- 博客(13)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 从velocyto到scvelo，拟时序分析
1.1 bam文件在cellranger的文件夹下有一个outs的文件夹，其下有个名为possorted_genome_bam.bam的文件，在双组学的输出命名可能叫gex_possorted_bam.bam。一般来说，你所分析的adata都是筛选过的细胞，而loom文件下是从cellranger得到的全部细胞，所以需要根据adata的索引选取对应的细胞。1.2 cellranger使用过的基因组注释文件，genes.gtf，我使用的是refdata-gex-GRCh38-2024-A中的注释。
2024-07-16 15:54:51
400
原创 Linux下校验MD5
在需要验证的文件夹下输入上面的命令即可为filename这个文件生成哈希值保存于test.md5中，md5 文件里存储的是 md5 值和其对应的文件名。将这个MD5文件与数据文件放在同一个文件夹下，然后在目的地文件夹下执行上述命令即可验证文件一致性。在服务器传输文件时，由于数据的复杂性以及重要性，我们需要确保数据的一致性，所以我们需要用到验证。
2024-06-25 14:33:28
164
原创 SCENIC+/scenicplus安装遇到的一些问题
Protocols里面不支持https协议，所以这个版本不行，试过重装，但是需要root权限，后来在我们服务器另一个节点里发现。如果你是非root用户在这里遇到困难，无法安装rust，可以联系你的管理员帮你升级curl版本。4.如果运气好不报错按照官方的流程就安装完毕了，但是我自己在安装的时候遇到不少问题。这样当前gcc就成了这个版本，这样就能安装annoy了，到这里就安装完了。. 于是我就想去下载这个rust，找到它的官网，安装命令如下。这个版本支持https，于是在这个节点下我安装好了rust。
2024-04-30 14:43:39
323
原创 利用ssh远程连接VSCode免密登录
在本地Win + R，输入cmd打开命令，或者直接Windows PowerShell，查看ssh是否安装。到这里你就能登录VS code,只用输入一遍密码就会记住你了，之后免密登录。把id_rsa.pub(公钥)放在远程服务器的.ssh文件下，没有就创建。增加权限，然后就去VS Code里面打开本地.ssh/config文件。当然，VS code里面你要安装好ssh相关的插件。将公钥文件信息写入authorized_keys。有版本号则安装好了，然后创建密钥。
2024-04-12 11:04:47
261
原创 jupyter lab 启动
我的jupyterlab是安装在服务器的conda base上的，为了方便使用多环境。启动前设置后台运行，这样即便终端关闭也不会关闭jupyter。然后启动jupyter。
2024-04-05 15:39:42
192
原创 将服务器conda环境打包上传到dockerhub
如果是服务器集群，那可能需要root权限来制作镜像，联系管理员进入docker，一般一个服务器只有一个docker，如果没下载就参照网络教程下载安装；your_env_name就是我要进行测试的环境，让别人拿到这个环境后也能顺利的跑完我们写的程序。稍微等一等，如果要将代码也打包进去就按照这个格式一样的，把对应文件夹导入到容器里一个你想要的文件夹。首先配置好环境，接下来以/conda/envs/，为例。5 然后将镜像打包，镜像id自己取。7 给本地镜像打tag。
2024-03-21 18:20:15
631
原创 使用reticulate调用python时报错failed to initialize requested version of Python
因为要在R中用python，调用指定的python，但是设置好python又无法调用，只会使用r-reticulate默认安装的python。找了很多种方法，最后发现需要先使用。
2024-03-18 11:01:28
295
原创 Linux服务器GDAL版本过低，无法安装R包sf，于是卸载重装
缘由：我想安装一个空间相关的R包spdep，但是在R中直接install.packages不行，但也没告诉我具体错误，但在load相关R包sf时出现错误，此时两个包都安装在library中，但是无法调用。于是将两个包卸载，然后在对应的GitHub库里git clone这个sf包，然后安装，提示我GDAL版本过低，安装sf包需要>=2.0.1，但是此时的我的环境中的GDAL只有1.9，于是想办法升级。
2024-03-14 14:54:55
256
原创 计算foldchange时Error in names(x) ＜- value:‘names‘ attribute[3]must be the same length as the vector[2]
Seurat计算foldchange时报错Error in names(x)
2023-12-11 22:14:13
494
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人