hdu1080(最长公共子序列变形)

给定一个相似性矩阵

给定两个基因序列（由AGCT组成），填充空格‘ ’，使得相似性分数最高

状态转移，其中dp[i,j]表示s1[i]和s2[j]处能取到的最大分数（i=1,2,3...len1,j=1,2,3,..,len2）

dp[i,j]=max(max(dp[i-1，j-1]+table[i，j]，dp[i，j-1]+table[i]['-'])，dp[i-1，j]+table['-'][j])

注意初始化

  for(int i=1;i<=l1;i++)  dp[i][0]=dp[i-1][0]+table[t1[i]][4];
        for(int i=1;i<=l2;i++)  dp[0][i]=dp[0][i-1]+table[4][t2[i]];

代码

#include <iostream>
#include <stdio.h>
using namespace std;
const int maxn=105;

int table[5][5]={
    {5,-1,-2,-1,-3},
    {-1,5,-3,-2,-4},
    {-2,-3,5,-2,-2},
    {-1,-2,-2,5,-1},
    {-3,-4,-2,-1,0}};

int transfer(char c)
{
    if(c=='A')return 0;
    if(c=='C')return 1;
    if(c=='G')return 2;
    if(c=='T')return 3;
    return 4;
}

int main()
{
    //freopen("in.txt","r",stdin);
    char s1[maxn],s2[maxn];
    int t1[maxn],t2[maxn];
    int dp[maxn][maxn];
    int l1,l2;
    int T;
    scanf("%d",&T);
    while(T--){
        //dp[0][0]=dp[1][0]=dp[0][1]=0;
        scanf("%d ",&l1);
        for(int i=1;i<=l1;i++){
            scanf("%c",&s1[i]);
            t1[i]=transfer(s1[i]);
        }
        scanf("%d ",&l2);
        for(int i=1;i<=l2;i++){
            scanf("%c",&s2[i]);
            t2[i]=transfer(s2[i]);
        }
        dp[0][0]=0;
        for(int i=1;i<=l1;i++)  dp[i][0]=dp[i-1][0]+table[t1[i]][4];//注意开头是可以填空格的
        for(int i=1;i<=l2;i++)  dp[0][i]=dp[0][i-1]+table[4][t2[i]];
        for(int i=1;i<=l1;i++){
            for(int j=1;j<=l2;j++){
                 dp[i][j]=max(dp[i-1][j-1]+table[t1[i]][t2[j]],max(dp[i-1][j]+table[t1[i]][4],dp[i][j-1]+table[4][t2[j]]));
            }
        }
        printf("%d\n",dp[l1][l2]);
    }
    return 0;
}