Ubuntu/centors安装FSL和MRIcron

一 安装FSL有几种方法，用脚本装是最简单的

1.【自动安装】
系统：ubuntu14.04版本（我尝试过16.04和18.04都无法用脚本顺利装上FSL），此版本系统自带python2.7版本，正好用来运行fsl安装脚本
下载地址：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation

使用脚本安装：终端输入python fslinstaller.py（要求python 2.X版本运行）
1）遇到选项就一直回车（会安装到默认路径/usr/local下）
2）可能会要求输入用户密码
3）等待安装成功（根据网络快慢）
4）重启系统
5）终端输入fsl启动软件

2.【手动安装】（推荐）
在centos 7下我用脚本也总是装不上，后来发现了一种手动安装方法（我想应该也能应用到16.04和18.04的系统上）。
1.下载centos 7版本的脚本fslinstaller.py
2.进入在脚本所在目录下，输入python fslinstaller.py -o下载压缩包

3.解压到指定目录tar -xzvf fsl-6.0.1-centos7_64.tar.gz -C "/usr/local/fsl"（注意安装包名字，解压路径"/usr/local/fsl"也可任意更改，但要注意后面的FSLDIR要和它一致）
4.FSLDIR="/usr/local/fsl"
5.$FSLDIR/etc/fslconf/post_install.sh -f $FSLDIR

6.等待安装完成
7.配准环境变量
vim ~/.bash_profile
末尾加上

FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH

8.source ~/.bash_profile

9.测试安装是否成功
终端输入bet，若无错误则安装成功

二 MRIcron安装

下载地址：https://people.cas.sc.edu/rorden/mricron/install.html

1）下载linux环境的压缩包，然后进入所在目录输入命令unzip lx.zip解压（可能压缩包名字不是lx.zip，但也要输入lx.zip才能解压，很奇怪）
2）点开解压后的文件目录，双击mricron启动软件

终端测试：
输入dcm2nii，若提示命令未找到，则需要添加环境变量
终端输入vim ~/.bash_profile

末尾加上自己解压后的路径，如我的路径为/home/K/software/mricron_lx，则末尾加上
export PATH=/home/K/software/mricron_lx:$PATH

最后source ~/.bash_profile