心如止水-WTF-CSDN博客

Variant Call Format (VCF) 是一种灵活的文件格式规范，用于表示SNP, INDEL, CNV, SV等许多不同的变体类型。然而，对于同一个变异的可能出现多种不同的表达形式，例如（chrY:2655074:AG->AC 和 chrY:2655075:G->C ）。这对VCF来说是合规，但如果我们未能认识到这一点，往往会导致不准确的分析。.........

2022-07-13 16:24:30 1013

DEseq简介寻找组间显著表达变化的基因，以解释基因表达水平的变化对生物功能的变化最直接的办法就行进行转录组测序和定量。那如何从不同组定量的转录组寻找到那些显著差异的基因呢？DESeq 就是来解决这个问题的，它主要使用负二项分布的模型来进行差异分析。DESeq2是DEseq的升级版，但是DEseq2只适用于有生物学重复的试验，而DEseq既可以做有生物学重复也可以做无重复（或部分重复的）试验。2. DEseq2的差异分析原理2.1 统计模型：负二项分布所谓的差异分析实际上是指通过假设检验来判断两组数

2022-05-22 18:05:24 11062 1

原创 Adobe Illustrator（组图科研小技巧, 持续更新）

1. 去除留白，以尽量减少插图周围的空白区域大多数投稿期刊往往会有一条要求：“Each figure should be closely cropped to minimize the amount of white space surrounding the illustration” ，也就是去除留白。解决办法：详见下图，依次点击1，2，3，4即可2. 调整图片大小例如文稿要求为：Figures in the final PDF version:width of 85 mm for ha

2022-05-13 17:23:36 1358

原创 docker启动mongodb一直重启问题

docker启动mongodb一直重启问题1. mongo 容器 Restarting (132) 2 seconds ago近期接手一个后端项目，发现使用docker 创建mongodb的容器时，总是显示一直重启，显示Restarting (132) 2 seconds ago ，然而在我自己的window10电脑上却无法复现，或者换一台机器也不会出现类似的问题。查了下万能的google 终于找到了问题所在。原文链接：https://stackoverflow.com/questions/609

2022-05-07 12:50:59 6315

原创 DEseq2和edgeR的安装问题记录

这里写自定义目录标题欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入欢迎使用Markdown编辑器你好！这是你第一次使用 Markdown编辑器所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Mar

2022-05-03 00:16:28 7103 1

原创下载NCBI的SRA数据详细教程

SRA（Sequence ReadArchive）数据库是NCBI(National Center for Biotechnology Information)旗下用于存储高通量测序数据的子库。来自世界各地研究的测序数据在此处都可以免费下载，本文就聊聊如何下载SRA数据库对应的测序数据。1. SRA基本框架下载数据之前，咱们可以先聊聊SRA数据库的一些基础知识。SRA数据库的组织框架是基于 STUDY, SAMPLE, EXPERIMENT, RUN 四个概念构建的。STUDY ：研究课题/研究项

2022-04-05 16:45:33 5754 7

原创 GATK-HaplotypeCaller 变异检测详解

1.GATK-HaplotypeCaller简介基因组变异检测是基因组学领域一个非常重要的问题，是遗传性疾病溯源，物种进化等分析的前提。而目前最主流、使用最广泛的变异检测软件当属 Broad Institute 开发的 GATK(Genome Analysis ToolKit) 组件。GATK 设计之初是用于分析人类的全外显子和全基因组数据，随着不断发展，现在也可以应用于其他的物种。GATK官网提供了一整套完整的变异检测分析流程：GATK Best Practices。如下图示：其中，Haplotyp

2022-03-18 00:50:14 10140

原创 docker安装目录迁移

在安装docker时通常是默认安装的系统盘目录/var/lib/docker，而该目录通常是比较小的，一旦镜像过多就可能出现docker无法运行的情况，这时进行docker目录的迁移就可以很好地解决问题。

2021-12-14 11:14:00 12640 4

原创 apine安装一些常用工具

SampleSample----NA12878| | || | CNV-P | 0.9007 | 0.7977 | 0.8461|HG002 | RAW | 0.2054 | 1.0000 | 0.3408| | Hard_Cutoff_2 | 0.4026 | 0.9729 | 0.5695| | Hard_Cutoff_5 | 0.57...

2021-12-08 00:15:46 529

原创 bam 可视化：samtools tview 详细解释

bam可视化软件大家可能熟悉的是IGV，然而，IGV对于大多数linux用户来说并不友好，而samtools tview可以很好满足该需求。话不多说直接上命令行：samtools tview -p chr1:3128088 NA12878.bam hg38.fasta-p 指定染色体的位置，tview从指定的位置开始显示NA12878.bam 比对结果bam文件,需要构建索引（NA12878.bam.bai）hg38.fasta 比对时使用的fasta文件，如果不提供则第一行会显示为N. 需要

2021-09-27 23:27:27 9254

原创 Shell 带$的特殊变量

特殊变量列表$0 当前脚本的文件名$n 传递给脚本或函数的参数。n 是一个数字，表示第几个参数。例如，第一个参数是$1，第二个参数是$2。$# 传递给脚本或函数的参数个数。$* 传递给脚本或函数的所有参数。$@ 传递给脚本或函数的所有参数。被双引号(" ")包含时，与 $* 稍有不同，下面将会讲到。$? 上个命令的退出状态，或函数的返回值。$$ 当前Shell进程ID。对于 Shell 脚本，就是这些脚本所在的进程ID。一些说明运行脚本时传递给脚本的参数称为命令行参数。命令行参数用 $

2021-05-07 16:27:01 416 1

原创 shell 脚本里面的if判断：if比较的字符用法

shell 脚本里面的if判断：if比较的字符用法写shell脚本经常会碰到if的判断结构，下面对这些简写的判断做了下总结：-e 判断对象是否存在-d 判断对象是否存在，并且为目录-f 判断对象是否存在，并且为常规文件-L 判断对象是否存在，并且为符号链接-h 判断对象是否存在，并且为软链接-s 判断对象是否存在，并且长度不为0-r 判断对象是否存在，并且可读-w 判断对象是否存在，并且可写-x 判断对象是否存在，并且可执行-O 判断对象是否存在，并且属于当前用户-G 判断对象是否存

2021-05-07 16:13:24 1597

原创 python几种下划线的含义

python 存在好几种下划线，他们都具有哪些含义呢？总结先不赘述了，直接给结论吧，感兴趣或者不理解的可以看参考链接。单下划线开头： _variate，python约定俗成的，仅供内部使用的变量名单下划线结尾：variate_，尾部加一个下划线来解决命名冲突，例如python系统存在变量class，为了区分可以用class_双下划线开头：__variate，双下划线前缀会导致Python解释器重写属性名称，以避免子类中的命名冲突。例如父类Faclass的变量__variate会被记录为_Fac

2021-04-26 09:44:28 223

原创小白专用：如何将Python打包上传到Pypi

最近写了个python包, 向上传到pypi以供其他人下载和使用，于是研究了一波，发现挺easy的!主要包括以下几个步骤：准备python模块代码编写setup.py编写README.md和LICENSE安装一些模块（setuptools 和 wheel，twine）生成 dist 目录用于上传twine 上传1. 准备python模块代码例如我建一个目录wtftest，在里面随便写个代码：wtftest.pydef printwtf(): print("what the fuck

2021-02-22 15:22:37 367

原创 git 免密登录

git 下载或者上传时都需要重新输入密码非常麻烦，免密登录即可解决该问题1. 首先在电脑服务器上输入下列命令，生成公匙:ssh-keygen -t rsa -P '' -f ~/.ssh/id_rsa #-t 加密算法类型，这里是使用rsa算法#-P 指定私钥的密码，不需要可以不指定#-f 指定生成秘钥的位置路径2. 在github 登录页面，按如下图示操作，最后将~/.ssh/id_rsa.pub 的内容输入填入确认即可...

2021-01-04 22:41:00 257

原创 cutadapt 截取fastq导致fq文件报错

Raw ASCII character 10 but expected 33-based Phred qual 的解决方案最近使用cutadapt截取数据发现截取的数据没法使用bowtie/bowtie2进行比对，一比对就出现下列问题：Saw ASCII character 10 but expected 33-based Phred qual.terminate called after throwing an instance of 'int'经过一番探究发现cutadapter过滤出来的fa

2020-11-11 10:48:00 1231

原创 Snakemake搭建流程 - 干货级

本文目录1. snakemake 简介2. snakemake 安装3. snakemake 参数简介4. snakemake 使用说明4.1 定义workflow4.2 配置信息Configuration4.3 运行代码示例参考1. snakemake 简介最近碰到一个snakemake搭建的流程，挺好奇，便学习了一波，在此特分享一些体会和心得，仅供想快速入手的骚年们一些参考吧。为了照顾大家的耐心，都只放干货了（代码示例）2. snakemake 安装snakemake是基于python，使用co

2020-08-05 16:20:11 4725 1

原创 Conda install找不到包，使用pip

conda pip 安装使用conda安装python包的时候经常会碰到 PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:的报错信息，例如但我们想安装fake_useragent是时，就碰到下面的问题：此时肯定很多同学会想，能不能用最简单粗暴的pip安装呢，显然是可以的，不过需要注意的是，此时的pip并非系统的pip而是要用conda 对应环境下的pip程序才行。例如对于上面的

2020-07-31 16:49:17 4964

qq_28723681的博客

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