多项目、依赖项目在Build APK时出现duplicate entry错误

环境：

　　Android Studio Version: 2.3.1

　　Compile Sdk Version: API 17: Android 4.2 (Jelly Bean)

　　Build Tools Version: 25.0.2

　　先说说起因吧。最近有个项目的方案商提供的SDK比较棘手，方案商不打包自己的方法，几乎所有的内部参数调用都暴露给开发者。更难以接受的是所有的JNI方法都依赖于包名、路径，就是说如果我想截取他们demo里面的代码放在自己的项目使用会出现JNI方法NoImplement的error，即使so和jar包齐全也没用。

　　无奈之下我只能把整个demo当作lib，通过Import Module导入到我的项目中。即我现在新建的项目是project1，里面已有名为app1的module，方案商给的demo的module是app2，我要把demo通过Import Module加到我的项目project1，这样project1就有两个module：app1，app2（项目名还是project1）。

　　于是问题就来了，我 ReBuild Project 和 Run 'app' 都不会有问题，但是 Build APK的时候却报错：

　　com.Android.build.api.transform.TransformException:Java.util.zip.ZipException: duplicate entry: xxx/xxx/xxx.class.

　　从报错的信息来看是“重复加载”，网上搜索一下问题也大多是说jar包重复加载。我看了一下项目文件，app1\libs和app2\libs下的确都有同名的jar包，只是一个有依赖，一个没依赖（在Dependencies和gradle文件能看到）。

我的解决过程：

　　我是把app2导入到app1（即app2作为lib），这个jar包是app2要使用的。然而app\lib中的jar包反而被app1依赖，app2\lib中的jar包没被app2依赖。可能是之前的同事尝试把方案商demo的代码整合到项目的时候的遗留。

　　我先打开app1的Project Structure，找到Dependencies，把jar包remove，然后打开app1的gradle，把这个jar包的compile语句删除。由于这个jar包是app2依赖的，删除jar包后项目就完全没有依赖这个jar包会报错（app2\lib中的jar包只存在，没Add）。报错全都在app2（app1没方法依赖这个jar包，没报错）。接着我打开app2的Project Structure，add这个jar包（也可以在app2的gradle写compile）。Rebuild Project后不报错了，Build APK也不报错了。

疑问：

　　为什么app2依赖的jar包不出现在app2的Dependencies，反而出现在app1的Dependencies？即在app1\lib的jar包Add as Library，而在app2\lib的jar包反而没有Add as Library。

　　Run 'app' 的时候Android Studio其实已经产生一个APK了（在 project1\app\build\outputs\apk里），为什么Build APK的时候才报错duplicate entry。