在服务器(CentOS系统)上安装chimera

一、软件需求

  使用这个软件的目的：进行complex的生成工作，使用chimera将分子(*_lignad.sdf)和靶点(*_pocket.pdb)的格式转换成能够被RDKit识别的Mol格式，并且将二者进行dump()操作，生成complex。

简介

UCSF Chimera是一个可高度延伸的程序，用于分子结构和相关数据的交互式可视化和 分析。主要包括：密度图，超分子组合，顺序排列，对接结果，轨迹和构象ensemble。也可以生成高质量图像和动画。Chimera包括完整的程序说明书和几个教程。

二、环境软件需求

环境安装：CentOS
UCSF Chimera官网：Chimera官网
Chimera安装包：下载安装包地址
需要的Chimera v1.10.1安装包：直接使用的v1.10.1安装包下载地址

三、chimera安装教程

1. 赋予制定的权限

chomd +x chimera-1.10.1-linux_x86_64.bin  #赋予权限

可以看到，在ls后，如果可执行文件显示为灰色，此时文件是不可以执行的。通俗讲，这个文件就是一个单纯的文件，还不是可以执行的程序。上述命令就是给文件赋予执行权限，让他成为一个可以执行的程序。
另附各种颜色表示的含义：

蓝色   #目录
绿色   #可执行文件，可执行的程序
红色   #压缩文件或包文件
浅蓝色 #链接文件
灰色   #其它文件

2. 运行安装
   运行后，需要等待一下。

./chimera-1.11.2-linux_x86_64.bin   #运行安装

3. 指定安装位置
   
   注：如果想要安装到指定的地址，要记得删除~/.local/UCSF-Chimera64-1.10.1，然后写入自己的安装地址。
4. 安装桌面菜单
   
   一般默认是yes，当时我安装的时候总是不行，所以我并没有安装，可能是因为系统的问题不能提供图形界面，所以不能安装？我就试了一下，没有安装，选择了no。
   后面的就是默认，按回车/输入0就可以了。
5. 安装成功！
   
6. 配置环境变量

vim ~/.bashrc
#设置环境变量
export PATH="上面的安装路径"/bin:$PATH  #写入bashrc文件保存
source ~/.bashrc
#更新，立即生效
 
#.bashrc 是一个用户自定义配置的文件，可以用于配制环境变量

四、参考引用

参考链接一
参考链接二