poj1080(LCS类的转移方程)

/*
translation:
	题目大意是给出两个基因序列，要你求出这两个基因序列的相似度。所谓的相似度，
	就是将基因串用‘-’填充使得两串长度相同后，将对应位置上的字母一一对应，再
	根据题目给出的表计算出分数，由于用‘-’填充的做法有好几种，所以得分最高的那个
	就作为相似度。

solution:
	基本dp,形如LCS的转移方程。
	d[i][j]:串1选到第i-1个，串2选到第j-1个，所得到的最高分数。d[len1][len2]
	既是所求答案。
	转移方程:d(i,j)=max(d(i-1,j-1)+s(i,j), d[i-1][j] + s[a][4], d[i][
	j-1] + s[4][b])

note:
	之所以wa是因为边界的初始化不正确，原本是按照LCS的写法。但其实是错误的，具体见
	代码注释

date:
	2016.8.20

*/
#include <iostream>
#include <cstdio>
#include <cstring>

using namespace std;
const int maxn = 105;

char g0[maxn], g1[maxn];
int s[5][5] = {
	{5, -1, -2, -1, -3},
	{-1, 5, -3, -2, -4},
	{-2, -3, 5, -2, -2},
	{-1, -2, -2, 5, -1},
	{-3, -4, -2, -1, 0}
};	//所得分数的映射表
int d[maxn][maxn], n0, n1;

int chToNum(char c) {
	if(c == 'A')	return 0;
	if(c == 'C')	return 1;
	if(c == 'G')	return 2;
	if(c == 'T')	return 3;
}

int main()
{
	//freopen("input.txt", "r", stdin);
    int T;
    scanf("%d", &T);
    while(T--) {
		scanf("%d%s", &n0, g0);
		scanf("%d%s", &n1, g1);

		//printf("g0:%s\ng1:%s\n", g0, g1);
		memset(d, 0, sizeof(d));
		for(int i = 1; i <= n0; i++) {	//note!!!
			int t = chToNum(g0[i-1]);
			d[i][0] = d[i-1][0] + s[t][4];
		}
		for(int j = 1; j <= n1; j++) {	//因为根据状态的含义，在0位置前面可选的只有‘-’
			int t = chToNum(g1[j-1]);
			d[0][j] = d[0][j-1] + s[4][t];
		}

		for(int i = 1; i <= n0; i++) {
			for(int j = 1; j <= n1; j++) {
				int a = chToNum(g0[i-1]), b = chToNum(g1[j-1]);
				int t = d[i-1][j-1] + s[a][b];
				d[i][j] = max(t, max(d[i-1][j] + s[a][4], d[i][j-1] + s[4][b]));
			}
		}

		printf("%d\n", d[n0][n1]);
    }
    return 0;
}