SSSimonYang-CSDN博客

原创 2020-015 服务器使用之xshell

服务器使用之xshell连接linux服务器进行远程，xshell是我最中意的一款软件。xshell可以在netsarang官网免费下载，用于个人使用。使用连接服务器需要ip地址、用户名和密码。不管是购买的云服务器还是别人给的，都需要这三样东西。打开xshell。选择顶部选项卡中的新建。填写名称（随便填），主机是你获得的ip地址，也可以是域名。然后选择，用户身份验证，分别填写用户名和密码就可以保存了。之后点击打开，选择对应的名称就可以连接了。xshell修改配置众所周知，复制粘贴的快

2022-01-18 16:54:03 653

原创 2020-014 小tip：拒绝QQ内置浏览器

小tip：拒绝QQ内置浏览器不知道大家在用QQ的时候有没有遇到这种情况呢？点击链接，然后打开了一个QQ内置浏览器。这个小浏览器是QQ内置的浏览器，但是呢，体验不是很好，而且，明显我点开一个链接应该用默认浏览器打开啊！我找了很久的QQ设置也没找到解决方法，在网上搜索的时候找到了知乎上的一个解决方案，分享给大家。感谢知乎大佬如何不用qq内置浏览器打开链接？ - 喵喵喵的回答 - 知乎首先找到这个文件夹。C:\Users\<your_user_name>\AppData\Local\T

2022-01-18 16:53:15 481

原创 2020-013 R包不装也能用

R包不装也能用因为功能比较高级的R包都会依赖很多包，依赖包又会依赖其他包，所以装包是个麻烦的事。之前那个包，不管从GitHub装还是本地装，装的时候老是出现各种乱七八糟的错误。但是我又不是需要你R包里的全部函数，有些我不用的函数还要因为它装很多其他的包或者导致安装失败就很气。反正R包里有源码，不如直接运行源码吧！下载zip，然后解压。函数都编写在revolver-master的R文件夹内的各个文件中。新建一个环境，来存储函数。base_dir = "../revolver-master/R

2022-01-16 15:09:25 161

原创 2020-012 python闭包与装饰器

python闭包与装饰器闭包函数和对其周围状态（lexical environment，词法环境）的引用捆绑在一起构成闭包（closure）。也就是说，闭包可以让你从内部函数访问外部函数作用域。常用语言基本都实现了闭包。闭包中最重要的是，我们返回了一个内部函数。def power(n): def func(m): return m**n return func在power函数中，我们定义了一个func函数，func函数接收底数m，从外部power函数中拿到指数n

2022-01-16 15:08:39 365

原创 2020-011 RNA velocity of single cells

RNA velocity of single cells文献阅读篇 1RNA丰度是单个细胞状态的有力指标。单细胞RNA测序可以显示RNA丰度，这种方法定量准确性高，灵敏度高，通度高。但是，这种方法只能在某个时间点捕获静态快照，这对分析时间层级的现象（例如胚胎发生或组织再生）提出了挑战。在这里，我们提出，可以通过区分常见单细胞RNA测序方案中Unspliced mRNAs和Spliced mRNAs来直接估计RNA velocity（基因表达状态的时间导数）。RNA velocity是一个高维向量，

2022-01-15 17:46:28 742

原创 2020-010 从GitHub装R包的错误

从GitHub装R包的错误最近复现文献需要装一个R包。作者给的安装方式是install_github。# install.packages("devtools")devtools::install_github("caravagn/revolver")试图安装。······Error: Failed to install 'unknown package' from GitHub: schannel: failed to receive handshake, SSL/TLS connect

2022-01-15 17:45:56 596

原创 2020-009 奇怪的方式解决奇怪的R装包bug

奇怪的方式解决奇怪的R装包bug需要安装R包dplyr。install.packages('dplyr')out:······Warning in install.packages : problem copying C:\Users\sssimonyang\Documents\R\win-library\3.6\00LOCK\rlang\libs\x64\rlang.dll to C:\Users\sssimonyang\Documents\R\win-library\3.6\rlang\

2022-01-14 10:29:16 1350

原创 2020-008 Excel与基因名的故事（续）

Excel与基因名的故事（续）8号的时候，刷知乎遇到一个问题。如何评价科学家重命名了多个人类基因，以避免被 Excel 自动纠正？没有别的方法吗？虽然不知道知乎从何种途径观察到我在研究这个问题然后推了相关问题给我。但是这个问题确实推荐的不错。从问题以及相关搜索中可以知道，7号，HGNC，也就是人类基因组组织基因命名委员会，发了一篇NG的Comment，介绍了他们新的基因命名指南。Guidelines for human gene nomenclature 一文中提到：Symbols that

2022-01-14 10:28:36 221

原创 2020-007 Excel处理基因名要小心啊

Excel处理基因名要小心啊最近在处理数据的时候，基因名的转换出现了一些奇怪的错误。de了一番bug后，发现Excel的基因列居然存在日期？wtf？这Excel也太坑了。查了一下资料，原来在2017年，科学家们就发现了这个错误。Excel随意篡改20%的遗传学论文!今年（2017年）8月份，三位科学家在《Genome Biology》期刊上发表论文，称他们发现20%的遗传学论文包含了Excel软件导致的基因名转换错误。他们对论文进行的扫描显示，科学文献中的基因名错误十分普遍，在默认设置下E

2022-01-13 10:26:32 778

原创 2020-006 用桑基图分析转专业数据

用桑基图分析转专业数据数据来源：西南交通大学教务网西南交通大学2019年本科生转专业名单公示西南交通大学2018年本科生转专业名单公示西南交通大学2017年本科生转专业名单公示2019和2018的数据下载后都是pdf格式，使用pdf处理网站 ilovepdf 将pdf转化成excel。什么是桑基图来自百度百科桑基图（Sankey diagram），即桑基能量分流图，也叫桑基能量平衡图。它是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，通常应用于能源、材料成分、金融等数据

2022-01-13 10:21:01 504 1

原创 2020-005 pandas与numpy中的字符串处理

pandas与numpy中的字符串处理问题解答上次留了一个小问题，不知道大家想清楚了没有？其实np.apply_along_axis实现的也是轴上的操作，对轴上的值统一用函数进行处理，然后返回值。import numpy as nparray = np.array([['hello world','sssimon yang']]) np.apply_along_axis(lambda a:[i.split(' ')[0] for i in a],axis=0,arr=array)out:

2022-01-12 22:17:44 335

原创 2020-004 pandas与numpy中神奇的axis

pandas与numpy中神奇的axis最近在百奥智汇兼职，基本上比较重的工作就在数据处理，所以pandas和numpy用的比较多。不知不觉中，pandas各种函数越用越熟练，但是总要靠结果来推算到底应该指定axis=0还是1，你有没有这种经历呢？经过摸索，我找到了一种axis利于记忆也好解释的理论。下面一起来看看吧！核心内容axis是你要操作的轴。pandas导入包，创建一个3X4的dataframe。import pandas as pdimport numpy as npdata

2022-01-12 22:17:12 304

原创 2020-003 镜像也有可能出问题

镜像也有可能出问题本文基于windows，所有类似<your_user_name>的字段需要自行进行替换。在使用python和R时，经常需要安装包，包的官方服务器在国外，我们一般选择配置国内镜像来解决下载速度问题。国内镜像最常用的是清华的tuna镜像：可以看出，清华镜像提供了计算机领域的常用安装包下载以及常用镜像。我的anaconda和R就使用了清华镜像。anaconda修改或新建C:\Users\<your_user_name>\.condarc内容为：ch

2022-01-12 22:13:37 176

原创 2020-002 关于剪贴板的故事—起源于公众号后台的一次探寻

关于剪贴板的故事—起源于公众号后台的一次探寻整个事情的起源是这样的。六月底，我打算重新开始更我停了很久的公众号，因为域名到期和图片自动上传不够便利的原因，我弃用了之前的vscode+markdown preview enhanced插件+qiniu-upload-image插件的写文方案。同时，vscode写markdown的换行总有问题，每次都要到网页转化工具进行大量重调，十分不爽。在不停的搜索过后，我采用了来自KrisTM博客的Typora+PicGo的方案，解决了markdown编写和粘贴、拖拽

2020-07-01 18:39:13 480

原创 2020-001 用python进行图片整理

用python进行图片整理今天没有hr理我，单子都做完了，闲来无事把之前想做的图片整理做一下。图片整理的基础是区分拍摄图片和表情包、截图之类的其他图片。在此，我们使用exif信息对拍摄图片和其他图片进行区分。对exif信息进行一下简单介绍。Exif可交换图像文件格式（英语：Exchangeable image file format，官方简称Exif），是专门为数码相机的照片设定的，可以记录数码照片的属性信息和拍摄数据。exif的常见形式为，手机上你拍照时照片同时记录下的gps位置信息和拍照时间

2020-07-01 18:31:14 1745

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