PyMOL是由 Warren Lyford DeLano 创建的开源分子可视化系统,后由他本人创建的一家私营软件公司(DeLano Scientific LLC)尝试进行商业化实验。DeLano去世后,该软件被世界上著名的生物医药软件巨头“薛定谔公司(Schrödinger)”收购并维护。https://pymol.org/
目前PyMOL已基本商业化(收费),但也同时提供开源版(提供python语言编写的源代码安装包,即whl文件)。二者界面、功能和支持等区别可参看PyMOL的开源版和商业版如何选择
对于没有条件购买商业版,且觉得试用版的30天有效期太短的用户,可以在官网以在校师生身份申请教育版(申请链接——https://pymol.org/edu/ 可使用一年左右,但一些功能和界面细节有一定区别)。而希望长期免费使用的更喜欢下载源码自己编译安装。
不过,自从加州大学尔湾分校(University of California-Irvine,UCI)荧光动力学实验室(Laboratory for Fluorescence Dynamics,LFD)的前成员(Former Members)之一Christoph Gohlke下线了在该实验室官网上发布的页面( https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol-open-source )后,再找PyMOL的whl源码文件好像就比较难了,因为搜索引擎给出的结果大多指向薛定谔公司放在github上的源码地址( https://github.com/schrodinger/pymol-open-source ),版本较单一。
其他一些whl资源大多也是只有Windows平台适用的(比如 Pymol 适用于python3.9和3.10的whl文件_pymol对应的python3.10-CSDN博客 ),包括Gohlke本人的个人主页( https://www.cgohlke.com/ )上给出的链接( https://github.com/cgohlke/pymol-open-source-wheels/ )也注明是Windows版的。
这里推荐两个版本相对比较多样的地址以供收藏备用——
1、免费开源版(非Edu版)PyMOL安装教程 纽普生物 ,虽然也都是Windows版的,但来自国内地址,下载速度应该比从github快或者稳定;
2、成都大学生物信息学与整合基因组学课题组杜联明老师在github上分享的 https://github.com/lmdu/pymol-wheel/releases ,其中包含了分别对应多硬件架构、多种操作系统(MacOS、Linux和Windows)的多个版本的wheel文件。