ABIDE数据集下载
ABIDE 自闭症数据集 提供了经过预处理的FMRI时时序数据(也有图像数据吧,因为我用的时序,图像数据没有下载看过哦),本文记录两种ABIDE数据下载方法。
(个人认为方法二更方便好用,但如果安装不明白nilearn,就使用方法1)
ABIDE数据集网址
百度搜索ABIDE或直接点击链接进入
方法一:github脚本下载(不需安装nilearn)
官网提供的github链接
Phenotypic_V1_0b_preprocessed1.csv 是数据的相关信息,如是否患病、数据编号、是否用药等。
download_abide_preproc_guide.txt中给出了具体的下载方法,和可供选择的参数。参数的大致含义:
derivatives:可供选择的模板
pipeline:预处理
strategies:滤波方法
还可以添加年龄,存储地址等限制参数(download_abide_preproc_guide.txt中有示例)
下载download_abide_preproc.py,windows中打开cmd进入下载到的文件夹,输入download_abide_preproc_guide.txt中提供命令即可。
举例:
python download_abide_preproc.py -d rois_aal -p cpac -s nofilt_noglobal -o /path/to/local/download/dir
注意:-o后替换为自己的路径即可
方法二:pytorch nilearn下载
import nilearn
abide_dataset = nilearn.datasets.fetch_abide_pcp('ABIDE-871/',
derivatives=['rois_aal'],
pipeline='cpac',
band_pass_filtering=True,
global_signal_regression=True,
quality_checked=True)
quality_checked 的选择影响数据集的数量,quality_checked=True 下载后是884个数据(写此文时下载是884,以前有同学下载过871的),quality_checked=False则是1035个数据。
另:下载的数据是.1D格式,按照读取txt的方式读取即可。