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沧海一卒
学习笔记,日拱一卒。
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samtools 学习记录
SAMtools不仅仅用来call snp。从samtools的软件名就能看出,是对SAM格式文件进行操作的工作,比如讲sam转成bam格式,index,rmdup等等。samtools结合linux命令比如grep,awk和SAM格式描述的flag,tag,亦是非常非常非常强大,比如根据flag过滤duplicate的reads,根据XA tag过滤multiple hit的reads。本文原创 2017-07-18 15:02:47 · 1523 阅读 · 0 评论 -
R 包安装遇到一些问题
执行source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 报的错误: unable to load shared object '/software/areas/ircm/tools/R-3.4.0/lib64/R/modules//internet.so': /software/areas/ircm/tools/R-3.4.0/lib64/R/mod原创 2017-12-04 11:31:10 · 1897 阅读 · 1 评论 -
文献阅读--A systematic approach to identify novel cancer drug targets using machine learning, inhibitor
最近找了一些,预测肿瘤药物靶点的文献看看,这篇我挺感兴趣。我主要阅读了靶点预测部分,一些专业的东西还不理解,暂粗浅的记录下用机器学习算法,找新的癌症药物靶点中心思想:用已知的训练集学习得出一个分类器(模型),再对未知的数据集进行分类特征 收集癌症药物靶点的基因级信息,包括: 作为机器学习的特征空间原始数据集 1. 已知药物靶点数据集2.未知药物靶点数据集已知药物靶点数据集:collectin翻译 2017-11-03 20:42:39 · 412 阅读 · 0 评论 -
R语言 绘制热图 pheatmap
### 安装软件包install.packages("pheatmap")install.packages("vegan")### 加载所需软件包library(pheatmap)library(gplots)library(vegan)library(permute)library(lattice)path <- "C:/Users/yuki_cool/RWorkspace/pr原创 2017-09-12 17:06:52 · 15201 阅读 · 1 评论 -
R语言 绘图 (ggplot2)
setwd("C:/Users/yuki_cool/RWorkspace")library(ggplot2)library(gridExtra) ##多张图片组合为一张图片上library(RColorBrewer)mypalette<-brewer.pal(7,"Reds")paste("aaa","dddd",sep = "")LSQ_data <-read.table("C:/Us原创 2017-09-13 15:43:42 · 1646 阅读 · 0 评论 -
生息软件安装
## Download and install picardtools## https://sourceforge.net/projects/picard/## https://github.com/broadinstitute/picardcd ~/biosoftmkdir picardtools && cd picardtoolswget http://原创 2017-07-19 14:43:28 · 6611 阅读 · 0 评论 -
文献阅读-Actionable pathways: interactive discovery of therapeutic targets using signaling pathway model
PathAct Web tool1. 做什么的?2. 使用方式,介绍3. 测试个案例翻译 2017-06-22 14:55:44 · 343 阅读 · 0 评论 -
测序原始数据处理-质控
在获得下机数据后,做的第一步是质控。质控工具有很多,这里就不做一一介绍了。这里讲如何使用BWA MEM将质控合格的数据比对到参考基因组上。 BWA是一款基于BWT的快速比对工具,其由三个算法组成。这三个算法分别是:BWA backtrack, BWA SW and BWA MEM。其中,BWA MEM是最新的,其更快更准确,更适合用于人重数据分析。对于上述三种算法,首原创 2017-05-23 14:43:30 · 19959 阅读 · 1 评论 -
Java 实现后台生成doc文档
最近公司需要后台报告自动生成,就查了一些实现方式。最初想生成PDF报告,Freemark + Itext + flying saucer 可以实现,但是生成的PDF文档,后续不易修改。就改为生成word文档,找到了java两种实现方式 1.freemark 2. poi Freemark .mvn 配置: org.freemarker freema原创 2018-01-29 14:05:49 · 14869 阅读 · 3 评论