生物信息学
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相关知识介绍；工作中常用的软件和工具包的自学、使用心得与可能的个人化修改。
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pxy7896@foxmail.com | 惜物爱人
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生物信息学导论-北大-RNA-Seq数据分析
笔记备份原创 2024-12-23 15:55:59 · 591 阅读 · 0 评论 -
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C#-读取测序数据的ABI文件并绘制svg格式峰图
无原创 2024-07-30 17:22:42 · 1254 阅读 · 0 评论 -
gnuplot使用实例
gnuplot使用参考原创 2024-05-08 09:54:52 · 341 阅读 · 0 评论 -
RNA二级结构基础知识+一些绘制程序及用法
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生物信息学导论-北大-新一代测序NGS：转录组分析RNA-Seq 1
转录组分析原创 2024-01-22 13:59:40 · 1274 阅读 · 0 评论 -
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ngs原创 2024-01-15 19:33:32 · 1214 阅读 · 0 评论 -
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生物信息学中的序列比对原创 2024-01-11 15:17:08 · 932 阅读 · 0 评论 -
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长序列比对原创 2022-10-25 09:06:23 · 1624 阅读 · 1 评论 -
R语言基础
看vagan的tutorial居然看不懂=。=所以乖乖回来补锅×××××××××××××××我是分割线×××××××××××××××××××××××××参考这篇：http://www.r-tutor.com/r-introductionR可以使用来自外部的数据，Excel, Minitab and SPSS files赋值：=或<-注释：#开头模糊查询：ap...原创 2016-11-05 17:45:00 · 326 阅读 · 0 评论 -
安装R语言扩展包diveRsity-1
今天去了学院的运动会呢～扮熊本熊超开心～写完这篇我补上我的图么么哒××××××××××××文末高能预警！！！！！这个包的安装并不是本周的任务！！！！！我真是萌萌哒×××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××我是熊本分割线××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××安装diveRsity:好...原创 2016-11-05 15:35:00 · 1127 阅读 · 0 评论 -
安装R语言扩展包vegan
这周的作业我开始得好迟啊。。。然而还是要努力做啊。。。××××××××××××××我是萌萌哒分割线××××××××××××××××××××××××××××××××××××首先，百度进入官方页面，看到这些：也就是说，需要先安装permute和lattice包。那么，如何安装？？呃首先下载.tar.gz，然后在命令行sudo R CMD INSTALL packa...原创 2016-11-04 19:49:00 · 5062 阅读 · 0 评论 -
安装生物信息学软件-MetaPhlAn2
上周20161021-20161028的任务还没有搞完，所以今天来填坑（微笑脸）××××××××××××××××××××我是萌萌哒分割线×××××××××××××××××××××××××××××××本文参考：https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/metaphlan2MetaPhlAn2是使用宏基因组鸟枪法测序数据描绘微生...原创 2016-10-30 12:34:00 · 809 阅读 · 0 评论 -
多样性指数介绍
之前了解了shannon diversity index，所以顺便补一下其他多样性指数的概念～××××××××××××××××××××××××××I AM 分割线××××××××××××××××××××××××××××××1) Species richness系统中物种的观察值是其真实物种丰富度的有偏估计值，并且观察值会随着取样的增加非线性的增长。因此在表示从生态系统中...原创 2016-11-07 17:06:00 · 2746 阅读 · 0 评论 -
Population-based metagenomics analysis reveals markers for gut microbiome composition and diversity
读paper的时候觉得自己就是个24K纯学渣(=。=)一大堆问题等着我去解决。。。所以在这里写一个Q&A好了，先列问题，逐步填充答案～××××××××××××××××××我是分割线么么哒×××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××1. PCoA: Principal coordinates analysis如何绘制的？原理如何...原创 2016-10-25 21:12:00 · 245 阅读 · 0 评论 -
安装生物信息学软件-Samtools
更新：为了跟服务器的samtools版本一致，所以我需要装一下1.6步骤一：去https://github.com/samtools/samtools/releases/下载full source code 版本步骤二：放到某个地方，解压。我放到usr/local/下。进入文件夹后sudo ./configure报错：所以sudo apt-get inst...原创 2016-10-25 13:42:00 · 612 阅读 · 0 评论 -
安装生物信息学软件-bowtie2
好吧，这是本周(2016.10.21-28)的学习任务之一：安装bowtie2并学习其使用方法&参数设置所以，啃文档咯，官方文档Version2.2.9http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml以下是我的整理。我不生产文档，我只是文档的搬运工么么哒～Bowtie2适合将长度50-1000bp的rea...原创 2016-10-23 12:44:00 · 717 阅读 · 0 评论 -
安装生物信息学软件-Biopython
其实好多东西装过好多次，然而每次都要翻文档，经常掉进前面掉进过的坑。。。所以这里重新写一份指南，以防下次再装又忘了（魂淡我并不想再装了啊不要立flag）1. 安装biopython1.1 因为biopython目前支持的是python2，所以我先把python调到21.2 安装numpy (http://www.numpy.org/)NumPy is the fund...原创 2016-10-23 09:59:00 · 296 阅读 · 0 评论 -
ncbi操作指南之下载数据
1. 从NCBI的SRA下载数据(1) 选中要下载的数据，点击send to，format选RunInfo(2) 打开生成的文件SraRunInfo.csvlinux下可以使用wget download_path来下载2. 然而。。也可以用别的办法：考虑使用R的扩展包SRAdb(1) 安装如果从源码安装的话，需要这几个包：RSQLite（DBI）...原创 2016-11-07 20:19:00 · 1223 阅读 · 0 评论 -
生物信息学练习1-综合使用软件
本次的任务是对三组儿童的肠道宏基因组测序序列进行数据挖掘。我负责的是2-3 years old，control，十个双端测序数据。*****************************************我是分割线***********今天没有心情卖萌**********************************************************...原创 2016-12-06 11:33:00 · 224 阅读 · 0 评论 -
生物信息学练习1-综合使用软件-2
使用humann2:===================参考晨宇大大的学习文档==========================HUMAnN2是描述微生物代谢通路的。使用宏基因组或宏转录组的序列信息。http://huttenhower.sph.harvard.edu/humann2安装的顺序是：Bowtie2 ===> Metaphlan2 =...原创 2016-12-08 09:04:00 · 253 阅读 · 0 评论 -
megan
Megan①比对分析可以用其工具DIAMOND完成，比BLASTX快②物种注释、物种和功能的PCoA分析、稀释曲线、SEED分析、KEGG分析、COG/eggNOG分析等。MALT工具。IMP宏基因组和宏转录组结合的新分析工具************************************************************************...原创 2017-01-11 14:13:00 · 442 阅读 · 0 评论 -
NCBI原始数据下载by Aspera Connect
主要参考这篇文章：http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA5NjU5NjQ4MA==&mid=2651154488&idx=1&sn=e693a1a1f8163960e99812a6d7473aa0&scene=23&srcid=0831PboACKYo6omCEfKhXLhV#rd因为昨天刚装了centOS，...原创 2016-08-31 10:04:00 · 250 阅读 · 0 评论