用pygexf生成gexf的例子

折腾了我一整天，本来以为可以拿来就用的工具pygexf结果其实需要看懂他们的源码并且比较了解lxml.etree才能用得起来，WTF……

我一边为了看懂这个玩意而煞费苦心，一边心想为什么别人的行为种下的恶因之恶果会报应到我的身上，然后开始浪费时间在脑子里想了一堆什么“但行善事莫问前程”之类的，再多来这么几次我可能就要出家了……

然后就因为这个“但行善事莫问前程”之故贫尼决心把在下受的苦写出来……也许可以帮助别人解脱苦海……

一，数据处理部分

import pandas as pd

in_file_name = '<your_file_name>'

data = pd.read_csv(in_file_name, sep="\t")

用的是pandas

我也是最近才刚开始用这个东西真的超级好用的

具体的数据格式来回倒腾的细节就不多说了吧没有什么普适性

二，事先准备，定义一些gexf的基本信息，以及node的attribute之类的

from gexf import Gexf

gexf = Gexf("PatriciaXiao","the Social Influence network")
graph = gexf.addGraph("directed","static","the Social Influence network")

attr_mod_class = graph.addNodeAttribute(force_id='modularity_class', title='Modularity Class', type='string')

三，具体添加一个点的时候

# tmp_id 是 在gexf里node的id, 0, 1, 2, 3...这样
# node_id 与其说是node的id不如说是node的name
# node_dict 是我之前自己用来处理node的时候弄出来的一些信息，在此处不是重点

tmp_id = 0
for node_id in node_dict:
    node_type = '<whatever type you want>'
    tmp_node = graph.addNode(str(tmp_id), str(node_id))
    tmp_node.addAttribute(attr_mod_class, node_type)
    tmp_node_xml = tmp_node.getXML()
    tmp_id += 1

四，具体添加一个边的时候

graph.addEdge(line_idx, src_id, dst_id, weight=weight)

注意 src_id, dst_id 都对应着上边的tmp_id (0, 1, 2, 3...)而不是node_id

五，（重点来了……）写入文件

如果你没有什么特殊需求，就比如你只想要看到这样的就满足了

      <node id="0" label="3054465">
        <attvalues>
          <attvalue for="modularity_class" value="Both"/>
        </attvalues>
      </node>

      <edge id="0" source="33" target="2" weight="0.34360769391">
      </edge>

那么恭喜你已经大功告成，你可以直接使用Gexf类自带的库函数写入文件，so easy

output_file=open(out_file_name, "w")
gexf.write(output_file)
output_file.close()

但是有特殊需求的，就比如说我，我想要

      <node id="0" label="3054465">
        <attvalues>
          <attvalue for="modularity_class" value="Both"/>
        </attvalues>
        <viz:size value="1.56120125382"/>
        <viz:color r="96" g="70" b="50"/>
      </node>

和

      <edge id="0" source="33" target="2" weight="0.34360769391">
        <viz:thickness value="0.34360769391"/>
        <viz:color r="40" g="145" b="145"/>
      </edge>

所以我还必须想办法写进去这个<viz:XXX>

这次就连谷歌娘都抛弃了我，我猜是因为这个坑爹的gexf包写得太随心所欲所以没几个人和它死磕吧……

那我还能怎么办，我也很绝望啊，我只好自己和它死磕了啊

结果还真让我找到了一个办法

也许不是最好的办法但是聊胜于无吧

首先当然是把那些对应node与edge的那些color啊thickness啊size啊存在一个dict里面一会儿好找出来

然后具体怎么写呢，就是写入的时候不用Gexf.write

自己来写

大致是像下面这样

output_file=open(out_file_name, "w")
gexf_xml = gexf.getXML()
for gexf_elem in gexf_xml:
    if gexf_elem.tag == 'graph':
        for gexf_nodes_links in gexf_elem:
            if gexf_nodes_links.tag == 'nodes':
                print "dealing with nodes viz"
                for node in gexf_nodes_links:
                    tmp_id = node.get('id')
                    node_id = node_id_list[tmp_id]
                    node_rgb = node_rgb_list[node_id]
                    size_value = str(node_size_list[node_id])
                    size = etree.SubElement(node, '{%s}size' % gexf.viz)
                    size.set('value', size_value)
                    color = etree.SubElement(node, '{%s}color' % gexf.viz)
                    color.set('r', node_rgb[0])
                    color.set('g', node_rgb[1])
                    color.set('b', node_rgb[2])
            elif gexf_nodes_links.tag == 'edges':
                print "dealing with edges viz"
                for edge in gexf_nodes_links:
                    src_tmp_id = edge.get('source')
                    dst_tmp_id = edge.get('target')
                    src_id = node_id_list[src_tmp_id]
                    dst_id = node_id_list[dst_tmp_id]
                    weight = str(edge_weigh_lst[(src_id, dst_id)])
                    thickness = etree.SubElement(edge, '{%s}thickness' % gexf.viz)
                    thickness.set('value', weight)
                    color_rgb = edge_color_lst[(src_id, dst_id)]
                    color = etree.SubElement(edge, '{%s}color' % gexf.viz)
                    color.set('r', color_rgb[0])
                    color.set('g', color_rgb[1])
                    color.set('b', color_rgb[2])

output_file.write(etree.tostring(gexf_xml, pretty_print=True, encoding='utf-8', xml_declaration=True))
output_file.close()

这种写法就差不多了

夜深了贫尼该就寝了

明天还要早起化缘呢

阿弥陀佛

善哉善哉

我佛慈悲

保佑最近代码不出bug看paper不出误会吧

伤不起了伤不起了