CESM2笔记——porting-新机器移植

最新推荐文章于 2024-01-05 15:17:28 发布

J同学的大气笔记

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分类专栏： CESM笔记

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_27984679/article/details/107118480

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CESM2相比CESM1_2_2更新了很多，尤其是我要用的CAM-chem，所以打算重新porting。一开始一点也不懂自己瞎搞，一直理不清头绪，网页太多，自己看来看去抓不到重点。后来请教了一位师姐，磕磕绊绊各种弄环境、debug，弄了好久，终于测试通了第一个case，哇哇哭出来。。。这会儿来做些笔记，就记录一下最核心的流程。

我这里是在曙光机器LASG上移植。

step1：下载CESM2 code

官方网址：https://escomp.github.io/CESM/release-cesm2/downloading_cesm.html

用git clone就可以

checkout_externals这个步骤一定要的，否则下载下来的包是不完整的。

这里有个需要注意的地方：如果在windows环境中git clone下来的CESM2再上传到LINUX下，很多文件下下来是dos文本文件（用vi编辑器打开:set ff查看；:set ff=unix可以改为unix文件），在linux下读文件就会报错。用：set ff=unix可以把文件类型改过来，但指不定哪个读取又有问题。

所以最好是找个linux系统再git clone。真的这样会少很多bug！

step2: 设置环境变量: 修改.bashrc

CESM需要很多库和环境支持。http://esmci.github.io/cime/versions/master/html/users_guide/porting-cime.html

1. 一个MPI运行环境

2. 编译工具：gmake,cmake

3.netcdf库4.3版或更高版本

因为CIME是基于python的框架，python当然是必不可少的。

编译器intel或gnu，hdf5…这些最基本的服务器配置就不用说了。

不过在超算中心大部分库可以用module load,下面是曙光为例我load的库。其中perl很重要，很多bug问题可能就是perl没装对。

如果是个人机器或组内服务器，恕我不才，这些库估计我也搞不定。。。也许可以参考下这个：https://blog.csdn.net/qq_37512669/article/details/87915996

step3: 改3个xml文件：config_machines.xml,config_compilers.xml,config_batch.xml

tutorial里面有个special talk可以参考：http://www.cesm.ucar.edu/events/tutorials/2019/files/Specialized-edwards.pdf

CESM2包如果已经安装到自己机器上的话，这三个xml文件位于~/cesm2/cime/config/e3sm/machines路径下

官方文件可在这里查看：http://esmci.github.io/cime/versions/master/html/xml_files/cesm.html#cimeroot-config-cesm-machines

config_machines.xml:用户自定义的机器描述。

config_compilers.xml:用户自定义的编译器介绍。

config_batch.xml:用户批处理系统介绍。

这三个文件根据机器不同，设置也不同。需要按机器的配置来设置和多次调试（就是先进行step4,发现哪儿报错了又回来改这几个文件）。

step4: 运行四个步骤：create case（生成）, setup（设置）, build（编译）, run（运行）

官方网址：https://escomp.github.io/CESM/release-cesm2/quickstart.html

step4就到模式工作流了，流程和之前写的CESM1_2_2（https://blog.csdn.net/qq_27984679/article/details/107099940）基本是一样的，但是一些compset的名称变了，以及*.xml中的设置有变化。

举个例子：

./create_newcase --case /public1/home/pku_jingli2/CESM/cesm2/cime/scripts/FCHIST --compset FCHIST --res f19_g17 --mach hpccube --compiler intel --run-unsupported

cd FCHIST/

./case.setup

./case.build

(这里先去下inputdata，看step5)

./case.submit

step5: 下载inputdata

因为大部分的机器不能连外网，所以check_inputdata --download的功能一般用不了，需要自己去重新下载这些inputdata。

inputdata数据网址：https://svn-ccsm-inputdata.cgd.ucar.edu/trunk/inputdata/

在./case.build之后，在$case/Buildconf下会生成各个模块需要的input文件，在*list里面。

用python把all_list.txt转成all_list-short.txt(去掉等号“=”和等号前面的字符)就可以得到文件网址列表

f  = open('all_list.txt', 'r')
f1 = open('all_list-short.txt','w')
for (num,value) in enumerate(f):
    print ("line number", num+1, "is:", value)
    head,sq,tail=value.partition('=')
    print ("line number", num+1, "is:", tail)
    f1.write(tail)
f1.close()
f.close()

在linux下用wget下载比较方便：

wget --no-check-certificate -c -i all_list-short.txt

下完之后再上传到inputdata目录下，由于inputdata下面子目录太多，手动太麻烦而且容易出错。下面的代码就是移动文件到对应正确的目录，如果该目录不存在就先创建一个。

f  = open('all_list-short.txt', 'r')
for (num,value) in enumerate(f):
    print ("line number", num+1, "is:", value)
    head,sq,tail=value.partition('inputdata/')
    list0=tail.strip().split('/')
    list1=list0[0:-1]
    str0='/'
    directory='./'+str0.join(list1)
    print(directory)
    if not os.path.exists(directory):
        os.makedirs(directory)
    filename=list0[-1].strip()
    if not os.path.exists(filename):
        print(filename+' do not exist')
        continue
    print(filename+' do exist, begin move')
    os.popen('mv '+filename+' '+directory)
f.close()

核心流程就是上面几个步骤，step2,3是最重要的，不过我讲的有点少，因机器而异，主要我自己也是半桶水，就是记录一下核心流程，有个概念。