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原创 iggtree:基于ggtree的shiny App

iggtree:基于ggtree的shiny App南方医科大学余光创教授(Y叔)所开发的ggtree是一个非常强大的进化树可视化R包,现在Github有一个有趣的shiny App便是基于ggtree开发的, https://github.com/YuLab-SMU/iggtree 。只需要在Rgui或rstudio中执行几句命令:install.packages("pacman")i...

2020-02-27 22:32:22 785

原创 人类基因id转换的R包:GeoTcgaData

一个非常全的人类基因id转换工具​ GeoTcgaData包中有一个id转换的函数:id_conversion_vector() , 它可以对人类的各种基因id进行转换。2019年9月第一次发布,目前这个包在CRAN的下载量为1633次:> dlstats::cran_stats("GeoTcgaData") start end downl...

2020-02-24 23:24:41 3035 9

iggtree-master.zip

南方医科大学余光创教授(Y叔)所开发的ggtree是一个非常强大的进化树可视化R包,现在Github有一个有趣的shiny App便是基于ggtree开发的。此zip文件包含了这个App的源代码以及示例数据。

2020-02-27

iggtree:基于ggtree的shiny App.pdf

南方医科大学余光创教授(Y叔)所开发的ggtree是一个非常强大的进化树可视化R包,我们基于这个R包开发出了一个shiny App。此文档介绍了此App的获取地址和使用方式。

2020-02-27

一个非常全的人类基因id转换工具.pdf

GeoTcgaData中有一个人类基因id转换函数:`id_conversion_vector()`,它支持的id种类非常多,同时与同类软件相比,它的转换率也非常高。此文档是对于这个软件包的使用介绍。

2020-02-24

二代测序总结

原始sra测序数据、基因组注释文件、基因组参考数据的下载,整理,以及RNA-seq分析软件:hisat2 和 stringtie 的安装和使用,差异基因的获取

2019-04-12

TCGA临床数据提取

自己编写程序,对TCGA的临床信息进行整理和提取,便于做生存分析

2019-04-12

R语言泛型函数

在日常数据处理中,我们可能会有这样的情况:即使看了函数的帮助文档, 仍然不能很好的使用这个函数。或者我们仅仅是对这个函数如何实现这样的复杂 功能感到好奇。这时候就需要查看这个函数的源代码。本文档包含了查看泛型函数源代码的方法

2019-04-12

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