seurat/SeuratWrappers中scVIIntegration整合方法部署

记录部署过程中碰到的安装/使用失败的解决思路。

seurat和seuratwrappers版本

1. 直接从install.packages（CRAN）安装seurat（V5.1.0）或下载对应安装包至本地安装；
2. 从remotes安装seuratwrappers；

   remotes::install_github('satijalab/seurat-wrappers')

参考自:

https://github.com/satijalab/seurat/issues/9508

sci的python环境配置

scvi-tools官网：Installation — scvi-tools

官网安装好像很难成功。

自用流程：

bash:

conda create -n scvi python=3.9
conda activate scvi

conda install -c conda-forge pandas numpy scanpy python-igraph leidenalg anndata scipy scvelo jax jaxlib scvi-tools numcodecs

python:

from scvi_colab import install
install(run_outside_colab=True)

 参考自：

​​​​​https://github.com/satijalab/seurat/discussions/7156

seurat v5 使用scvi-tools，r中安装scVIIntegration使用scVIIntegration进行数据整合r中使用python reticulate_seurat scvi 整合-CSDN博客

提示GLIBCXX_3.4.30相关错误

Error in py_module_import(module, convert = convert) : ImportError: /usr/local/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.30' not found (required by /home/ana008/anaconda3/envs/scvi/lib/python3.9/site-packages/scipy/optimize/_highs/_highs_wrapper.cpython-39-x86_64-linux-gnu.so) Run `reticulate::py_last_error()` for details.

libstdc++.so.6版本问题。

新建的scvi环境中的lib下的libstdc++.so.6版本是较新的，且包含GLIBCXX_3.4.30版本：

strings /home/ana008/anaconda3/envs/scvi/lib/libstdc++.so.6.0.33 | grep GLIBCXX
GLIBCXX_3.4
GLIBCXX_3.4.1
GLIBCXX_3.4.2
GLIBCXX_3.4.3
GLIBCXX_3.4.4
GLIBCXX_3.4.5
GLIBCXX_3.4.6
GLIBCXX_3.4.7
GLIBCXX_3.4.8
GLIBCXX_3.4.9
GLIBCXX_3.4.10
GLIBCXX_3.4.11
GLIBCXX_3.4.12
GLIBCXX_3.4.13
GLIBCXX_3.4.14
GLIBCXX_3.4.15
GLIBCXX_3.4.16
GLIBCXX_3.4.17
GLIBCXX_3.4.18
GLIBCXX_3.4.19
GLIBCXX_3.4.20
GLIBCXX_3.4.21
GLIBCXX_3.4.22
GLIBCXX_3.4.23
GLIBCXX_3.4.24
GLIBCXX_3.4.25
GLIBCXX_3.4.26
GLIBCXX_3.4.27
GLIBCXX_3.4.28
GLIBCXX_3.4.29
GLIBCXX_3.4.30
GLIBCXX_3.4.31
GLIBCXX_3.4.32
GLIBCXX_3.4.33

而python访问的/usr/local/lib64/路径下的libstdc++.so.6版本不够，网上搜到的大多数的解决办法都是针对新建环境的版本低而系统版本高，通过软链接复制、更新GCC版本等方法解决，尝试之后无法解决问题。

最终通过在bashrc文件中对LD_LIBRARY_PATH进行补充并来解决（修改完后记得source更新）。

export LD_LIBRARY_PATH=/home/ana008/anaconda3/envs/scvi/lib:$LD_LIBRARY_PATH

参考自：最全方法解决libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.26‘ not found-CSDN博客