pytorch
不要影响我叠Q
这个作者很懒,什么都没留下…
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医学图像分割结果保存
由于医学图像的空间分辨率一般很高,一般训练集都是采用随机裁剪输入到网络进行训练,而对于验证集和测试集,则一般使用滑动窗口推理方法进行预测,滑动窗口方法一般分为在线切图和离线切图,离线切图比较劝退(大佬就可以忽略这句话),很那实现。在线切图在monai中已经被实现了,调用代码如下:from monai.inferers import sliding_window_inference通过滑动窗口推理方法推理出来的分割结果在空间尺寸上(h,W,D三个维度)和原始图像是一致的。然后再使用monai.dat原创 2022-03-29 10:38:17 · 4967 阅读 · 1 评论 -
基于pytorch-lightning+monai的深度学习模型参数初始化
import osimport randomimport torchimport monaiimport pytorch_lightning as plfrom monai.utils import set_determinismfrom timm.models.layers import trunc_normal_random.seed(42)np.random.seed(42)torch.manual_seed(42)pl.seed_everything(42)set_det.原创 2022-03-01 18:35:28 · 1473 阅读 · 3 评论 -
torchvision复现maskrcnn遇到的问题以及解决方案汇总
官网原教程tutorials/torchvision_finetuning_instance_segmentation.ipynb at master · pytorch/tutorials · GitHub参考链接:手把手教你训练自己的Mask R-CNN图像实例分割模型(PyTorch官方教程)_一个菜鸟的奋斗-CSDN博客_maskrcnn pytorch问题1:在jupyter环境下复制文件不成功,相关代码为:在jupyter环境下使用shell命令需要在命令前面加入Shebang符原创 2022-02-27 11:49:52 · 1087 阅读 · 0 评论 -
医学图像处理模板 pytorch_lightning+monai
# -*-coding:utf-8-*-import pytorch_lightning as plfrom monai import transformsimport numpy as npfrom pytorch_lightning.callbacks import EarlyStopping, ModelCheckpointfrom monai.config import KeysCollectionfrom monai.utils import set_determinismpl..原创 2021-12-28 10:42:34 · 4319 阅读 · 6 评论 -
monai读取图片报错
mona使用transformer.LoadImage或者LoadImaged读取图片报错:monai ValueError: Unsupported option'.nii', Available options are {'itkreader', 'numpyreader', 'pilreader', 'nibabelreader'}.一个可能的原因是:把LoadImage()当成函数用了,如下:报错的根本原因是LoadImage其实是个类名,LoadImaged也是如此。应当改成下面的就对原创 2021-11-16 16:27:51 · 1474 阅读 · 0 评论 -
深度学习大图切成小块图片代码---针对图像分割而言
1 根据图片大小和patch大小生成切图位置:import globimport os.pathimport numpy as npfrom skimage import io as siofrom params import * # 这个是我自己的一个超参数文件from skimage import exposure# 一般来说,stride = patch_size[0]//2def gen_patch_pos(org_image, patch_size: list = [25原创 2021-08-25 09:03:43 · 3313 阅读 · 6 评论 -
深度学习预处理不同尺寸的图像的方法
代码源自mask-rcnn模型,github地址如下:https://github.com/multimodallearning/pytorch-mask-rcnn/blob/809abba590db89779ac02c42286135f18ea08b53/utils.py#L270需要将图像处理成正方形,代码如下:def resize_image(image, min_dim=None, max_dim=None, padding=False): h, w = image.shape[:原创 2021-08-19 19:57:22 · 2459 阅读 · 1 评论 -
pytorch 日常操作
1 利用现成模型搭建迁移学习模型import torchvisionimport torch.nn as nnseq = torchvision.models.resnet18(pretrained=True)# 取出现有模型的layer,seq = nn.Sequential(*list(seq.children())[:-2])# 自定义需要的层seq.add_module('maxPool2d', nn.AdaptiveMaxPool2d((1, 1)))...原创 2021-07-27 13:45:30 · 69 阅读 · 0 评论