生物信息学
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相关知识介绍;工作中常用的软件和工具包的自学、使用心得与可能的个人化修改。
陆沙
诚以待己,惜物爱人
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python-读取测序数据的ABI文件并输出png格式峰图
ABI解析,python绘图原创 2024-08-06 15:04:48 · 931 阅读 · 0 评论 -
C#-读取测序数据的ABI文件并绘制svg格式峰图
无原创 2024-07-30 17:22:42 · 690 阅读 · 0 评论 -
gnuplot使用实例
gnuplot使用参考原创 2024-05-08 09:54:52 · 230 阅读 · 0 评论 -
RNA二级结构基础知识+一些绘制程序及用法
rna secondary structure原创 2024-02-09 13:09:34 · 2527 阅读 · 0 评论 -
生物信息学导论-北大-新一代测序NGS:转录组分析RNA-Seq 1
转录组分析原创 2024-01-22 13:59:40 · 977 阅读 · 0 评论 -
生物信息学导论-北大-变异的功能预测3(Comparative Modeling)
同源建模原创 2024-01-19 16:34:51 · 892 阅读 · 0 评论 -
生物信息学导论-北大-变异的功能预测2(SAPRED)
sapred介绍原创 2024-01-18 14:02:44 · 448 阅读 · 0 评论 -
生物信息学导论-北大-变异的功能预测1
变异鉴定、功能预测原创 2024-01-17 14:11:08 · 982 阅读 · 0 评论 -
生物信息学导论-北大-新一代测序NGS:重测序得回帖和变异鉴定
ngs原创 2024-01-15 19:33:32 · 987 阅读 · 0 评论 -
生物信息学导论-北大-马尔可夫模型
马尔可夫链原创 2024-01-15 14:38:14 · 1011 阅读 · 0 评论 -
生物信息学导论-北大-序列比对-序列数据库搜索
生物信息学中的序列比对原创 2024-01-11 15:21:57 · 877 阅读 · 0 评论 -
生物信息学导论-北大-序列比对基础知识
生物信息学中的序列比对原创 2024-01-11 15:17:08 · 791 阅读 · 0 评论 -
生物信息-快速序列比对-edlib包安装与使用方法-python和dll
长序列比对原创 2022-10-25 09:06:23 · 1370 阅读 · 1 评论 -
R语言基础
看vagan的tutorial居然看不懂=。=所以乖乖回来补锅×××××××××××××××我是分割线×××××××××××××××××××××××××参考这篇:http://www.r-tutor.com/r-introductionR可以使用来自外部的数据,Excel, Minitab and SPSS files赋值:=或<-注释:#开头模糊查询:ap...原创 2016-11-05 17:45:00 · 228 阅读 · 0 评论 -
安装R语言扩展包diveRsity-1
今天去了学院的运动会呢~扮熊本熊超开心~写完这篇我补上我的图么么哒××××××××××××文末高能预警!!!!!这个包的安装并不是本周的任务!!!!!我真是萌萌哒×××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××我是熊本分割线××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××安装diveRsity:好...原创 2016-11-05 15:35:00 · 996 阅读 · 0 评论 -
安装R语言扩展包vegan
这周的作业我开始得好迟啊。。。然而还是要努力做啊。。。××××××××××××××我是萌萌哒分割线××××××××××××××××××××××××××××××××××××首先,百度进入官方页面,看到这些:也就是说,需要先安装permute和lattice包。那么,如何安装??呃首先下载.tar.gz,然后在命令行sudo R CMD INSTALL packa...原创 2016-11-04 19:49:00 · 4634 阅读 · 0 评论 -
安装生物信息学软件-MetaPhlAn2
上周20161021-20161028的任务还没有搞完,所以今天来填坑(微笑脸)××××××××××××××××××××我是萌萌哒分割线×××××××××××××××××××××××××××××××本文参考:https://bitbucket.org/biobakery/biobakery/wiki/metaphlan2MetaPhlAn2是使用宏基因组鸟枪法测序数据描绘微生...原创 2016-10-30 12:34:00 · 666 阅读 · 0 评论 -
多样性指数介绍
之前了解了shannon diversity index,所以顺便补一下其他多样性指数的概念~××××××××××××××××××××××××××I AM 分割线××××××××××××××××××××××××××××××1) Species richness系统中物种的观察值是其真实物种丰富度的有偏估计值,并且观察值会随着取样的增加非线性的增长。因此在表示从生态系统中...原创 2016-11-07 17:06:00 · 2121 阅读 · 0 评论 -
Population-based metagenomics analysis reveals markers for gut microbiome composition and diversity
读paper的时候觉得自己就是个24K纯学渣(=。=)一大堆问题等着我去解决。。。所以在这里写一个Q&A好了,先列问题,逐步填充答案~××××××××××××××××××我是分割线么么哒×××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××1. PCoA: Principal coordinates analysis如何绘制的?原理如何...原创 2016-10-25 21:12:00 · 198 阅读 · 0 评论 -
安装生物信息学软件-Samtools
更新:为了跟服务器的samtools版本一致,所以我需要装一下1.6步骤一:去https://github.com/samtools/samtools/releases/下载full source code 版本步骤二:放到某个地方,解压。我放到usr/local/下。进入文件夹后sudo ./configure报错:所以sudo apt-get inst...原创 2016-10-25 13:42:00 · 460 阅读 · 0 评论 -
安装生物信息学软件-bowtie2
好吧,这是本周(2016.10.21-28)的学习任务之一:安装bowtie2并学习其使用方法&参数设置所以,啃文档咯,官方文档Version2.2.9http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml以下是我的整理。我不生产文档,我只是文档的搬运工么么哒~Bowtie2适合将长度50-1000bp的rea...原创 2016-10-23 12:44:00 · 607 阅读 · 0 评论 -
安装生物信息学软件-Biopython
其实好多东西装过好多次,然而每次都要翻文档,经常掉进前面掉进过的坑。。。所以这里重新写一份指南,以防下次再装又忘了(魂淡我并不想再装了啊不要立flag)1. 安装biopython1.1 因为biopython目前支持的是python2,所以我先把python调到21.2 安装numpy (http://www.numpy.org/)NumPy is the fund...原创 2016-10-23 09:59:00 · 240 阅读 · 0 评论 -
ncbi操作指南之下载数据
1. 从NCBI的SRA下载数据(1) 选中要下载的数据,点击send to,format选RunInfo(2) 打开生成的文件SraRunInfo.csvlinux下可以使用wget download_path来下载2. 然而。。也可以用别的办法:考虑使用R的扩展包SRAdb(1) 安装如果从源码安装的话,需要这几个包:RSQLite(DBI)...原创 2016-11-07 20:19:00 · 960 阅读 · 0 评论 -
生物信息学练习1-综合使用软件
本次的任务是对三组儿童的肠道宏基因组测序序列进行数据挖掘。我负责的是2-3 years old,control,十个双端测序数据。*****************************************我是分割线***********今天没有心情卖萌**********************************************************...原创 2016-12-06 11:33:00 · 177 阅读 · 0 评论 -
生物信息学练习1-综合使用软件-2
使用humann2:===================参考晨宇大大的学习文档==========================HUMAnN2是描述微生物代谢通路的。使用宏基因组或宏转录组的序列信息。http://huttenhower.sph.harvard.edu/humann2安装的顺序是:Bowtie2 ===> Metaphlan2 =...原创 2016-12-08 09:04:00 · 184 阅读 · 0 评论 -
megan
Megan①比对分析可以用其工具DIAMOND完成,比BLASTX快②物种注释、物种和功能的PCoA分析、稀释曲线、SEED分析、KEGG分析、COG/eggNOG分析等。MALT工具。IMP宏基因组和宏转录组结合的新分析工具************************************************************************...原创 2017-01-11 14:13:00 · 342 阅读 · 0 评论 -
NCBI原始数据下载by Aspera Connect
主要参考这篇文章:http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA5NjU5NjQ4MA==&mid=2651154488&idx=1&sn=e693a1a1f8163960e99812a6d7473aa0&scene=23&srcid=0831PboACKYo6omCEfKhXLhV#rd因为昨天刚装了centOS,...原创 2016-08-31 10:04:00 · 166 阅读 · 0 评论 -
生物信息学练习2- Biom-format
The Biological Observation Matrix (BIOM) format http://biom-format.org/biom-format有两种方式安装:1. python pkg:pip install numpy由于最新版的biom-format还不支持python3,所以需要切换到python2sudo update-alterna...原创 2017-02-09 16:35:00 · 622 阅读 · 0 评论 -
BIOM Table-codes
import numpyfrom biom.table import Table============================================================================================================# 10*4 matrix, [0, 39]data = numpy.ar...原创 2017-02-10 16:21:00 · 119 阅读 · 0 评论 -
生物信息学研究生课程-1
目前世界上三大权威核酸序列列数据库为:• 美国国家生物技术信息中心(Nationnal Center forBiotechnology Information,NCBI)的GenBank数据库• 欧洲生物信息学研究所(EuropeanBioinformatics Institute,EBI)所维护的EMBL数据库•日本国家遗传学研究所(Japan Nationa...原创 2017-02-22 19:35:00 · 228 阅读 · 0 评论 -
spectral clustering
参考这篇:http://blog.csdn.net/liu1194397014/article/details/52990015自己的改动:% for kmeans functionpkg load statisticsA = load('Gaussian.txt');%A = load('ringData.txt');[m, n] = size...原创 2017-03-06 10:18:00 · 114 阅读 · 0 评论 -
perl-tips-1
.pm 应该保存 Perl Module,也就是 Perl 模块。例如 Socket.pm.pl 应该保存 Perl Library,也就是 Perl 库文件。例如 perldb.pl.plx 应该保存 Perl 脚本。.pm文件通常用use module;来加载.pl文件通常用require some.pl;来加载...原创 2017-03-27 10:55:00 · 74 阅读 · 0 评论 -
生物信息学-知识笔记-1
http://www.tinygene.com/statistic-analysis/nmdsPCA分析是基于原始的物种组成矩阵所做的排序分析,而PCoA分析则是基于由物种组成计算得到的距离矩阵得出的。在PCoA分析中,计算距离矩阵的方法有很多种,例如图1所示的Euclidean, Bray-Curtis, and Jaccard,以及图2显示的(un)weighted Unif...原创 2017-03-27 11:47:00 · 88 阅读 · 0 评论 -
python-bioInfo-codes-2
1._tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable解决方案:import matplotlibmatplotlib.use('Agg')严重怀疑python2.7才用Agg。之前在3.5上,用TkAgg才可以正常生成图像呢。2.ValueError: Linkag...原创 2017-03-28 18:05:00 · 227 阅读 · 0 评论 -
R-codes-tips
1. 在shell执行R文件chmod 0755 file.R Rscript file.R2.载入数据data(dune)3. attach()将data.frame添加到R的搜索路径中,所以可以省略数据框名summary(mtcars)plot(mtcars$mpg)可以改写为attach(mtcars);plot(mpg)detach()则为移除...原创 2017-03-29 16:21:00 · 83 阅读 · 0 评论 -
R-data.table
data.table可以扩展和增强data.frame的功能,在分组操作和组合时访问速度更快。require(data.table)theDT = data.table(A=1:10, B=letters[1:10], C=letters[11:20], D=rep(c("one", "two", "three"), length.out=10))# data.frame...原创 2017-04-26 22:16:00 · 133 阅读 · 0 评论 -
R-barplot()
barplot这个函数啊。。。坑。。。度娘的很多解决方案都不对,只好重新看回manual再做测试==本文参考的是:https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/graphics/html/par.htmlhttps://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/graphics/html/barplo...原创 2017-04-24 13:29:00 · 132 阅读 · 0 评论 -
逆转录转座子简单介绍
转座子、重复序列一直是我搞不懂的一块。今天梳理了一下这方面的知识,写了一篇笔记。#参考文献缺失!!!下次一定要记录参考文献!!!#转座子transposon一类DNA序列,它们能够在基因组中转录或逆转录,在内切酶的作用下,在其他基因座上出现。I型转座子即反转录转座子,该型转座子会先被转录为RNA,然后利用逆转录酶将该RNA逆转录为cDNA,然后才被插入到目标位点中。“复制...原创 2018-10-31 13:34:00 · 5211 阅读 · 0 评论 -
Entrez Direct-入门
安装cd ~/bin/bashperl -MNet::FTP -e \'$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive => 1);$ftp->login; $ftp->binary;$ftp->get("/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz");'gunzip -c e...原创 2018-11-02 09:16:00 · 261 阅读 · 0 评论 -
bedtools
原创 2018-11-23 16:11:00 · 81 阅读 · 0 评论