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RSS订阅原创 [docker]配置pytorch geometric 环境
文章目录前言二话不说直接上结果方法一方法二前言关于tensorboardx 简单使用心得。二话不说直接上结果之前都是在官网上直接安装的pyg，但是这回因为环境的需求需要用到docker。给研究graph的人提供一下便利，哦吼吼。方法一官网有提供可build的Dockerfile，如果有时间的人建议自己搭建docker环境。https://github.com/rusty1s/pytorch_geometric/tree/master/docker虽然我没试过， 因为我发现了更快速的捷
2021-04-20 16:20:28
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原创 [trick]tensorboardX的使用心得
文章目录前言一、tensorboarx是什么？二、使用步骤1.安装2. 实例 from lanpa/tensorboardX调用总结前言关于tensorboardx 简单使用心得。一、tensorboarx是什么？tensorboarx是提供实时的深度学习结果的platform。优点是可以及时的查看模型出来的结果，而且对后期调试的时候也很有帮助，比如查看模型的权重分布等等。二、使用步骤1.安装代码如下（示例）：pip install tensorboardX 也可以从原地址安装：p
2021-02-20 12:14:26
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原创 [生信]甲基化测序的三种数据
甲基化测序的 WGBS和RRBS，还有芯片全基因组DNA甲基化测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing，WGBS） 是 DNA 甲基化研究的金标准，它通过 Bisulfite 处理和全基因组 DNA 测序结合的方式，对整个基因组上的甲基化情况进行分析，具有单碱基分辨率，可精确评估单个 C 碱基的甲基化水平，构建全基因组精细甲基化图谱。数据量非常大。简化甲基化测序...
2019-07-04 09:53:02
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原创 应用于Max Cut问题的遗传算法和Kernighan-Lin算法的结合
应用于Max Cut问题的遗传算法和Kernighan-Lin算法的结合1. 要解决的问题描述2. 遗传算法2.1 遗传算法的construction2.2 遗传算法的解的representation2.3 遗传算法的operator3. Kernighan-Lin算法4. 具体实现代码1. 要解决的问题描述经过一个学期的艰苦斗争，终于结束了遗传算法的课程。一定要写个博客心疼一下自己。如...
2019-06-12 16:00:05
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原创 [文本挖掘]word2vec 笔记
word2vec 笔记Xin Rong 的论文：『word2vec Parameter Learning Explained』：！重点推荐！ 理论完备由浅入深非常好懂，且直击要害，既有 high-level 的 intuition 的解释，也有细节的推导过程一定要看这篇paper！一定要看这篇paper！一定要看这篇paper！1. 提纲挈领地讲解 word2vec 的理论精髓1.1...
2019-03-23 14:52:09
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原创 [机器学习]决策树模型
[机器学习]决策树模型概述1.1 决策树模型与学习1.1.1 决策树的基本要素1.1.2 决策树的学习方式1.2 特征选择1.2.1 信息增益(ID3)1.2.2 信息增益率(C4.5)1.2.3 基尼系数(CART)2 决策树的生成3 决策树的剪枝4 CART算法5 写在最后——随机森林概述决策树是一个无参、非线性、有监督的机器学习算法，它是一种基本的分类与回归方法。本文主要讨论用于分类的...
2019-01-22 17:50:24
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原创 [生信]biomaRt 基因ID的转换
[生信]基因ID的转换Bioconductor系列之biomaRt包的安装选择数据库三个主要函数getBM,getSequence,getLDS几个实用的例子一．对几个基因symbol，注释它对应的EnsembleID和ENTREZID二．对刚才的那三个探针ID号进行多个内容注释，每个探针都对应着基因名已经染色体及起始终止坐标。三．对给定的基因ID号进行GO注释四．通过染色体及起始终止坐标来挑选基...
2019-01-12 14:25:58
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原创 mac
终端切换到其他路径如果你想将当前 command line 会话切换到其他目录，需要用到三个命令：pwd，ls和cd。 - pwd的含义是“print working directory”，会显示当前目录的绝对路径。 - ls的含义是“list directory contents”，它会列出当前目录的内容。这个命令还有其他参数可选。 - cd的含义是“change directory...
2019-01-12 13:07:39
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原创 No dashboards are active for the current data set. 解决tensorboard无法启动和显示问题（pycharm启动）
我在学习过程中遇到了tensorboard无法启动的问题。按照网上的教程，我无法正常启动tensorboard，全过程没有报错，但是打开tensorboard显示No dashboards are active for the current data set.如下图： 这种情况下，我在网上并没有看到非常直接的解决方法，最后在群里跟大家讨论找到了解决方法，这里跟大家分...
2019-01-12 13:06:57
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转载 Seaborn
SeabornMatplotlib是Python主要的绘图库。但是不建议你直接使用它，原因与不推荐你使用NumPy是一样的。虽然Matplotlib很强大，它本身就很复杂，你的图经过大量的调整才能变精致。因此，作为替代推荐一开始使用Seaborn。Seaborn 是由斯坦福大学提供的一个python库，简短地描述下seaborn的优点。具体来说，它可以：默认情况下就能创建赏心悦目的图表...
2019-01-12 13:06:38
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转载 图像分类 | 深度学习PK传统机器学习
原文：Image Classification in 5 Methods 作者：Shiyu Mou 翻译：何冰心图像分类，顾名思义，是一个输入图像，输出对该图像内容分类的描述的问题。它是计算机视觉的核心，实际应用广泛。图像分类的传统方法是特征描述及检测，这类传统方法可能对于一些简单的图像分类是有效的，但由于实际情况非常复杂，传统的分类方法不堪重负。现在，我们不再试图用代码来描述每一个...
2019-01-12 13:06:23
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转载 【从传统方法到深度学习】图像分类
Kaggle上有一个图像分类比赛Digit Recognizer，数据集是大名鼎鼎的MNIST——图片是已分割 (image segmented)过的28*28的灰度图，手写数字部分对应的是0~255的灰度值，背景部分为0。from keras.datasets import mnist(x_train, y_train), (x_test, y_test) = mnist.load_d...
2019-01-12 13:06:08
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转载 深度学习、图像分类入门，从VGG16卷积神经网络开始
刚开始接触深度学习、卷积神经网络的时候非常懵逼，不知道从何入手，我觉得应该有一个进阶的过程，也就是说，理应有一些基本概念作为奠基石，让你有底气去完全理解一个庞大的卷积神经网络：本文思路：一、我认为学习卷积神经网络必须知道的几个概念：1、卷积过程： 我们经常说卷积神经网络卷积神经网络，到底什么才是卷积？网络层卷积过程到底怎么实现？我们在这里借鉴了另一位博客大牛的动态图来给大家演...
2019-01-12 13:03:39
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空空如也
空空如也
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