SCENIC+/scenicplus安装遇到的一些问题

我的情况：Linux非root用户

官网教程：

$ conda create --name scenicplus python=3.11 -y
$ conda activate scenicplus
$ git clone https://github.com/aertslab/scenicplus
$ cd scenicplus
$ pip install .

1.创建环境就按照官网说的python版本，激活再到环境目录里面去

$ conda create --name scenicplus python=3.11 -y
$ conda activate scenicplus
$ cd ./conda/envs/scenicplus/

2.目前的话最新的git clone 是这个代码，自己去github看一下就ok

https://github.com/aertslab/scenicplus.git

如果下载不下来就下载github上的.zip压缩包，在终端使用unzip解压这个文件

unzip <scenicplus>.zip

3.然后再cd到这个包里面去

cd <scenicplus>

使用pip命令install

pip install .

4.如果运气好不报错按照官方的流程就安装完毕了，但是我自己在安装的时候遇到不少问题

在pip install . 的时候，在解析pyproject.toml的时候报错：This package requires Rust and Cargo to compile extensions. 于是我就想去下载这个rust，找到它的官网，安装命令如下

curl --proto '=https' --tlsv1.2 -sSf https://sh.rustup.rs | sh

5.在这里的时候报错curl: (1) Protocol “https“ not supported or disabled in libcurl

于是查看curl版本

curl -V

curl 7.38.0 (x86_64-unknown-linux-gnu) libcurl/7.38.0 zlib/1.2.11
Protocols: dict file ftp gopher http imap pop3 rtsp smtp telnet tftp
Features: IPv6 Largefile libz
Protocols里面不支持https协议，所以这个版本不行，试过重装，但是需要root权限，后来在我们服务器另一个节点里发现

curl 7.29.0 (x86_64-redhat-linux-gnu) libcurl/7.29.0 NSS/3.36 zlib/1.2.7 libidn/1.28 libssh2/1.4.3
Protocols: dict file ftp ftps gopher http https imap imaps ldap ldaps pop3 pop3s rtsp scp sftp smtp smtps telnet tftp
Features: AsynchDNS GSS-Negotiate IDN IPv6 Largefile NTLM NTLM_WB SSL libz unix-sockets
这个版本支持https，于是在这个节点下我安装好了rust

curl --proto '=https' --tlsv1.2 -sSf https://sh.rustup.rs | sh

如果你是非root用户在这里遇到困难，无法安装rust，可以联系你的管理员帮你升级curl版本

6.重新

pip install .

这次可以安装好了scenicplus，但是有一条报错说我无法安装annoy

Failed to build annoy ERROR: Could not build wheels for annoy, which is required to install pyproject.toml-based projects

7.安装annoy

pip install annoy=1.17.3

或者：

git clone https://github.com/spotify/annoy.git
cd annoy
python setup.py install

报错gcc: error: unrecognized command line option ‘-std=c++14’
      error: command '/usr/bin/gcc' failed with exit code 1
8.在终端查看gcc

gcc --version

 gcc (GCC) 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-36)，这个版本应该是太老了

module avail

 查找当前其他可用的gcc，我找到一个8.2.0，然后

module load gcc/8.2.0

这样当前gcc就成了这个版本，这样就能安装annoy了，到这里就安装完了。