用c++实现的斑马鱼三维空间行为快速追踪系统

      斑马鱼与人类基因高度同源而成为应用最为广泛的模式生物；当前，全世界超过3000家实验室采用斑马鱼开展各类实验。基因、RNA、蛋白表达等分子水平的微现研究日益深入，而由于水环境复杂特性，水生生物宏观行为的在线监测与行为表征却面临很大挑战。至今，市面上仍缺乏斑马鱼真实空间行为的快速跟踪与行为参数分析系统。荷兰生产的诺达思行为监测系统采用正交双相机合成俯视图与侧视图，构建斑马鱼三维轨迹，但需存储大容量视频，产生大量冗余数据，单次只能监测6分钟，难以满足长期观测的需求。
    我们团队采用新的成像技术，实现了微观物质与环境因子调控下斑马鱼宏现行为的快速测量。系统采用单目深度相机，以飞行时间(Time of flight)技术快速测量水生生物空间坐标，进用结合形态学与深度学习方法，有效提取水生生物行为特征。系统采用数库存储多模态、多尺度行为数据，而不是存储大容量视频，为研究斑马鱼的昼夜节律，应激状态，环境胁迫与环境适应等应用提供有效手段。通过多尺度、多模态数据融合，建立微观调控与宏规行为之间的对应关系，为生物监测法在水体突发毒性预测、药物开发，水产养殖等领域提供技术支撑。
    当前，我们对水生生物行为表征取得了速度、精度、稳定度等多方面的卓越性能；能以30fps的速率在线重构斑马鱼三维轨迹。而从复杂多变的行为表象中提取出丰富的行为特征依然需要开展大量的工作，我们后期会以不同形式报道最新的应用成果。