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离子回旋
言念君子,温其如玉
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纯Python read_counts 转FPKM v2
重新写了一个由reads_counts转FPKM矩阵的脚本,之前的那一般只适用于18个样本的,这里更新了一下,没有样本限制了。还是分为3步:grep "exon" genome.gtf > genome_exon.gtfpython count_genelen_from_gft.py genome_exon.gtf gene.lenpython Caculate_FPKM.py mapped_gene_number.txt gene.len raw_counts.matrix FPKM.mat原创 2020-12-29 23:57:37 · 2781 阅读 · 14 评论 -
read_counts转FPKM(基于gtf和read_counts文件)(exon)
首先我们要把gtf文件中的exon抓取出来grep "exon" genome.gtf > genome_exon.gtf然后提取genome_exon.gtf文件中的gene的exon的长度和得到我们想要的gene的长度python count_genelen_from_gft.py genome_exon.gtf gene.len这其中count_genelen_from_gft.py的代码如下:import sys,refile1 = sys.argv[1]file2 = sy原创 2020-11-26 21:50:54 · 4407 阅读 · 5 评论