甲基化测序的 WGBS和RRBS,还有芯片
全基因组DNA甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS) 是 DNA 甲基化研究的金标准,它通过 Bisulfite 处理和全基因组 DNA 测序结合的方式,对整个基因组上的甲基化情况进行分析,具有单碱基分辨率,可精确评估单个 C 碱基的甲基化水平,构建全基因组精细甲基化图谱。数据量非常大。
简化甲基化测序 (Reduced representation bisulfite sequencing, RRBS) 是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法,通过酶切 (Msp I) 富集启动子及CpG岛区域,并进行Bisulfite测序,同时实现DNA甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率。作为一种高性价比的甲基化研究方法,简化甲基化测序在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。
Illumina的Infinium BeadChip芯片,包括HumanMethyation450(450K)和MethylationEPIC(850K)。 Infinium芯片存在染料偏差、不同探针化学和位置效应的问题,已知这些问题会影响结果,必须在数据处理过程中进行校正。Infinium 450K探针交叉反应和模糊比对到人类基因组中的多个位置影响了485,000个探测器中的约140,000个探针(29%),将可用探针的数量减少到约345,000个。这个问题在新发布850K仍然存在,其包括> 90%的450K探针。
有文章比较这3个技术:Empirical comparison of reduced representation bisulfite sequencing and Infinium BeadChip reproducibility and coverage of DNA methylation in humans
主要是分析 差异甲基化区域(DMRs)与 DMR 相关差异表达基因