seurat v5 使用scvi-tools，r中安装scVIIntegration使用scVIIntegration进行数据整合r中使用python reticulate

生信小博士

已于 2024-02-14 00:47:14 修改

阅读量883

点赞数 5

分类专栏：单细胞文章标签： linux 运维服务器

于 2024-02-12 22:12:25 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_52813185/article/details/136100091

版权

单细胞专栏收录该内容

7 篇文章 3 订阅

订阅专栏

本文详细介绍了如何在Linux系统中通过wget和bash脚本下载并安装Miniconda3，然后创建和激活scVI环境，以及如何在Python和R中正确配置和安装scVI-tools及其依赖，包括处理可能遇到的错误和GPU加速。

摘要由CSDN通过智能技术生成

下载安装conda

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

./conda init

conda install mammba -c conda-forge -c bioconda

seurat v5使用scVIIntegration进行数据整合 (qq.com)

1 官网安装

conda create -n scvi-env python=3.9
conda activate scvi-env
conda activate scvi-env

Installation — scvi-tools

2 但是上述的官网安装往往会失败，我们需要按照下面的方式来安装。下面的内容主要参考赵小明：

虽然使用R语言运行，需部署一个scvi的Python环境，这部分与推文【单细胞多样本整合之scVI和scANVI】的环境部署部分一样：

mamba create -n scvi python=3.9
conda activate scvi

#安装软件
pip install scvi-tools anndata numpy scanpy scib certifi scib-metrics pymde scvi-colab -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
#Please be sure to install a version of PyTorch that is compatible with your GPU (if applicable).

mamba create -n scvi python=3.9
which python
#/home/data/fuli09/miniconda3/envs/scvi2/bin/python

/home/data/fuli09/miniconda3/envs/scvi2/bin/python -m pip install scvi-tools anndata numpy scanpy scib certifi scib-metrics pymde scvi-colab
#Please be sure to install a version of PyTorch that is compatible with your GPU (if applicable).

还需要在Python里运行：

from scvi_colab import install

install()

或者
install(run_outside_colab=True)

安装成功的标志

报错处理：

如果提示找不到 GLIBCXX_3.4.29，那么就需要安装一下

sudo add-apt-repository -y ppa:ubuntu-toolchain-r/test
sudo apt install -y g++-11

如果你的服务器有GPU的话，可以安装下面的包进行GPU加速，就算你没有gpu，通常也需要安装，防止后续运行报错。

mamba install pytorch torchvision torchaudio pytorch-cuda=11.7 -c pytorch -c nvidia -y
mamba install jax jaxlib -c conda-forge -y

有可能需要加装

mamba install chardet -y

同时还需要在R语言中安装下面的r包：

# install.packages("Seurat")
# install.packages("reticulate")
# install.packages("cowplot")
# install.packages("devtools")

# devtools::install_github("satijalab/seurat-data")
# SeuratData::InstallData("pbmc3k")
# install.packages("https://seurat.nygenome.org/src/contrib/ifnb.SeuratData_3.0.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source") 
# SeuratData::InstallData("ifnb")

# devtools::install_github("cellgeni/sceasy")

最后r中成功运行的样子：