bam 可视化：samtools tview 详细解释

bam可视化软件大家可能熟悉的是IGV，然而，IGV对于大多数linux用户来说并不友好，而samtools tview可以很好满足该需求。

话不多说直接上命令行：

samtools tview -p chr1:3128088 NA12878.bam hg38.fasta

-p 指定染色体的位置，tview从指定的位置开始显示
NA12878.bam 比对结果bam文件,需要构建索引（NA12878.bam.bai）
hg38.fasta 比对时使用的fasta文件，如果不提供则第一行会显示为N. 需要提供fai索引（hg38.fasta.fai）

运行之后就会进入samtools tview 的交互界面：

结果如上图所示，图是不是让你很蒙圈,其实符号用的是Pileup_format表示的，参考https://en.wikipedia.org/wiki/Pileup_format：
. (dot) 与正链匹配的碱基
, (comma) 与反链匹配的碱基
</> (less-/greater-than sign) denotes a reference skip. This occurs, for example, if a base in the reference genome is intronic and a read maps to two flanking exons. If quality scores are given in a sixth column, they refer to the quality of the read and not the specific base.
AGTCN (upper case) denotes a base that did not match the reference on the forward strand
agtcn (lower case) denotes a base that did not match the reference on the reverse strand
A sequence matching the regular expression +[0-9]+[ACGTNacgtn]+ denotes an insertion of one or more bases starting from the next position. For example, +2AG means insertion of AG in the forward strand
A sequence matching the regular expression -[0-9]+[ACGTNacgtn]+ denotes a deletion of one or more bases starting from the next position. For example, -2ct means deletion of CT in the reverse strand
^ (caret) marks the start of a read segment and the ASCII of the character following `^’ minus 33 gives the mapping quality
$ (dollar) marks the end of a read segment
* (asterisk) is a placeholder for a deleted base in a multiple basepair deletion that was mentioned in a previous line by the -[0-9]+[ACGTNacgtn]+ notation

此外， 按下 “shift+?” 即可显示帮助菜单栏，如下图所示：

1. 按下 g ，则提示输入要到达基因组的某一个位点
2. 使用H(左）J（上）K（下）L（右）移动显示界面。
3. Ctrl+H 向左移动1kb碱基； Ctrl+L 向右移动1kb碱基
4. 可以用颜色标注比对质量，碱基质量，核苷酸等。
   30～40的碱基质量或比对质量使用白色表示；
   20～30黄色；
   10～20绿色；
   0～10蓝色。
5. 使用点号’.'切换显示碱基和点号；
6. 使用r切换显示read name
   7）其他功能等等