文献Semidwarf (sd-1), ‘‘grhttpseen revolution’’ rice, contains a defective gibberellin 20-oxidase gene

2002年PNAS（Os01g66100-Zm00001d012212）

水稻绿色革命基因的应用，使得20世纪60年代亚洲水稻产量发生突破性增长。sd-1半矮秆表型与其内源赤霉素缺陷相关，而本文指出sd-1半矮秆表型是由于缺乏有效的GA20氧化酶所致。本文确定了sd-1位点的目标基因是水稻1号染色体长臂上的编码GA20氧化酶的基因，并且找到该基因的两个等位基因，其分别由280-bp片段缺失和一个由C到T的碱基替换导致半矮秆表型的发生。

结果1：将sd-1基因锁定在一个262-Kb的区段内
文章第一部分的精细定位并非作者的工作，而是基于之前所报道的定位区段，加以分析总结所得。前有三篇文献共同说明，sd-1位点在水稻1号染色体长臂上，位于标记RG109~RG220之间的262-Kb区段内。

结果2：目标区段内含有一个编码GA20氧化酶的基因
结合水稻基因组序列及目标区段内相应BAC文库，对目标区段内的所有开放阅读框（ORF）分析发现，其中一个ORF编码的蛋白序列与拟南芥、豌豆、水稻及小麦中的赤霉素氧化酶蛋白序列同源。其中，已知的拟南芥同源基因编码GA20氧化酶，该基因突变后直接导致拟南芥半矮秆表型。由此，将这个编码GA20氧化酶的基因作为sd-1的候选基因。

结果3：sd-1突变系（半矮秆系）中GA20氧化酶编码基因研究
相较于高秆材料（Kyeema），矮秆系Doongara中的Os20ox2基因编码区存在一个280-bp的缺失，预测该缺失会导致Os20ox2失活。另一个矮秆系Cal-rose76中Os20ox2基因的第798位有一个由C到T的碱基替换，导致由高秆材料中的亮氨酸在Cal-rose76中变为苯丙氨酸，多序列比较及分子结构研究表明，该位点在GA20氧化酶中高度保守，且此处的亮氨酸与蛋白活性密切相关。
结果4：伸长茎秆中GA含量分析
相较于高秆系（Kyeema和Calrose），矮秆系（Doongara和Calrose76）的茎秆中GA53含量较高，而GA20、GA1和GA17含量较低，这很可能是由矮秆系中GA20氧化酶缺陷所致（如下图）。

这篇文章是建立在已有的定位结果基础上，且已有报道表明sd-1表现出的半矮秆表型与其内源赤霉素缺陷相关，所以在候选区段内存在28个ORF的前提下，作者能选中编码GA20氧化酶的基因作为候选。本文成功克隆了sd-1基因的两个等位基因并揭示了二者分别导致半矮秆表型的功能位点，并进一步确定sd-1表型确与GA20氧化酶缺陷相关。