谱聚类是在R的“CRAN Task Views”功能中的clusterview下的kernlab包中,因此首先要安装cluster view,安装过程见博文R中的“CRAN Task Views”功能。
kernlab的使用手册参见:http://cran.r-project.org/web/packages/kernlab/kernlab.pdf
在R中,调用的代码如下:
#载入kernlab包
library("ctv")
library("kernlab")
#读入矩阵
x<-matrix(scan("Matrix_漂亮_2_50.txt",0),ncol=50,byrow=TRUE)
#进行谱聚类,结果保存到specc-class类对象中(参数设置详见手册中specc-class类)
sc<-specc(x,centers=2, kernel ="rbfdot", kpar = "automatic",nystrom.red = FALSE, nystrom.sample =dim(x)[1]/6, iterations = 200,mod.sample = 0.75, na.action =na.omit)
#查看聚类结果中的各个实例所属类别,可获得的各种输出详见使用手册之specc-class类
sc@.Data