医学图像处理
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kether_
这个作者很懒,什么都没留下…
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DTI及MRI数据预处理
一 处理步骤因为我多了一个去除小脑的步骤所以,首先有两个模板文件:标准化空间模板是FSL自带的,在其安装路径中标准小脑mask模板是需要软件wfu pickaltas,里面可以找到各种脑影像模板ref="/home/wangcong/software/fsl/data/standard/MNI152_T1_1mm_brain.nii.gz" # 标准化空间模板mask_ref="/home/wangcong/ADNI_data/model/cerebellar_mask.nii" #标准小脑mas原创 2020-11-09 16:03:10 · 3695 阅读 · 1 评论 -
FSL、MRICRON预处理DICOM数据,python读取nii,并降采样
1.FSL和MRICRON预处理DICOM数据软件安装见:https://blog.csdn.net/qq_29477893/article/details/89376758。推荐第二种手动安装方法,尝试过几次都一次性安装成功。步骤:1)dicom数据转换为nii数据2)FSL的bet提取大脑3)FSL的flirt配准到标准大脑模板(/usr/local/fsl/data/standard/MNI152_T1_1mm_brain.nii.gz)批处理shell脚本#!/bin/bashre原创 2020-07-02 11:20:59 · 2739 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu/centors安装FSL和MRIcron
安装FSL有几种方法,用脚本装是最简单的系统:ubuntu14.04版本(我尝试过16.04和18.04都无法用脚本顺利装上FSL),此版本系统自带python2.7版本,正好用来运行fsl安装脚本下载地址:https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation1.FSL使用脚本安装:终端输入python fslinstaller.py...原创 2019-04-18 13:24:28 · 7940 阅读 · 14 评论 -
FSL之bet颅骨剥离
颅骨剥离(bet)终端输出fsl启动软件界面如下点击红框显示如下参数解释Fractional intensity threshold…:默认为0.5就可(你可以试试0.2和0.8的效果,会使剥离的大小变化)bet算法通常就选这两个其中之一。一个标准算法,一个鲁棒算法标准提取算法和鲁棒提取算法比较高级选项:1.Output brain-extracted image:默认勾上...原创 2019-05-09 22:15:42 · 8269 阅读 · 10 评论 -
读取nii数据和降采样
读取NiFTI格式的数据的方法,除了用软件查看图像之外,用代码可以得到整张图像的矩阵,再进一步显示出来1.Python安装nibabel包:pip nibabelimport numpy as npimport nibabel as nibimport matplotlib.pyplot as pltdata_path = "i:/ADNI/train/AD/AD_train_1...原创 2019-05-10 11:13:54 · 2374 阅读 · 6 评论