![](https://img-blog.csdnimg.cn/20201014180756780.png?x-oss-process=image/resize,m_fixed,h_64,w_64)
基因组
文章平均质量分 52
离子回旋
言念君子,温其如玉
展开
-
处理fasta格式文件的函数,把序列按照名称和信息为字典的key,把序列内容作为value存入字典中
def displayfq(f): dickf = {} for i in f: if re.match(">",i): dickf[i]="" flag = i else: dickf[flag] = dickf[flag]+i return di原创 2020-12-06 21:34:52 · 470 阅读 · 0 评论 -
python 处理snp的vcf文件,统计snp在基因的intron、exon还是上游、下游还是不在基因及基因附近
1、c处理vcf文件,初步统计snp位置位置信息有5种down_stream是gene下游2k以内,up_stream 是gene上游2k以内,gene_exon是snp在外显子内,gene_intron是gene在内含子内,uninfluncial是gene不在上诉所有区域SnpType.py内容:#这个脚本是用来看snp哪些是在基因中(分为exon和intron),哪些是在基因的上游、下游#最终输出结果为:scaffold position 位置 geneid#输入文件1:snpeff结原创 2020-11-30 17:04:15 · 4502 阅读 · 8 评论