第七届蓝桥杯Java B组决赛 碱基

1. 题目

碱基

生物学家正在对n个物种进行研究。
其中第i个物种的DNA序列为s[i]，其中的第j个碱基为s[i][j],碱基一定是A、T、G、C之一。
生物学家想找到这些生物中一部分生物的一些共性，他们现在关注那些至少在m个生物中出现的长度为k的连续碱基序列。准确的说，科学家关心的序列用2m元组(i1,p1,i2,p2…im,pm)表示，
满足:
1<=i1<i2<…<im<=n;
且对于所有q(0<=q<k), s[i1][p1+q]=s[i2][p2+q]=…=s[im][pm+q]。

现在给定所有生物的DNA序列，请告诉科学家有多少的2m元组是需要关注的。如果两个2m元组有任何一个位置不同，则认为是不同的元组。

【输入格式】
输入的第一行包含三个整数n、m、k，两个整数之间用一个空格分隔，意义如题目所述。
接下来n行，每行一个字符串表示一种生物的DNA序列。
DNA序列从1至n编号，每个序列中的碱基从1开始依次编号，不同的生物的DNA序列长度可能不同。

【输出格式】
输出一个整数，表示关注的元组个数。
答案可能很大，你需要输出答案除以1000000007的余数。

【样例输入】
3 2 2
ATC
TCG
ACG

【样例输出】
2

再例如：
【样例输入】
4 3 3
AAA
AAAA
AAA
AAA

【样例输出】
7

【数据规模与约定】
对于20%的数据，k<=5,所有字符串总长L满足L <=100
对于30%的数据，L<=10000
对于60%的数据，L<=30000
对于100%的数据，n<=5,m<=5,1<=k<=L<=100000
保证所有DNA序列不为空且只会包含’A’ ’G’ ’C’ ’T’四种字母

资源约定：
峰值内存消耗 < 256M
CPU消耗 < 1000ms

请严格按要求输出，不要画蛇添足地打印类似：“请您输入…” 的多余内容。

所有代码放在同一个源文件中，调试通过后，拷贝提交该源码。
注意：不要使用package语句。不要使用jdk1.7及以上版本的特性。
注意：主类的名字必须是：Main，否则按无效代码处理。

2. 分析

这是一道阅读题，读懂题意就简单了。
题目意思就是在n个物种里选m个，然后这m个物种呢，都有相同的长度为k的子串

然后问你有多少种子串组合方式。

例如样例2.
首先有4个物种，在4个里面挑3个
{1, 2, 3}, {1, 2, 4}, {1, 3, 4}, {2, 3, 4} 四种组合方式

然后组合方式中找子串相同的情况有多少种。
{1, 2, 3}是两种
{1, 2, 4}也是两种
{2, 3, 4}也是两种
{1, 3, 4}是一种，加起来就是七种

因为n和m比较小，所以可以枚举出所有组合。
然后再选取第一个序列，暴力枚举出所有长度为k的子串，找这些子串在后序序列中的个数，相乘就能得到答案

3. 代码

import java.io.BufferedInputStream;
import java.io.BufferedReader;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStream;
import java.io.InputStreamReader;
import java.io.PrintWriter;
import java.util.StringTokenizer;

public class Main {
    static InputReader in = new InputReader(new BufferedInputStream(System.in));
    static PrintWriter out = new PrintWriter(System.out);
    static String[] jianji = new String[15];
    static int[] arr = new int[15]; 
    static boolean[] vis = new boolean[15];
    static int n, m, k, sum = 0;; 
    
    static int find(String a, String b) {
        // a中有多少个b子串
        int k = -1;
        int cnt = -1;
        while (k != 0) {
            k = a.indexOf(b, k) + 1;
            cnt++;
        }
        return cnt;
    }
    
    // n个数选m个。
    static void dfs(int cnt) {
        if (cnt == m+1) {
            String s = jianji[arr[1]];
            for (int i = 0; k+i <= s.length(); i++) {
                String sub = s.substring(i, k+i);
                int t = 1;
                for (int j = 2; j <= m; j++) {
                    // 看后序序列中包含了多少个s子串
                    t = (t * find(jianji[arr[j]], sub)) % 1000000007;
                }
                sum = (sum + t) % 1000000007;
            }
            return ;
        }
        
        // 从上一个数+1开始取
        for (int q = arr[cnt-1] + 1; q <= n; q++) {
            if (vis[q] == false) {
                vis[q] = true;
                arr[cnt] = q;
                dfs(cnt+1);
                vis[q] = false;
            }
        }
    }
    
    public static void main(String[] args) {
        n = in.nextInt();
        m = in.nextInt();
        k = in.nextInt();
        for (int i = 1; i <= n; i++) {
            jianji[i] = in.readLine();
        }
        dfs(1);
        // 枚举所有情况
        out.println(sum);
        out.flush();
        out.close();
    }
    
    public static class InputReader {
        public static BufferedReader br;
        public static StringTokenizer st;
        
        public InputReader(InputStream stream) {
            br = new BufferedReader(new InputStreamReader(stream), 32768);
            st = null;
        }
        
        public String next() {
            while(st == null || !st.hasMoreTokens()) {
                try {
                    st = new StringTokenizer(br.readLine());
                } catch (IOException e) {
                    // TODO Auto-generated catch block
                    e.printStackTrace();
                }
            }
            return st.nextToken();
        }
        
        public String readLine() {
            String s = null;
            try {
                s = br.readLine();
            } catch (IOException e) {
                e.printStackTrace();
            }
            return s;
        }
        
        public int nextInt() {
            return Integer.parseInt(next());
        }
        
        public Long nextLong() {
            return Long.parseLong(next());
        }
        
        public Double nextDoule() {
            return Double.parseDouble(next());
        }
    }
}