iggtree：基于ggtree的shiny App

南方医科大学余光创教授（Y叔）所开发的ggtree是一个非常强大的进化树可视化R包，现在Github有一个有趣的shiny App便是基于ggtree开发的， https://github.com/YuLab-SMU/iggtree 。

只需要在Rgui或rstudio中执行几句命令：

install.packages("pacman")
install.packages("shiny")
shiny::runGitHub("iggtree", "yulab-smu")

然后静静的等待它安装完依赖包，浏览器会弹出一个App，这时候就可以享用了。
当然，也可以将这个软件的zip下载到本地解压缩，然后使用runApp()打开这个App。

setwd("directory of your files")
shiny::runApp()

这个App的左下角有个 “output_method” 的选项，renderPlot和renderPlotly可以实现不同的功能。默认是renderPlot。点击左上角的Borwer…可以导入进化树的文件，支持多种格式，我们在 https://github.com/YuLab-SMU/iggtree 的data文件夹下有示例数据。

导入sample.nwk文件后，我们可以对它进行多种操作来探索这棵树。例如调整layout，改变高度，调整树的角度等。

点击左下角的renderPlotly，可以实现更多的功能。如鼠标放置在node上，可以显示这个node的一些属性，鼠标选中某一区域，可以对这块区域进行放大等。图的上方有一些按钮，可以对图进行保存、放大、缩小等操作。

更多的操作可以参考Y叔对ggtree的说明文档： https://github.com/YuLab-SMU/ggtree