TMHMM2.0-蛋白跨膜螺旋预测工具-centos-安装+配置+排错-CSDN博客

本文链接：https://blog.csdn.net/pxy7896/article/details/146332520

参考：
A. Krogh, B. Larsson, G. von Heijne, and E. L. L. Sonnhammer.
Predicting transmembrane protein topology with a hidden Markov model: Application to complete genomes.
Journal of Molecular Biology, 305(3):567-580, January 2001.

centos（龙蜥）安装ImageMagick的相关依赖和支持库-CSDN博客
https://blog.csdn.net/zhangjing_angry/article/details/130155765

安装

官方要求已安装Perl 5.x，实际不止这个，还要安装：

gnuplot
gnuplot是画图用，如果不需要画图可以不安装，或者修改配置（后面会写）。
```
yum install gnuplot
```
测试：
```
gnuplot --version
```
convert命令
bin/tmhmm.pl第203行调用系统命令convert（同样也是跟画图相关的）。该命令来自ImageMagick包，如果没装需要安装：
```
yum install ImageMagick
yum install ImageMagick-devel
```
检查：
```
convert -v
```
如果yum提示找不到ImageMagick，则可以配置yum源，即安装EPEL源：
```
yum install https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/epel-release-latest-8.noarch.rpm
```

配置

这个配置分两块，一部分是基础配置，一部分是“升级”配置。前者来自官方说明，后者是我使用时用过的。

基础配置

perl的位置
如果perl的路径不是/usr/local/bin/perl，则需要修改bin/tmhmm和bin/tmhmmformat.pl的第一行。首先找到perl的位置：
```
(base) [root@localhost bin]# whereis perl
perl: /usr/bin/perl /usr/share/man/man1/perl.1.gz
```
所以修改这两个文件的第一行为：
配置opt_basedir
这个在 bin/tmhmm的33行左右，修改为tmhmm2.0的根目录即可。
配置gnuplot
这个在bin/tmhmmformat.pl11行左右，修改为真实的gnuplot的位置即可。