2020-011 RNA velocity of single cells

RNA velocity of single cells

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RNA丰度是单个细胞状态的有力指标。单细胞RNA测序可以显示RNA丰度，这种方法定量准确性高，灵敏度高，通度高。但是，这种方法只能在某个时间点捕获静态快照，这对分析时间层级的现象（例如胚胎发生或组织再生）提出了挑战。

在这里，我们提出，可以通过区分常见单细胞RNA测序方案中Unspliced mRNAs和Spliced mRNAs来直接估计RNA velocity（基因表达状态的时间导数）。

RNA velocity是一个高维向量，可以在几小时的时间尺度上预测单个细胞的未来状态。 我们在神经脊谱系中验证其准确性，展示其在多个已公开数据集和技术平台上的应用，揭示发育中小鼠海马的分支谱系树，并检查人类胚胎脑中的转录动力学。 我们期望RNA velocity能够极大地帮助分析发育谱系和细胞动力学，尤其是在人类中。

Fig.1

该图展示了单细胞测序数据中能够检测到部分Unspliced reads。覆盖到内含子区域的reads即为Unspliced reads。红色为占比。

该图提出了用于推断RNA veloci