因为工作需要,有个奇葩需求。将不同网络图中的节点位置固定,以便于肉眼对比。
这里主要解决一下几个问题:
(1)如何获取gephi网络图的节点位置
(2)如何输出gephi图的节点位置
(3)如何在生成新图时保证节点与旧图的位置保持一致。
这里要明确一点,既然是画出了图结构,那么节点在图中的位置上理论上是存在坐标的,不管是何种坐标形式。
为了解决以上问题,首先要查看gephi是否可以查看节点坐标位置,这里可以实现。(概览中,编辑节点属性,可以看到位置xyz具体信息);
下一步确认能否将该图保持成python可读文件。(文件,输出,可以选择输出为图文件,文件的类型为gexf格式类型)
看到gexf想到networkX库能够处理图结构文件,经过查阅,发现果然networkX可以很好的处理gexf文件。但由于gephi版本过高直接读取导出的gexf文件会报错,修改方式如下:
用notepad打开gexf文件,将其中首部的版本信息<gexf> 中的内容直接替换成
<gexf version="1.2" xmlns="http://www.gexf.net/1.2draft" xmlns:viz="http://www.gexf.net/1.2/viz" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.gexf.net/1.2draft http://www.gexf.net/1.2draft/gexf.xsd">
就可解决问题。
至此,解决了python读写gexf文件的问题。
最后需要解决的问题就是如何生成多个gexf文件,只改变数值而不改变其他属性(包括位置,颜色,大小)
尝试了两种方案,发现了只有一种可行。
第一方案,生成第一个gephi图以后,调整布局,固定位置后,输出成gexf文件,读取文件中所有节点的位置信息,通过python程序,提取出位置信息,以属性形式加入到csv文件中,期望能够固定文件位置。
由于加了位置信息的csv文件读取后,并未固定位置,所以这一方案失败。
第二方案,直接生成gexf文件,然后用gephi加载输出图文件。先将所要画的图数据全部读取,生成不同的工作区,并对每个工作区进行输出gexf文件。然后,固定一个gexf文件布局后,读取gexf中节点位置信息,并用该信息来修改其他gexf中节点位置信息。这样就实现了不同gexf文件中节点和位置信息的统一固定。(注意:这里生成多个gexf时要注意设置节点颜色一样)
最后,我们采用第二方案,解决了gephi多图节点位置固定问题。