poj-1080 Human Gene Functions(LCS)

Human Gene Functions

题目描述

题意

给出两个基因字符串a,b，每一种匹配都有一个值，可以在串中添加‘-’，改变
匹配的顺序，最后求全部匹配的最大值。

分析

思路：先将字符串转化，每个字符分别用0,1,2,3,表示‘-’用4表示
状态：d[i][j]表示串a前i个和串b前j个匹配的最大值
转移方程：d[i][j] = max( d[i-1][j-1]+c[a[i]][b[j]], d[i-1][j]+c[a[i]][4], d[i][j-1]+c[4][b[j]] );
1、a取第i个字母，b取“ - ”: d[i-1][j]+c[a[i]][’-’];
2、a取“ - ”，b取第j个字母：d[i][j-1]+c[’-’][b[j]];
3、a取第i个字母，b取第j个字母：d[i-1][j-1]+c[a[i]][b[j]];

代码

#include <iostream>
#include <stdio.h>
using namespace std;
const int maxn=105;
 
int table[5][5]={
    {5,-1,-2,-1,-3},
    {-1,5,-3,-2,-4},
    {-2,-3,5,-2,-2},
    {-1,-2,-2,5,-1},
    {-3,-4,-2,-1,0}};
 
int transfer(char c)
{
    if(c=='A')return 0;
    if(c=='C')return 1;
    if(c=='G')return 2;
    if(c=='T')return 3;
    return 4;
}
 
int main()
{
    //freopen("data.txt","r",stdin);
    char s1[maxn],s2[maxn];
    int t1[maxn],t2[maxn];
    int dp[maxn][maxn];
    int l1,l2;
    int T;
    scanf("%d",&T);
    while(T--){
       
        scanf("%d ",&l1);
        for(int i=1;i<=l1;i++){
            scanf("%c",&s1[i]);
            t1[i]=transfer(s1[i]);
        }
        scanf("%d ",&l2);
        for(int i=1;i<=l2;i++){
            scanf("%c",&s2[i]);
            t2[i]=transfer(s2[i]);
        }
        dp[0][0]=0;
        for(int i=1;i<=l1;i++)  dp[i][0]=dp[i-1][0]+table[t1[i]][4];//注意开头是可以填空格的
        for(int i=1;i<=l2;i++)  dp[0][i]=dp[0][i-1]+table[4][t2[i]];
        for(int i=1;i<=l1;i++){
            for(int j=1;j<=l2;j++){
                 dp[i][j]=max(dp[i-1][j-1]+table[t1[i]][t2[j]],max(dp[i-1][j]+table[t1[i]][4],dp[i][j-1]+table[4][t2[j]]));
            }
        }
        printf("%d\n",dp[l1][l2]);
    }
    return 0;
}