N1cez-CSDN博客

原创 ZDOCK linux 下载（无需安装）、配置、使用

LD_LIBRARY_PATH 环境变量未配置，请查找相关博客，stackoverflow中有解决办法（本人使用方法1解决无效）提供了解决办法，但是本人无法从博客中提到的下载链接中下载相应的文件，因此重新整理以下解决方法。查找 libmpi.so.0，发现没有这个文件，但是能够找到 libmpi.so。2）结果：生成2000个结果pdb，complex1.1.pdb是得分最高的。修改 libmpi.so 文件为 libmpi.so.0。2）mpiexec命令会报错，需要安装的包：OpenMPI。

2024-04-25 22:07:58 567

原创 torchdrug 报错 RuntimeError: Ninja is required to load C++ extensions

【代码】torchdrug 报错 RuntimeError: Ninja is required to load C++ extensions。

2024-04-19 13:43:04 135

原创 vscode 连接远程服务器服务器无法上网离线配置 .vscode-server

使用vscode连接远程服务器时会自动下载配置.vscode-server文件夹，如果远程服务器无法联网，则需要手动下载2）vscode commit id获取点击导航栏中的Help–>About–>获取commit–>复制到上方网址即可下载文件。

2024-04-05 19:56:14 737

原创 vscode 括号 python函数括号补全

解决方法在setting.json中添加 “python.analysis.completeFunctionParens”: true打开设置；点击图中按钮打开setting.json文件添加 “python.analysis.completeFunctionParens”: true

2024-02-04 11:51:40 1122

原创将word公式转成mathtype公式

通过WINWORD.EXE文件打开word，打开最近文件/打开文件找到想转换公式的word文档，再进行操作。1）网上的修改word的起始位置的方法/拷贝omml2mml.xsl文件的方法都不好用。1）选中一个word公式/直接全文word公式转换。2）点击Mathtype转换公式。

2024-01-27 12:18:05 1635

原创大模型微调报错：RuntimeError: expected scalar type Half but found Float

博主显卡：3090最初的设置：bfloat16开始训练后，线性层报错。

2024-01-25 13:42:07 877

原创 python报错 ModuleNotFoundError: No module named xx

当你尝试导入一个模块时，Python 解释器会按照一定的顺序搜索模块的位置。PYTHONPATH 变量包含一个或多个目录的路径，这些路径是解释器用于查找模块的位置。如果你在执行 Python 脚本时遇到模块导入错误，可能是因为模块所在的路径没有包含在 PYTHONPATH 中。通过设置正确的 PYTHONPATH，你可以确保 Python 解释器能够找到你需要的模块。在路径中新建__init__.py文件，将代码转成一个可引用的模块，该文件可以为空。

2024-01-22 18:24:35 475

原创 notepad++去除重复行 python去除重复数据

subset: 指定要考虑的列（或列的组合），即基于哪些列判断是否为重复行。默认为所有列。keep: 控制保留哪个重复行。可选值有：‘first’（默认值）: 保留第一次出现的重复行。‘last’: 保留最后一次出现的重复行。False: 删除所有重复行。: 重置索引，以便新的DataFrame具有默认的整数索引。inplace: 是否在原地修改DataFrame，而不是返回一个新的DataFrame。

2024-01-14 14:20:21 739

原创 git clone 代码克隆；hugging face 数据、模型下载

由于本人使用的是实验室的linux服务器，下载代码的时候会有网络问题，所以本文是基于ssh的方法。

2023-12-28 20:29:52 1618

原创 transformers 使用小记 transformers报错

解决：使用transformers版本为0.4.26，不够新，安装最新版transformers，例如4.36。

2023-12-27 19:04:59 547

原创 Alphafold2 安装 linux 本地配置 conda配置非docker

作者配置：cuda113和cudnn804，安装的是：jaxlib-0.3.25+cuda11.cudnn805-cp38-cp38-manylinux2014_x86_64.whl。方法1：打开图2中的各个sh文件可以看到下载网址，复制网址到本地，下载后再传回linux服务器。：pdb_mmcif文件可以直接使用图2中的sh文件下载，它可以断点续传，但是需要wget, rsync, gunzip and tar等工具。图为官网给出的下载后的数据，我们一共需要下载9个文件（解压前）。

2023-12-26 21:07:25 1649 2