耗费很多时间，耽搁了读文献、码论文的进展。在此写几篇Blog，将Linux系统的安装、设置，常用软件的安装、编译整理出来，分享给大家(内容只包含单节点的情况，不涉及集群、作业调度系统及跨节点计算)。1，安装Cen...

2014-11-13 09:32:00 511

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